289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4960 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4960  pili assembly chaperone  100 
 
 		 234 aa  471  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0268456  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0839  pili assembly chaperone: pili assembly chaperone  58.74 
 
 		 251 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4251  periplasmic pilus chaperone  58.82 
 
 		 250 aa  274  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.253121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1695  twin-arginine translocation pathway signal  54.26 
 
 		 257 aa  254  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.734718  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2971  putative fimbrial chaperone protein  48.26 
 
 		 247 aa  240  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6928  Pili assembly chaperone, N-terminal  46.12 
 
 		 265 aa  226  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.35944  normal  0.811433 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0151  putative chaperone protein EcpD  49.79 
 
 		 246 aa  223  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00134354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0149  putative chaperone protein EcpD  47.14 
 
 		 241 aa  222  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0213386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3519  putative chaperone protein EcpD  46.22 
 
 		 241 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0338964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6637  Pili assembly chaperone, N-terminal  47.35 
 
 		 250 aa  215  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480181  hitchhiker  0.00000000170705 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5934  pili assembly chaperone  48.05 
 
 		 253 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4023  pili assembly chaperone  48.03 
 
 		 246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0575  pili assembly chaperone  43.86 
 
 		 256 aa  208  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00139  predicted periplasmic pilin chaperone  46.05 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0365328  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0143  putative chaperone protein EcpD  46.05 
 
 		 246 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000190021  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00138  hypothetical protein  46.05 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0326342  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0208  putative chaperone protein EcpD  43.72 
 
 		 245 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0143  putative chaperone protein EcpD  46.05 
 
 		 246 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000867572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3462  Pili assembly chaperone, N-terminal  46.46 
 
 		 246 aa  205  5e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000279745  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3975  putative chaperone protein EcpD  43.72 
 
 		 247 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0151  fimbrial assembly chaperone protein  44.1 
 
 		 236 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0116  fimbrial chaperone protein ecpD  43.61 
 
 		 241 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1599  chaperone protein EcpD precursor  44.05 
 
 		 240 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.307824  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0127  fimbrial assembly chaperone protein  44.05 
 
 		 245 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0210  putative chaperone protein EcpD  42.41 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.304462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1152  putative pili assembly chaperone protein  46.64 
 
 		 282 aa  191  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0053  Pili assembly chaperone, N-terminal  40.43 
 
 		 266 aa  185  5e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.541811  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3033  Pili assembly chaperone, N-terminal  42.31 
 
 		 243 aa  184  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0064  chaperone protein precursor  40.43 
 
 		 266 aa  184  9e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00812776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11070  chaperone CupB2  40.89 
 
 		 248 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.745503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5937  pili assembly chaperone  41.67 
 
 		 260 aa  181  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1787  pili assembly chaperone  36.8 
 
 		 259 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0172451  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3754  pili assembly chaperone  42.22 
 
 		 248 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2659  fimbrial assembly chaperone protein  36.8 
 
 		 245 aa  175  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0270298  normal  0.0110591 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6668  Pili assembly chaperone, N-terminal  41.41 
 
 		 244 aa  174  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0489694 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1676  fimbrial assembly chaperone protein  36.8 
 
 		 245 aa  174  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.315033  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51460  chaperone CupC  40.45 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0145666  hitchhiker  0.000165686 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0831  Pili assembly chaperone, N-terminal  43.5 
 
 		 248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.440668  normal  0.119444 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2694  pili assembly chaperone  40.09 
 
 		 253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0316944  hitchhiker  0.00667169 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0562  Pili assembly chaperone, N-terminal  40.27 
 
 		 243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1476  pili assembly chaperone  40.09 
 
 		 253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.952607  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1364  pili assembly chaperone  40.09 
 
 		 253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.353604  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3291  Pili assembly chaperone, N-terminal  43.66 
 
 		 238 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0353367 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1015  chaperone CupB2  39.74 
 
 		 248 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.674844  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2236  pili assembly chaperone  39.35 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.918746  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1790  pili assembly chaperone  36.32 
 
 		 267 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0241556  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2656  pili assembly chaperone  36.32 
 
