More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4243 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4243  Crp/Fnr family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  625  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.286118 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  29.33 
 
 
239 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.99 
 
 
239 aa  99  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 
239 aa  99  8e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
239 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
239 aa  98.6  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
241 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
239 aa  92.4  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  30.91 
 
 
247 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.35 
 
 
241 aa  90.9  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
239 aa  90.1  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  26.15 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
225 aa  77.8  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  27.91 
 
 
229 aa  77.4  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.89 
 
 
224 aa  76.3  0.0000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.85 
 
 
225 aa  75.1  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.27 
 
 
225 aa  73.9  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
225 aa  73.6  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.81 
 
 
225 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.93 
 
 
225 aa  71.6  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.69 
 
 
225 aa  70.9  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.76 
 
 
218 aa  70.5  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
245 aa  70.1  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  26.42 
 
 
232 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  25.81 
 
 
225 aa  70.1  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
225 aa  68.6  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  23.68 
 
 
225 aa  68.9  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.83 
 
 
234 aa  68.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
226 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.55 
 
 
228 aa  67.8  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
263 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  27.78 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.39 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.47 
 
 
236 aa  66.6  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
234 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
235 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.26 
 
 
224 aa  65.1  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.78 
 
 
224 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  24.54 
 
 
224 aa  64.3  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
225 aa  63.9  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
220 aa  64.3  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  24.35 
 
 
352 aa  63.9  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  24.74 
 
 
228 aa  63.5  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.26 
 
 
228 aa  63.5  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2075  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.32 
 
 
210 aa  63.5  0.000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
239 aa  63.5  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  24.54 
 
 
224 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  24.61 
 
 
225 aa  63.2  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  23.64 
 
 
224 aa  62.8  0.000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.3 
 
 
235 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.3 
 
 
235 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.61 
 
 
224 aa  62.4  0.000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
247 aa  62.4  0.000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.54 
 
 
224 aa  62.4  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 
224 aa  61.6  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  25.59 
 
 
222 aa  62  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
235 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6158  cyclic nucleotide-binding protein  25.71 
 
 
251 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.55 
 
 
237 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2023  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.75 
 
 
221 aa  62.4  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0496812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.54 
 
 
224 aa  62  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  23.68 
 
 
226 aa  61.2  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1612  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
243 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03241  CRP family global nitrogen regulatory protein  25.42 
 
 
243 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.26 
 
 
226 aa  61.2  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
228 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  25.11 
 
 
266 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2082  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.26 
 
 
225 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2058  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.26 
 
 
225 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  23.15 
 
 
226 aa  60.8  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
232 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
224 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
224 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2084  cyclic nucleotide-binding  26.11 
 
 
230 aa  60.5  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
224 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0269  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.99 
 
 
238 aa  60.5  0.00000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
229 aa  60.1  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2471  transcription factor Fnr  27.67 
 
 
269 aa  60.5  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.366844  normal  0.0435693 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.57 
 
 
232 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  23.35 
 
 
259 aa  59.7  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  20.94 
 
 
227 aa  59.7  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.39 
 
 
242 aa  59.7  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.56 
 
 
236 aa  59.7  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3283  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.26 
 
 
223 aa  59.3  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
252 aa  59.3  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0750  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.75 
 
 
238 aa  59.3  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.55 
 
 
251 aa  59.3  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 
228 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  25 
 
 
236 aa  58.5  0.0000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
260 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
246 aa  58.9  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.81 
 
 
236 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.22 
 
 
229 aa  58.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.22 
 
 
237 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  27.19 
 
 
225 aa  58.5  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24561  CRP family global nitrogen regulatory protein  22.99 
 
 
222 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>