More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4300 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4588  NADH dehydrogenase (quinone)  85.99 
 
 
414 aa  717    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.31058  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4300  NADH:ubiquinone oxidoreductase complex I, chain F  100 
 
 
414 aa  842    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0070015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3932  NADH dehydrogenase (quinone)  68.14 
 
 
422 aa  527  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2708  NADH dehydrogenase I, F subunit  41.41 
 
 
488 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.5 
 
 
421 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  43.86 
 
 
427 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1017  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.29 
 
 
425 aa  298  1e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  37.5 
 
 
545 aa  295  7e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0332  NADH dehydrogenase (quinone)  40.55 
 
 
629 aa  288  2e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1701  NADH dehydrogenase (quinone)  42.42 
 
 
604 aa  287  2e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  38.16 
 
 
604 aa  286  2.9999999999999996e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  38.79 
 
 
545 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  38.68 
 
 
545 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1634  NADP-reducing hydrogenase chain C  39.29 
 
 
486 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000096005  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1844  NADP-reducing hydrogenase chain C  39.29 
 
 
486 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2864  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.25 
 
 
454 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  hitchhiker  0.00675695 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0633  NADH dehydrogenase (quinone)  39.6 
 
 
427 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1628  NADH dehydrogenase (quinone)  39.6 
 
 
427 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3188  NADH dehydrogenase (quinone)  39.6 
 
 
427 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  38.38 
 
 
656 aa  283  4.0000000000000003e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4166  NADH dehydrogenase (quinone)  40.15 
 
 
530 aa  283  5.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0429  NADH dehydrogenase (quinone)  39.19 
 
 
624 aa  282  6.000000000000001e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.32 
 
 
439 aa  283  6.000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2160  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.08 
 
 
443 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  39.35 
 
 
535 aa  281  1e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  37.53 
 
 
597 aa  282  1e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1604  NADP-reducing hydrogenase chain C  38.38 
 
 
486 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4553  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.79 
 
 
442 aa  281  2e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1887  NADH dehydrogenase (quinone)  42.42 
 
 
592 aa  280  3e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  37.06 
 
 
614 aa  280  3e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2690  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.89 
 
 
438 aa  280  4e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0544  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.75 
 
 
448 aa  280  4e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.789941 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.44 
 
 
441 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.44 
 
 
441 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.44 
 
 
441 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3821  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.7 
 
 
426 aa  280  5e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.400637  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.2 
 
 
434 aa  279  7e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1123  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.45 
 
 
429 aa  278  9e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  39.55 
 
 
597 aa  278  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4413  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.93 
 
 
433 aa  278  2e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  39.08 
 
 
614 aa  277  2e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1368  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  277  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104051  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2577  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  277  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1857  NADH dehydrogenase (quinone)  37.56 
 
 
600 aa  277  3e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3423  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  277  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2433  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  277  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2660  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  277  3e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.142172  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0474  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.55 
 
 
448 aa  276  4e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  39.39 
 
 
607 aa  276  5e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  39.39 
 
 
607 aa  276  5e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1018  NADH dehydrogenase (quinone)  36.39 
 
 
407 aa  276  5e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0845  NADH dehydrogenase (quinone)  39.08 
 
 
572 aa  275  7e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2552  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2670  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.793863 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2463  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.560534  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2508  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2563  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02209  NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F  38.42 
 
 
445 aa  275  9e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1373  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.42 
 
 
445 aa  275  9e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00215992  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2438  NADH dehydrogenase I subunit F  38.42 
 
 
445 aa  275  9e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.79 
 
 
427 aa  275  9e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000522116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.79 
 
 
427 aa  275  9e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02169  hypothetical protein  38.42 
 
 
445 aa  275  9e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2828  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
445 aa  274  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.208712  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.25 
 
 
706 aa  274  2.0000000000000002e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  39.3 
 
 
428 aa  273  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232944  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  38.65 
 
 
535 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13171  NADH dehydrogenase I chain F nuoF (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain F)  41.13 
 
 
445 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4052  NADH dehydrogenase (quinone)  41.34 
 
 
543 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  38.65 
 
 
535 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  38.64 
 
 
537 aa  272  6e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1365  NADH dehydrogenase (quinone)  38.71 
 
 
532 aa  271  1e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.529964  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0822  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.85 
 
 
426 aa  272  1e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.76792  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0158  NADH dehydrogenase (quinone)  40.61 
 
 
421 aa  272  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.589974 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1311  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.73 
 
 
439 aa  272  1e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0713  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.05 
 
 
426 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  39.34 
 
 
636 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.260588 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0559  NADH dehydrogenase (quinone)  38.5 
 
 
624 aa  271  2e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.382532  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  39.8 
 
 
610 aa  271  2e-71  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0377  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.36 
 
 
444 aa  271  2e-71  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.372414  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  37.65 
 
 
594 aa  271  2e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07430  NADH dehydrogenase subunit F  38.5 
 
 
449 aa  270  2e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0432719 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01800  NADH dehydrogenase I subunit F  40.55 
 
 
624 aa  270  4e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.235185  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2056  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.5 
 
 
441 aa  270  4e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0714  NADH dehydrogenase (quinone)  42.89 
 
 
428 aa  270  4e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.934005  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1828  NADH dehydrogenase (quinone)  36.65 
 
 
407 aa  270  5e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  38.94 
 
 
602 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3391  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.14 
 
 
451 aa  269  7e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.34 
 
 
447 aa  268  8.999999999999999e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2560  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.37 
 
 
427 aa  268  1e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.652928  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0286  NADH-quinone oxidoreductase subunit F  38.35 
 
 
428 aa  268  1e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2238  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.2 
 
 
449 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  37.82 
 
 
626 aa  267  2e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1655  NADH dehydrogenase (quinone)  39.29 
 
 
627 aa  267  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0225  NADH dehydrogenase (quinone)  38.5 
 
 
417 aa  267  2e-70  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1695  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.1 
 
 
537 aa  267  2.9999999999999995e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.316564  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0991  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.93 
 
 
425 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.315379  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1450  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  39.09 
 
 
636 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101445  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4348  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.13 
 
 
441 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.548898  normal  0.181766 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1812  NADH dehydrogenase I subunit F  38.24 
 
 
461 aa  266  4e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.848425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>