 		 267 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0266347 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1679  pili assembly chaperone  36.17 
 
 		 267 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1022  fimbrial chaperone protein  40.43 
 
 		 256 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.490389  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2232  fimbrial chaperone protein  40.43 
 
 		 256 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0389823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2089  fimbrial assembly chaperone protein  40.43 
 
 		 256 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4043  pili assembly chaperone  34.68 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127913  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0502  pili assembly chaperone  34.68 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0112394  hitchhiker  0.00160128 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11090  chaperone CupB4  40.44 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2032  fimbrial assembly chaperone protein  40.43 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381459  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1818  pili assembly chaperone  39.32 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000389193 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0170  pili assembly chaperone  34.68 
 
 		 243 aa  158  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.978477  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3043  pili assembly chaperone  40.97 
 
 		 249 aa  158  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000936481  normal  0.260101 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0762  Pili assembly chaperone, N-terminal  40.53 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.907916  normal  0.0172596 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1666  pili assembly chaperone  35.62 
 
 		 252 aa  155  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.212595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0299  pili assembly chaperone  34.35 
 
 		 242 aa  155  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2832  pili assembly chaperone  36.99 
 
 		 252 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1533  Pili assembly chaperone, N-terminal  37.56 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.981289  normal  0.941111 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59720  putative pili assembly chaperone  40.27 
 
 		 248 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000243417  hitchhiker  1.8850500000000002e-18 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37040  chaperone CupA2  37.56 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3810  Pili assembly chaperone, N-terminal  37.95 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0391987  normal  0.124157 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3923  Pili assembly chaperone, N-terminal  37.95 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.358656  normal  0.566628 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1017  chaperone CupB4  37.73 
 
 		 250 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.218387  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59760  putative pili assembly chaperone  38.29 
 
 		 238 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000219223  hitchhiker  1.4963800000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3022  chaperone CupA2  37.9 
 
 		 248 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0151504  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3747  pili assembly chaperone  37.1 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.81685  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0562  Pili assembly chaperone, N-terminal  38.64 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2038  pili assembly chaperone: pili assembly chaperone  35.19 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.361686  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4461  gram-negative pili assembly chaperone protein  37.73 
 
 		 224 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0555  pili assembly chaperone  38.18 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.970343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3335  pili assembly chaperone protein  38.18 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.63342  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4242  pili assembly chaperone protein  40.74 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03010  predicted periplasmic pilin chaperone  38.18 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02961  hypothetical protein  38.18 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3625  pili assembly chaperone protein  37.9 
 
 		 231 aa  138  7.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2276  pili assembly chaperone  30.53 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00485473  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1535  Pili assembly chaperone, N-terminal  37.38 
 
 		 266 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0256445  normal  0.556062 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2167  pili assembly chaperone  30.53 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000797941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1272  gram-negative pili assembly chaperone  32.74 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.809329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0370  fimbrial chaperone protein  34.78 
 
 		 253 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.477015  normal  0.189862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4095  long polar fimbrial operon protein LpfB  39.81 
 
 		 243 aa  135  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0432  fimbrial chaperone protein  34.78 
 
 		 267 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.206552  hitchhiker  0.0000544991 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0372  fimbrial chaperone protein  34.78 
 
 		 267 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.577806  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4918  pili assembly chaperone  32.14 
 
 		 227 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.458934  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0380  fimbrial chaperone protein  34.78 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0692869 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0392  fimbrial chaperone protein  34.78 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.533887  normal  0.0135729 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0167  pili assembly chaperone  33.33 
 
 		 244 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0499  pili assembly chaperone  33.33 
 
 		 244 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.298988  decreased coverage  0.000379472 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1276  gram-negative pili assembly chaperone  35.89 
 
 		 233 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.315526 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4046  pili assembly chaperone  33.33 
 
 		 272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4154  pili assembly chaperone  34.68 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0167  Pili assembly chaperone, N-terminal  29.07 
 
 		 248 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5004  pili assembly chaperone  31.7 
 
 		 227 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5007  pili assembly chaperone  31.7 
 
 		 227 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.42605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4952  pili assembly chaperone  31.7 
 
 		 227 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>