72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5126 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5126  hypothetical protein  100 
 
 
307 aa  629  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5200  hypothetical protein  68.86 
 
 
306 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.782608  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6360  lipoprotein  65.28 
 
 
296 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.419648 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1850  periplasmic protein-like protein  38.03 
 
 
351 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4429  hypothetical protein  44.05 
 
 
135 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.978681 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1249  hypothetical protein  34.18 
 
 
315 aa  62  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0108  hypothetical protein  42.55 
 
 
212 aa  62.4  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0115  protein of unknown function DUF1311  41.49 
 
 
212 aa  60.1  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0111  hypothetical protein  39.36 
 
 
212 aa  56.2  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3927  hypothetical protein  36.05 
 
 
214 aa  55.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0116  hypothetical protein  39.36 
 
 
212 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1321  hypothetical protein  31.39 
 
 
405 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.113057  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0113  hypothetical protein  41.18 
 
 
206 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.357607 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3068  hypothetical protein  33.59 
 
 
240 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1411  periplasmic protein-like protein  27.46 
 
 
302 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202803  normal  0.391906 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3939  hypothetical protein  34.52 
 
 
277 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.698745  hitchhiker  0.0000139678 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3795  hypothetical protein  33.59 
 
 
240 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.085145  normal  0.591009 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0107  hypothetical protein  36.56 
 
 
244 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0179409  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4726  hypothetical protein  37.04 
 
 
339 aa  53.9  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.62609  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0314  putative lipoprotein  36.56 
 
 
295 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000419793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0123  hypothetical protein  36.56 
 
 
244 aa  53.5  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0144  hypothetical protein  37.5 
 
 
254 aa  53.5  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5742  hypothetical protein  28.42 
 
 
272 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.065133  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3205  hypothetical protein  30.26 
 
 
351 aa  53.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.87511  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4591  hypothetical protein  32.74 
 
 
166 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0360  hypothetical protein  35.8 
 
 
117 aa  52.8  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3702  hypothetical protein  36.9 
 
 
206 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2266  hypothetical protein  35.06 
 
 
497 aa  51.6  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1150  hypothetical protein  30.49 
 
 
122 aa  50.4  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000576918  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3251  hypothetical protein  30.94 
 
 
278 aa  50.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0108  hypothetical protein  36.47 
 
 
206 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3563  hypothetical protein  28.05 
 
 
339 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3770  hypothetical protein  35.29 
 
 
254 aa  50.1  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0822  hypothetical protein  32.94 
 
 
262 aa  50.1  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38987  normal  0.157917 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3785  hypothetical protein  34.48 
 
 
570 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.477688 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1387  hypothetical protein  32.98 
 
 
132 aa  49.3  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.122342  normal  0.263162 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1492  hypothetical protein  35.29 
 
 
222 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.176688  normal  0.453019 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1514  periplasmic protein-like protein  25.55 
 
 
302 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0326247  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3898  hypothetical protein  32.82 
 
 
245 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.354376 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0113  hypothetical protein  36.47 
 
 
128 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.785467 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3760  hypothetical protein  29.7 
 
 
262 aa  47  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.019501  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4262  hypothetical protein  29.76 
 
 
479 aa  47  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109505  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2072  hypothetical protein  38.6 
 
 
413 aa  47  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.357327  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0757  hypothetical protein  34.38 
 
 
208 aa  47  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000233286  normal  0.28167 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3346  hypothetical protein  39.53 
 
 
227 aa  46.6  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0234924 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2634  hypothetical protein  34.12 
 
 
192 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.579802  normal  0.658487 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4146  hypothetical protein  31.31 
 
 
537 aa  46.6  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136776  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4034  putative transmembrane protein  31.31 
 
 
537 aa  46.6  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0112  hypothetical protein  34.83 
 
 
207 aa  46.2  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22860  lipoprotein  35.63 
 
 
221 aa  46.2  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.23697  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0757  putative lipoprotein  34.04 
 
 
280 aa  46.2  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2788  hypothetical protein  29.52 
 
 
446 aa  45.8  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7625  hypothetical protein  32.5 
 
 
334 aa  45.8  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.359073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0974  hypothetical protein  27.07 
 
 
189 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2194  hypothetical protein  26.99 
 
 
273 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.988772  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4023  hypothetical protein  31.46 
 
 
266 aa  45.4  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4274  hypothetical protein  35.14 
 
 
283 aa  45.4  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30548  normal  0.162287 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2425  hypothetical protein  32.97 
 
 
263 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524808  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1949  protein of unknown function DUF1311  28.75 
 
 
463 aa  45.8  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2398  hypothetical protein  27.78 
 
 
203 aa  44.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0501  hypothetical protein  34.48 
 
 
196 aa  44.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4308  hypothetical protein  34.18 
 
 
413 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4006  hypothetical protein  32.65 
 
 
211 aa  45.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2536  hypothetical protein  29.73 
 
 
231 aa  44.3  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2090  hypothetical protein  37.65 
 
 
356 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3411  periplasmic protein-like  33.33 
 
 
258 aa  44.3  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.456273  normal  0.679918 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3275  hypothetical protein  28.36 
 
 
273 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11574  lipoprotein lprI  33.33 
 
 
197 aa  43.9  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4215  hypothetical protein  32.95 
 
 
266 aa  43.5  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2133  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  38.89 
 
 
436 aa  42.7  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0279976 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1104  hypothetical protein  31.82 
 
 
268 aa  42.4  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.720924  normal  0.156334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2767  nodulation efficiency protein NfeD  30.33 
 
 
464 aa  42.4  0.009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>