156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4896 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4896  hypothetical protein  100 
 
 
264 aa  543  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0789427 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3332  SMC domain protein  72.98 
 
 
249 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606239  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3340  AAA ATPase  67.34 
 
 
249 aa  371  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2157  AAA ATPase  62.45 
 
 
250 aa  333  2e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000180091  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2827  SMC domain-containing protein  61.22 
 
 
250 aa  328  5.0000000000000004e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3764  ABC transporter, ATP-binding protein  60.08 
 
 
250 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4042  hypothetical protein  60.08 
 
 
250 aa  318  6e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4128  hypothetical protein  59.04 
 
 
250 aa  316  2e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000150921  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2458  SMC domain-containing protein  61.16 
 
 
250 aa  317  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3851  SMC domain-containing protein  59.04 
 
 
250 aa  315  6e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.781388  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3779  ABC transporter, ATP-binding protein  59.11 
 
 
241 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.761387  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4149  hypothetical protein  57.43 
 
 
250 aa  310  2e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0347458  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4075  hypothetical protein  58.47 
 
 
241 aa  308  5.9999999999999995e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0432501  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1155  SMC domain protein  60.66 
 
 
253 aa  307  9e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1110  hypothetical protein  58.06 
 
 
241 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000880553  normal  0.123467 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3931  hypothetical protein  57.26 
 
 
241 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00701027  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4239  hypothetical protein  57.26 
 
 
241 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0948771  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3370  AAA ATPase  61.67 
 
 
246 aa  286  2e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0244  SMC protein-like protein  59.29 
 
 
264 aa  275  6e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0436  SMC domain protein  51 
 
 
242 aa  269  2.9999999999999997e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3216  SMC domain protein  52.19 
 
 
252 aa  255  5e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.186823  normal  0.0902964 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3710  AAA ATPase  57.14 
 
 
258 aa  244  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0046  hypothetical protein  54.11 
 
 
242 aa  236  3e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.275871 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20730  predicted ATPase  45.57 
 
 
236 aa  186  3e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4729  AAA ATPase  40.94 
 
 
269 aa  167  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0774125  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1452  AAA ATPase  42.49 
 
 
236 aa  166  4e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.657103  normal  0.491282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4387  hypothetical protein  36.22 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0842496  normal  0.0719628 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0418  AAA ATPase  42.54 
 
 
238 aa  161  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1439  AAA ATPase  41.3 
 
 
258 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1380  hypothetical protein  37.61 
 
 
234 aa  151  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3130  AAA ATPase  41.18 
 
 
241 aa  149  7e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.011884  hitchhiker  0.0000530848 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1226  AAA ATPase  40.96 
 
 
244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0149609 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1129  AAA ATPase  34.71 
 
 
243 aa  145  8.000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4702  AAA ATPase  36.21 
 
 
257 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0190086  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1320  hypothetical protein  34.45 
 
 
238 aa  144  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.235349  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1101  hypothetical protein  33.47 
 
 
238 aa  141  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00638245  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0896  AAA ATPase  38.37 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2572  SMC domain-containing protein  35.32 
 
 
263 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0665735  normal  0.170232 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0899  AAA ATPase  35.95 
 
 
247 aa  133  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.938008  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1795  AAA ATPase  35.69 
 
 
279 aa  129  4.0000000000000003e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.819097  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0634  SMC domain-containing protein  53.85 
 
 
94 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0602  SMC domain-containing protein  53.85 
 
 
94 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0630  SMC domain-containing protein  53.85 
 
 
94 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.881149  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3120  AAA ATPase  26.69 
 
 
284 aa  89.4  6e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000341201  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1718  AAA ATPase  30.83 
 
 
285 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000684443  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0143  ABC transporter related  26.5 
 
 
509 aa  50.8  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29271  ABC transporter ATP-binding protein  26.59 
 
 
262 aa  50.1  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01870  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophore transport system, ATPase component  30.34 
 
 
322 aa  49.3  0.00006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.110176 
 
 
-
 
NC_004310  BR1344  iron compound ABC transporter, ATP-binding protein  28.99 
 
 
258 aa  48.5  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1302  iron compound ABC transporter, ATP-binding protein  28.99 
 
 
258 aa  48.1  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2442  ABC transporter-related protein  26.32 
 
