74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4147 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4147  hypothetical protein  100 
 
 
215 aa  414  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0127542  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4955  hypothetical protein  59.62 
 
 
235 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7030  hypothetical protein  45.16 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.208747  hitchhiker  0.0000000103187 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0013  hypothetical protein  46.51 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.520406  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4950  hypothetical protein  47.12 
 
 
235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.047214 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5503  hypothetical protein  46.63 
 
 
235 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146847  normal  0.0180999 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3176  hypothetical protein  47.44 
 
 
234 aa  158  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.902942 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5678  hypothetical protein  45.71 
 
 
235 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.426839  hitchhiker  0.00182572 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5181  hypothetical protein  45.71 
 
 
235 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.345752  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4557  hypothetical protein  45.71 
 
 
235 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0500277  normal  0.141352 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0020  hypothetical protein  46.15 
 
 
234 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4136  hypothetical protein  47.34 
 
 
237 aa  151  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1128  hypothetical protein  46.89 
 
 
225 aa  148  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2393  hypothetical protein  46.89 
 
 
225 aa  148  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1408  hypothetical protein  46.89 
 
 
225 aa  148  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.6284  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2099  hypothetical protein  46.89 
 
 
235 aa  148  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1489  hypothetical protein  46.89 
 
 
235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2358  hypothetical protein  48.33 
 
 
235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.493122  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3160  hypothetical protein  46.89 
 
 
225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3274  hypothetical protein  46.41 
 
 
225 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3461  hypothetical protein  45.5 
 
 
230 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.722931  normal  0.61149 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3769  hopanoid-associated phosphorylase  45.5 
 
 
230 aa  142  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3659  hypothetical protein  45.71 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.130645 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5427  hypothetical protein  43.66 
 
 
258 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.103702  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3157  hypothetical protein  46.81 
 
 
221 aa  129  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1721  hypothetical protein  40.78 
 
 
243 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0570735 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7159  hopanoid-associated phosphorylase  43.06 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.467749  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3244  hopanoid-associated phosphorylase  43.81 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.185452 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2970  hypothetical protein  43.18 
 
 
216 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0749065  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3572  hypothetical protein  37.56 
 
 
246 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.267863  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6343  hypothetical protein  40.72 
 
 
244 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00319801 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2268  hypothetical protein  40 
 
 
276 aa  111  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153375 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2681  hypothetical protein  39.37 
 
 
236 aa  112  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157262  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4260  hypothetical protein  37.56 
 
 
247 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1727  hypothetical protein  39.51 
 
 
246 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.071068 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0061  purine phosphorylases family protein 1  40.91 
 
 
242 aa  94.7  9e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1319  purine phosphorylase family protein 1  34.88 
 
 
235 aa  90.1  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1824  hypothetical protein  38.56 
 
 
246 aa  86.3  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0413  hypothetical protein  36.53 
 
 
218 aa  85.9  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.551471  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2555  purine phosphorylase family protein 1  36.14 
 
 
257 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.448212  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1782  hopanoid-associated phosphorylase  34.16 
 
 
237 aa  69.7  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.481568  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2123  MTA/SAH nucleosidase, putative  34.16 
 
 
237 aa  69.7  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20750  Purine and other phosphorylase-like protein, family 1  37.09 
 
 
218 aa  63.2  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1743  purine or other phosphorylase family 1  31.95 
 
 
286 aa  63.2  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0824  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  39.23 
 
 
497 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5712  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  34.39 
 
 
657 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0500894  normal  0.65534 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2565  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  29.27 
 
 
231 aa  52.4  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000339129  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1957  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.74 
 
 
231 aa  48.5  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004471  5'-methylthioadenosine nucleosidase/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  28.47 
 
 
231 aa  48.5  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00923  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  28.47 
 
 
231 aa  48.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1757  hypothetical protein  24.52 
 
 
244 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0825  adenosylhomocysteine nucleosidase  22.78 
 
 
215 aa  43.9  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0497  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  30.16 
 
 
228 aa  43.5  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.36672 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2078  nucleoside phosphorylase, putative  29.27 
 
 
258 aa  43.9  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2445  purine or other phosphorylase family 1  31.67 
 
 
208 aa  43.1  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0811  phosphorylase family protein  31.03 
 
 
236 aa  43.1  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.120801  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0699  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.07 
 
 
232 aa  43.5  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1785  hypothetical protein  24.49 
 
 
244 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1108  methylthioadenosine nucleosidase  29.87 
 
 
224 aa  42.4  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.736745  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1691  adenosylhomocysteine nucleosidase  25.76 
 
 
228 aa  42.4  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1656  adenosylhomocysteine nucleosidase  25.76 
 
 
228 aa  42.4  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3443  Adenosylhomocysteine nucleosidase  27.07 
 
 
232 aa  42  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0151  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.07 
 
 
232 aa  42  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00157  hypothetical protein  27.07 
 
 
232 aa  42  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.871793  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0169  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.07 
 
 
232 aa  42  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00158  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.07 
 
 
232 aa  42  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.94081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0164  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.07 
 
 
232 aa  42  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3500  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.07 
 
 
232 aa  42  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0171  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.07 
 
 
232 aa  42  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0224  MTA/SAH nucleosidase  28.57 
 
 
229 aa  41.6  0.008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0163  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.07 
 
 
232 aa  42  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0227  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.82 
 
 
232 aa  42  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0246  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.61 
 
 
232 aa  42  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0670161  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0230  5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase  27.61 
 
 
232 aa  42  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.632822  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>