More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5113 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5113  extra-cytoplasmic solute receptor  100 
 
 
330 aa  672    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000122246  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  42.24 
 
 
327 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0489  hypothetical protein  45.81 
 
 
344 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4213  extra-cytoplasmic solute receptor  44.55 
 
 
326 aa  269  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  41.53 
 
 
330 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  43.6 
 
 
328 aa  267  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4626  hypothetical protein  42.63 
 
 
318 aa  264  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  44.54 
 
 
336 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  42.19 
 
 
331 aa  262  6.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0779  hypothetical protein  45.81 
 
 
360 aa  261  8.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  41.64 
 
 
333 aa  259  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1708  hypothetical protein  43.65 
 
 
322 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000467968  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5108  extra-cytoplasmic solute receptor  43.77 
 
 
326 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000000351886  normal  0.964391 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  44.69 
 
 
345 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3135  hypothetical protein  43.67 
 
 
326 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82433  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5035  hypothetical protein  45.28 
 
 
339 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  44.69 
 
 
345 aa  257  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  44.82 
 
 
325 aa  255  8e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  44.82 
 
 
327 aa  255  8e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0191  hypothetical protein  44.22 
 
 
335 aa  255  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  43.09 
 
 
328 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  41.33 
 
 
330 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1141  hypothetical protein  40.37 
 
 
322 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4972  hypothetical protein  41.47 
 
 
328 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345918  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  41.47 
 
 
339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2796  hypothetical protein  41.79 
 
 
336 aa  253  5.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.309219  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1522  hypothetical protein  43.08 
 
 
326 aa  253  5.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.5354  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  41.36 
 
 
330 aa  252  6e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  42.19 
 
 
329 aa  252  6e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  38.77 
 
 
331 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  41.28 
 
 
339 aa  250  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  42.67 
 
 
339 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0835  hypothetical protein  39.58 
 
 
351 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0180096  normal  0.0225936 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4526  twin-arginine translocation pathway signal  42.03 
 
 
337 aa  250  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  40.59 
 
 
328 aa  249  5e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2025  hypothetical protein  40.98 
 
 
324 aa  248  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744071  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0909  hypothetical protein  47.44 
 
 
329 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  40.26 
 
 
328 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5244  hypothetical protein  42.3 
 
 
322 aa  246  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2293  hypothetical protein  36.84 
 
 
320 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000010806  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  39.02 
 
 
328 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4389  hypothetical protein  41.33 
 
 
321 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4073  extra-cytoplasmic solute receptor  40.98 
 
 
332 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000509768  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5370  extra-cytoplasmic solute receptor  42.99 
 
 
322 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.114035  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5565  hypothetical protein  43.67 
 
 
335 aa  246  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517724  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0797  hypothetical protein  39.76 
 
 
386 aa  245  6e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  40 
 
 
326 aa  245  6.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0060  hypothetical protein  43.62 
 
 
322 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0828  hypothetical protein  41.56 
 
 
335 aa  244  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4356  hypothetical protein  44.17 
 
 
323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  41.41 
 
 
335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0256  hypothetical protein  40.92 
 
 
327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  39.76 
 
 
358 aa  243  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  39.21 
 
 
325 aa  243  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3716  hypothetical protein  39.8 
 
 
334 aa  242  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.128099  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  40.62 
 
 
328 aa  242  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  41 
 
 
330 aa  242  6e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  41 
 
 
330 aa  242  6e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  41.2 
 
 
324 aa  242  7e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0843  hypothetical protein  39.67 
 
 
323 aa  242  7.999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159621  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4520  hypothetical protein  42.2 
 
 
326 aa  241  9e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1019  hypothetical protein  42.35 
 
 
334 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.100584  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3801  extra-cytoplasmic solute receptor  37.69 
 
 
330 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.828068  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  41.06 
 
 
314 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  37.61 
 
 
327 aa  240  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1011  hypothetical protein  40.45 
 
 
395 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.630289  normal  0.164657 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6278  hypothetical protein  43.71 
 
 
322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000130922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2909  hypothetical protein  39.76 
 
 
323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3966  hypothetical protein  39.51 
 
 
356 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0682449  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4458  hypothetical protein  37.23 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.60746  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  42.19 
 
 
304 aa  239  4e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  40.37 
 
 
328 aa  239  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1885  hypothetical protein  37.54 
 
 
323 aa  239  5e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4214  hypothetical protein  42.57 
 
 
324 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0638  twin-arginine translocation pathway signal  39.82 
 
 
330 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1812  hypothetical protein  40.33 
 
 
326 aa  239  5.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0646  hypothetical protein  39.04 
 
 
334 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0265  hypothetical protein  38.27 
 
 
323 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3830  hypothetical protein  37.58 
 
 
330 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3798  hypothetical protein  40.13 
 
 
338 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.366926  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3624  hypothetical protein  40.8 
 
 
330 aa  237  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.210677  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  41.58 
 
 
324 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2776  hypothetical protein  39.45 
 
 
332 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2997  hypothetical protein  42.62 
 
 
343 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0266851  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  38.24 
 
 
325 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  43.14 
 
 
333 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2752  hypothetical protein  39.4 
 
 
325 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.299516 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  40.66 
 
 
344 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4229  twin-arginine translocation pathway signal  39.07 
 
 
335 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.467764  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4433  extra-cytoplasmic solute receptor  39.2 
 
 
327 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.318216 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3993  hypothetical protein  41.43 
 
 
322 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5061  extra-cytoplasmic solute receptor  39.67 
 
 
335 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000369607  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6186  hypothetical protein  39.94 
 
 
327 aa  236  6e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3785  hypothetical protein  40.47 
 
 
362 aa  235  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0141562  normal  0.251227 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5547  hypothetical protein  39.22 
 
 
325 aa  236  6e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2820  hypothetical protein  39.27 
 
 
359 aa  235  7e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.407557  normal  0.294179 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3832  extra-cytoplasmic solute receptor  38.84 
 
 
322 aa  235  7e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1918  hypothetical protein  37.61 
 
 
333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2444  hypothetical protein  39.2 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0619  hypothetical protein  39.32 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>