 
510 aa  48.5  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0142053  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3561  ABC transporter related  25.84 
 
 
510 aa  48.5  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00305644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1410  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  25.84 
 
 
510 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0297132  hitchhiker  0.00935726 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3889  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  25.84 
 
 
510 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.228489  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2711  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD  30.39 
 
 
581 aa  47.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0138021  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3642  sugar ABC transporter ATP-binding protein  25.36 
 
 
508 aa  46.6  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3532  ABC transporter, ATP-binding protein  25.36 
 
 
510 aa  46.6  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.664818  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3550  ABC transporter, ATP-binding protein  25.36 
 
 
510 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0119888  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1968  ABC transporter related protein  27.16 
 
 
243 aa  46.6  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.384614  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3926  sugar ABC transporter ATP-binding protein  25.36 
 
 
510 aa  46.6  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0557636  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01391  ABC transporter ATP-binding protein  24.77 
 
 
227 aa  47  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.620076  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3825  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  25.36 
 
 
510 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.37688  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3838  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  25.36 
 
 
510 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00178952  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3803  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  25.36 
 
 
510 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000201894 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0941  ABC transporter related  25.81 
 
 
562 aa  46.2  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.613771 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0955  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  24.85 
 
 
511 aa  45.4  0.0008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_31021  Protein involved in recombination repair  45.45 
 
 
1063 aa  45.4  0.0009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.109982 
 
 
-
 
NC_006686  CND03960  DNA repair-related protein, putative  61.76 
 
 
1125 aa  45.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1407  ABC transporter related  23.67 
 
 
509 aa  45.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00366651  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1999  ABC transporter related  31.32 
 
 
571 aa  45.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0994183  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  25.76 
 
 
642 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0857  ABC-type uncharacterized transport system, ATPase component  26.23 
 
 
512 aa  45.4  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1142  ABC transporter related  28.64 
 
 
255 aa  45.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.417432 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5326  ABC transporter-related protein  30.57 
 
 
218 aa  45.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4496  ABC transporter related protein  27.22 
 
 
204 aa  45.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.508797  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08344  ABC multidrug transporter (Eurofung)  26.88 
 
 
1462 aa  44.3  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0543017  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0461  ABC transporter related  22.88 
 
 
245 aa  44.3  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2749  ABC transporter related  27.49 
 
 
247 aa  44.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.795075 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2511  ABC transporter related  29.53 
 
 
253 aa  44.7  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3357  SMC domain-containing protein  32.11 
 
 
437 aa  44.3  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.123972  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3337  ABC transporter, ATP-binding protein  29.51 
 
 
551 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0125  ABC transporter related protein  26.92 
 
 
250 aa  44.3  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0116  ABC transporter related  29.38 
 
 
255 aa  44.3  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0979566 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0691  iron-hydroxamate transporter ATP-binding subunit  28 
 
 
265 aa  44.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4179  cobalt ABC transporter, ATPase subunit  25 
 
 
282 aa  43.9  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.968728  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0295  ABC transporter related  27.13 
 
 
249 aa  44.7  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.852806  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2853  putative molybdenum transport ATP-binding protein ModF  25.85 
 
 
496 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5894  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  28.87 
 
 
329 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  32.29 
 
 
573 aa  44.3  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1415  putative molybdenum transport ATP-binding protein ModF  25.85 
 
 
497 aa  44.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2940  putative molybdenum transport ATP-binding protein ModF  25.85 
 
 
496 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0163  iron-hydroxamate transporter ATP-binding subunit  29.7 
 
 
265 aa  44.3  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2615  ABC transporter related  24.29 
 
 
258 aa  43.9  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0057  ABC transporter related  26.74 
 
 
414 aa  43.5  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0315  ATPase  30.43 
 
 
229 aa  43.9  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.153561  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0187  ABC transporter related  28.57 
 
 
275 aa  43.9  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.184625  normal  0.796471 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2383  hypothetical protein  36.67 
 
 
93 aa  43.5  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.450314  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1924  ABC transporter related  27.78 
 
 
524 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0164399 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3333  iron-hydroxamate transporter ATP-binding subunit  27.73 
 
 
264 aa  43.5  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0998  iron-hydroxamate transporter ATP-binding subunit  27.73 
 
 
264 aa  43.5  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>