32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5239 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5239  hypothetical protein  100 
 
 		 259 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.768643  normal  0.611643 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3752  phytanoyl-CoA dioxygenase  39.36 
 
 		 259 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.263917 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11532  hypothetical protein  35.81 
 
 		 273 aa  101  1e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.547495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3316  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.21 
 
 		 274 aa  93.2  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.627312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2304  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.73 
 
 		 277 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1305  hypothetical protein  32.74 
 
 		 270 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2677  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.38 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845294 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0852  phytanoyl-CoA dioxygenase  21.81 
 
 		 265 aa  72  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13664  hypothetical protein  27.71 
 
 		 291 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0231349 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0569  hypothetical protein  33.07 
 
 		 284 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0445  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.89 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6796  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.63 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.785476 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06818  phytanoyl-CoA dioxygenase family protein (AFU_orthologue; AFUA_8G00480)  23.05 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.434401 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2814  hypothetical protein  29.29 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0110408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7153  hypothetical protein  27.49 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6398  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.87 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0830  phytanoyl-CoA dioxygenase  22.91 
 
 		 267 aa  59.7  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2409  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.82 
 
 		 230 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937335 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3772  phytanoyl-CoA dioxygenase  22.88 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09227  phytanoyl-CoA dioxygenase family protein (AFU_orthologue; AFUA_8G00230)  29.79 
 
 		 416 aa  52  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2807  hypothetical protein  28.57 
 
 		 295 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00870169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5728  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.59 
 
 		 287 aa  50.4  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5568  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.85 
 
 		 270 aa  48.5  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.172876  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0212  phytanoyl-CoA dioxygenase  34.04 
 
 		 315 aa  48.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3154  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.95 
 
 		 302 aa  47.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0588837  normal  0.0946962 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1704  MmcH, putative  27.19 
 
 		 256 aa  48.1  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.408123  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3627  putative deoxygenase  28.44 
 
 		 281 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4330  Phytanoyl-CoA dioxygenase  21.74 
 
 		 292 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.603136  normal  0.0982563 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4440  Phytanoyl-CoA dioxygenase  21.74 
 
 		 292 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588314 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2590  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.13 
 
 		 291 aa  44.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1638  Phytanoyl-CoA dioxygenase  33.65 
 
 		 273 aa  44.3  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6790  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.96 
 
 		 292 aa  43.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>