More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4779 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4779  branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  100 
 
 		 250 aa  494  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00385754  normal  0.485127 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4009  ABC transporter related  83.13 
 
 		 250 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.704457  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2246  ABC transporter ATP-binding protein  75.1 
 
 		 257 aa  363  2e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.423117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2058  ABC transporter related  73.47 
 
 		 257 aa  361  6e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2451  ABC transporter related  73.06 
 
 		 257 aa  355  2.9999999999999997e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5147  ABC transporter related  63.52 
 
 		 253 aa  307  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.428742 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5704  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  57.26 
 
 		 248 aa  279  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1589  ABC transporter related  56.22 
 
 		 250 aa  274  9e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.536198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1582  ABC transporter related  55.82 
 
 		 250 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.921002 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0162  ABC transporter related  55.87 
 
 		 261 aa  266  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.543023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4556  ABC transporter related  53.82 
 
 		 250 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1750  ABC transporter related  51.61 
 
 		 253 aa  254  8e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.272511  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0291  ABC transporter related  51.23 
 
 		 268 aa  251  6e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2727  ABC transporter related  51 
 
 		 263 aa  251  9.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0769832 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3381  ABC transporter related  50.8 
 
 		 265 aa  247  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0966069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1362  ABC transporter related  51.82 
 
 		 251 aa  246  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.58229 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4298  ABC transporter related  49.8 
 
 		 254 aa  241  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4220  ABC transporter related  48.19 
 
 		 254 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2273  ABC transporter related  48.39 
 
 		 254 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.639311  normal  0.805195 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1180  ABC transporter related  48.8 
 
 		 254 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5447  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  45.87 
 
 		 247 aa  219  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.726701  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4046  ABC transporter related  46.34 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3186  ABC transporter related  45.24 
 
 		 254 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.556382 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2123  ABC transporter-like protein  46.94 
 
 		 250 aa  212  4.9999999999999996e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.542398 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3478  ABC transporter related  44.49 
 
 		 254 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.213105 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0791  ABC transporter-related protein  48.57 
 
 		 248 aa  210  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.323414 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4001  ABC transporter related  45.68 
 
 		 251 aa  205  6e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.172922  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1989  ABC transporter related  43.5 
 
 		 249 aa  205  6e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.599945  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0651  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  47.83 
 
 		 249 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0613  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  47.83 
 
 		 249 aa  204  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0178  ABC transporter related  45.6 
 
 		 249 aa  203  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4607  ABC transporter related  45.45 
 
 		 251 aa  202  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2457  ABC transporter related  43.32 
 
 		 250 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2305  ABC transporter related protein  41.27 
 
 		 251 aa  200  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0989  ABC transporter related  42.97 
 
 		 251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000217247 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5130  ABC transporter related  43.03 
 
 		 250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0104997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0735  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.5 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3733  ABC transporter related  45.85 
 
 		 249 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.157597  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0363  ABC transporter related  47.15 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4485  ABC transporter related  43.95 
 
 		 264 aa  195  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1375  ABC transporter related  45.04 
 
 		 255 aa  193  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0196  ABC transporter related  44.94 
 
 		 251 aa  193  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1576  ABC transporter related  42.11 
 
 		 250 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3271  ABC transporter related  47.15 
 
 		 250 aa  192  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.910977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  43.87 
 
 		 254 aa  192  6e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4208  ABC transporter related  45.12 
 
 		 246 aa  192  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.154178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0080  ABC transporter related  43.9 
 
 		 252 aa  191  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0616  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  40.89 
 
 		 250 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0662  ABC transporter related  40.89 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0656  ABC transporter related  40.89 
 
 		 250 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561275  normal  0.139906 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0024  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  41.46 
 
 		 250 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3209  ABC transporter related  38.96 
 
 		 253 aa  189  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.271169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3782  ABC transporter related  44.86 
 
 		 263 aa  188  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0854  ABC transporter related  40.24 
 
 		 250 aa  187  9e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.690377  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0027  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  41.06 
 
 		 250 aa  187  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6214  ABC transporter related  45.04 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4817  putative ABC transporter, ATP-binding protein  41.37 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.730838 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3171  ABC transporter-related protein  44.53 
 
 		 255 aa  186  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0188228  normal  0.918751 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2364  ABC transporter related  43.5 
 
 		 245 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0760  ABC transporter related  44.26 
 
 		 273 aa  185  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0111  ABC transporter related  42.63 
 
 		 257 aa  185  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.683249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0051  ABC transporter related  40.24 
 
 		 258 aa  185  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.454909  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3804  ABC transporter related  41.94 
 
 		 267 aa  184  9e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.162202  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2234  ABC transporter related  42.51 
 
 		 249 aa  184  9e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.886454  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1579  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.8 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3304  ABC transporter component  41.56 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3555  ABC transporter related  42.45 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0799958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  43.53 
 
 		 264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0226  ABC transporter related  41.5 
 
 		 257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.733524  normal  0.0444601 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  40.93 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1176  ABC transporter related  44.26 
 
 		 252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  40.98 
 
 		 625 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1447  ABC transporter related  41.63 
 
 		 256 aa  182  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0752148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  43.53 
 
 		 265 aa  183  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1285  ABC transporter related  41.63 
 
 		 256 aa  182  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.270535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2026  ABC transporter related  41.53 
 
 		 252 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4643  ABC transporter related  42.63 
 
 		 840 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343173  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0211  ABC transporter related  39.92 
 
 		 245 aa  182  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3736  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  37.8 
 
 		 251 aa  181  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  44.67 
 
 		 852 aa  181  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2610  ABC transporter related  40.7 
 
 		 270 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  42.86 
 
 		 842 aa  181  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2892  ABC transporter related protein  41.87 
 
 		 266 aa  181  9.000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6266  ABC transporter related  42.51 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3640  ABC transporter related  46.37 
 
 		 249 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0644787 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2499  ABC transporter related  40.46 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.241387  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3911  ABC transporter related  44.98 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.651155  normal  0.068215 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2955  ABC transporter related  42.15 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4398  ABC transporter related  41.22 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1661  ABC transporter related  40.16 
 
 		 260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0588  ABC transporter related protein  42.06 
 
 		 255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5860  ABC transporter related  42.21 
 
 		 272 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0731407 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0055  ABC transporter related  45.2 
 
 		 252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2686  ABC transporter-like protein  40.25 
 
 		 484 aa  179  4e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.473658  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0668  ABC-type branched-chain amino acid transport systems ATPase component  40.24 
 
 		 272 aa  179  4e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4478  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP binding protein  41.7 
 
 		 255 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423389  hitchhiker  0.00964914 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6436  ABC transporter related  43.03 
 
 		 261 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2864  ABC transporter-related protein  42.06 
 
 		 258 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.150555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2394  ABC transporter related  39.7 
 
 		 262 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1672  ABC transporter related  42.56 
 
 		 251 aa  178  5.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.707432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>