19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4597 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4597    100 
 
 
342 bp  678    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00627223  hitchhiker  0.00430609 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  97.37 
 
 
405 bp  67.9  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2678  hypothetical protein  97.3 
 
 
468 bp  65.9  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.572298  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1572  hypothetical protein  100 
 
 
228 bp  65.9  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3827  MobA/MobL protein  97.3 
 
 
705 bp  65.9  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2997  hypothetical protein  97.3 
 
 
468 bp  65.9  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.520237 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6343    97.3 
 
 
366 bp  65.9  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00153722  unclonable  0.000000047635 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6170    97.3 
 
 
783 bp  65.9  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000628127  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0084  streptomycin phosphotransferase B  100 
 
 
783 bp  60  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.707576 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1745  FAD dependent oxidoreductase  92.11 
 
 
1167 bp  52  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.637399  normal  0.516042 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0725  glutaminyl-tRNA synthetase  100 
 
 
1665 bp  48.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.769137  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0706  glutaminyl-tRNA synthetase  100 
 
 
1665 bp  48.1  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000238299  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00637  glutaminyl-tRNA synthetase  100 
 
 
1665 bp  48.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2976  glutaminyl-tRNA synthetase  100 
 
 
1665 bp  48.1  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0570  glutaminyl-tRNA synthetase  100 
 
 
1665 bp  48.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.011441  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0773  glutaminyl-tRNA synthetase  100 
 
 
1665 bp  48.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0411639  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00628  hypothetical protein  100 
 
 
1665 bp  48.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2957  glutaminyl-tRNA synthetase  100 
 
 
1665 bp  48.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.690706  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2155  protein of unknown function DUF214  96.3 
 
 
1338 bp  46.1  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.755011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>