81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5354 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5354  hypothetical protein  100 
 
 
444 aa  893    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.16204  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7194  hypothetical protein  58.63 
 
 
462 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.663693 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1695  hypothetical protein  57.05 
 
 
489 aa  411  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5884  hypothetical protein  60.36 
 
 
466 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4586  hypothetical protein  69.23 
 
 
498 aa  371  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2667  hypothetical protein  45.41 
 
 
420 aa  263  6e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1376  hypothetical protein  43.28 
 
 
466 aa  256  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1199  hypothetical protein  40.05 
 
 
461 aa  246  6e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.756184 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0417  hypothetical protein  42.96 
 
 
416 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3518  hypothetical protein  38.36 
 
 
481 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.574738  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3041  hypothetical protein  41.78 
 
 
447 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0885  hypothetical protein  40.16 
 
 
541 aa  241  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2323  hypothetical protein  38.54 
 
 
421 aa  237  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2410  hypothetical protein  39.62 
 
 
489 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0859513  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1147  hypothetical protein  46.04 
 
 
541 aa  233  5e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2112  hypothetical protein  39.43 
 
 
484 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3946  hypothetical protein  38.31 
 
 
470 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2129  hypothetical protein  39.21 
 
 
428 aa  227  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0542526  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1473  hypothetical protein  40.43 
 
 
436 aa  223  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3623  hypothetical protein  39.81 
 
 
463 aa  219  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.48231  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2257  hypothetical protein  38.8 
 
 
488 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1213  hypothetical protein  39.9 
 
 
438 aa  218  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00120298  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1538  lipoprotein  39.95 
 
 
441 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.344103 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0127  hypothetical protein  38.95 
 
 
585 aa  213  7.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.146537  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0119  hypothetical protein  38.95 
 
 
617 aa  211  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0121  hypothetical protein  38.95 
 
 
617 aa  211  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0226467  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0664  putative outer membrane protein  35.57 
 
 
516 aa  211  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0110  hypothetical protein  38.86 
 
 
617 aa  208  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0222206  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3542  hypothetical protein  38.86 
 
 
617 aa  208  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346994  normal  0.280347 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0124  hypothetical protein  38.86 
 
 
617 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00449065  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00116  hypothetical protein  39.43 
 
 
617 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.102405  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00115  hypothetical protein  39.43 
 
 
617 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0816115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3485  conserved hypothetical protein  39.43 
 
 
617 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1462  hypothetical protein  39.9 
 
 
434 aa  207  4e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027345 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3248  hypothetical protein  35.38 
 
 
473 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00196068  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2937  hypothetical protein  31.54 
 
 
466 aa  193  6e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00304135  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2697  hypothetical protein  31.45 
 
 
458 aa  192  8e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00350074  normal  0.0600961 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3382  hypothetical protein  34.89 
 
 
488 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0653251  normal  0.705051 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1484  hypothetical protein  49.53 
 
 
403 aa  190  4e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3910  hypothetical protein  38.72 
 
 
501 aa  189  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.318661  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3311  hypothetical protein  37.09 
 
 
483 aa  189  9e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.694942 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4649  hypothetical protein  37.89 
 
 
486 aa  189  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3819  hypothetical protein  38.72 
 
 
501 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0173842 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4027  hypothetical protein  39.1 
 
 
501 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4142  hypothetical protein  34.5 
 
 
500 aa  187  5e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4346  hypothetical protein  34.19 
 
 
500 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.595421  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1393  hypothetical protein  37.16 
 
 
476 aa  185  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.458413  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0171  hypothetical protein  39.67 
 
 
541 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0171  hypothetical protein  39.67 
 
 
541 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4214  hypothetical protein  36.27 
 
 
500 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0180  hypothetical protein  39.47 
 
 
540 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0172  hypothetical protein  39.67 
 
 
541 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0177  putative outer membrane protein  39.8 
 
 
531 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3854  hypothetical protein  36.62 
 
 
490 aa  182  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1130  hypothetical protein  37.5 
 
 
511 aa  179  8e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0403  hypothetical protein  49.38 
 
 
478 aa  168  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.149014 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3962  hypothetical protein  33.8 
 
 
442 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.514264  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0540  hypothetical protein  34.63 
 
 
428 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000234519  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1262  hypothetical protein  36.58 
 
 
486 aa  161  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0234925  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4476  hypothetical protein  39.74 
 
 
560 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3890  hypothetical protein  39.74 
 
 
560 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969879  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3637  hypothetical protein  39.74 
 
 
582 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4077  hypothetical protein  39 
 
 
477 aa  153  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.844566  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2200  hypothetical protein  39.3 
 
 
553 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.920316  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1201  hypothetical protein  41.8 
 
 
682 aa  151  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00706806 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00191  hypothetical protein  32.06 
 
 
440 aa  149  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3170  hypothetical protein  37.1 
 
 
547 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.257942 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3702  hypothetical protein  38.21 
 
 
415 aa  144  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2000  hypothetical protein  34.1 
 
 
505 aa  144  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.94208e-35 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5201  hypothetical protein  35.46 
 
 
465 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01519  hypothetical protein  39.55 
 
 
605 aa  143  6e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2227  hypothetical protein  38.6 
 
 
508 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000137583  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2395  hypothetical protein  30.95 
 
 
455 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.165403  hitchhiker  0.00469847 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1648  hypothetical protein  38.32 
 
 
550 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0755492  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4037  hypothetical protein  29.07 
 
 
463 aa  136  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1561  hypothetical protein  38.4 
 
 
649 aa  135  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.727046  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0409  hypothetical protein  37.58 
 
 
527 aa  129  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282348  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2486  hypothetical protein  30.59 
 
 
755 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.835018 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4634  hypothetical protein  34.88 
 
 
544 aa  127  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149297  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3789  hypothetical protein  38.98 
 
 
459 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0655  Pericardin like protein  42.31 
 
 
684 aa  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>