29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4302 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4302  ferredoxin  100 
 
 		 212 aa  433  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0232293  decreased coverage  0.00591576 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4590  ferredoxin:4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  78.67 
 
 		 212 aa  355  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3934  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  60.77 
 
 		 220 aa  263  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0981  ferredoxin  32.32 
 
 		 273 aa  120  9.999999999999999e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.0000000000000024477  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2666  ferredoxin  33.33 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4094  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.43 
 
 		 264 aa  108  6e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.405546 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2912  ferredoxin  28.21 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0453535 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1250  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.71 
 
 		 227 aa  98.6  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0849107  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1745  ferredoxin  28.71 
 
 		 249 aa  97.8  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0640464 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0858  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  33.82 
 
 		 802 aa  50.1  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.00000000764937  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1373  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  42.62 
 
 		 786 aa  50.4  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.619711  normal  0.51907 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.75 
 
 		 1000 aa  44.7  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04025  fumarate reductase (anaerobic), Fe-S subunit  22.92 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03987  hypothetical protein  22.92 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.25 
 
 		 948 aa  43.1  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5671  fumarate reductase iron-sulfur subunit  22.92 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.123167 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4685  fumarate reductase iron-sulfur subunit  22.92 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4624  fumarate reductase iron-sulfur subunit  22.92 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.107417 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3857  fumarate reductase iron-sulfur subunit  22.92 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00966888 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4712  fumarate reductase iron-sulfur subunit  22.92 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4397  fumarate reductase iron-sulfur subunit  22.92 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3837  succinate dehydrogenase and fumarate reductase iron-sulfur protein  22.92 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0311  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  31.88 
 
 		 779 aa  42.7  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.435383  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.66 
 
 		 1428 aa  42.7  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.36 
 
 		 1424 aa  42.4  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1673  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  30.43 
 
 		 778 aa  42  0.007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.36 
 
 		 1425 aa  41.6  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0320  succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulfur subunit  22.61 
 
 		 494 aa  41.6  0.009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.031272 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.36 
 
 		 1425 aa  41.6  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>