More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4042 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3007  resolvase-like protein  100 
 
 		 204 aa  407  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0154323 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4042  serine-based site-specific recombinase activity  100 
 
 		 204 aa  407  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.890679  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4975  serine-based site-specific recombinase activity  100 
 
 		 204 aa  407  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.283487  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2347  Resolvase domain protein  87.19 
 
 		 204 aa  363  1e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3694  resolvase domain-containing protein  81.19 
 
 		 206 aa  330  9e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9833  Resolvase Protein  75.74 
 
 		 210 aa  314  7e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1209  putative resolvase  96 
 
 		 176 aa  286  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2668  helix-turn-helix, Fis-type  69.65 
 
 		 204 aa  280  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00804941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1568  helix-turn-helix, Fis-type  69.65 
 
 		 204 aa  280  7.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0991  resolvase domain-containing protein  64.18 
 
 		 205 aa  275  3e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0378771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2332  resolvase domain-containing protein  71.05 
 
 		 227 aa  268  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3683  resolvase domain-containing protein  66.17 
 
 		 215 aa  268  4e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0022  resolvase-like protein  83.33 
 
 		 133 aa  226  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.119432  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5126  Resolvase domain protein  55.44 
 
 		 197 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114051 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0854  invertase/recombinase like protein  50.26 
 
 		 198 aa  182  3e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.160403  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5424  Resolvase domain  53.01 
 
 		 194 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5457  hypothetical protein  53.01 
 
 		 194 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  49.21 
 
 		 197 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  49.21 
 
 		 197 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  49.21 
 
 		 197 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2392  Resolvase domain  51.6 
 
 		 197 aa  179  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000064315  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2111  Resolvase domain protein  50 
 
 		 191 aa  178  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.813305  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  51.6 
 
 		 182 aa  171  5e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5339  DNA-invertase  48.39 
 
 		 192 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  53.23 
 
 		 219 aa  170  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  52.15 
 
 		 194 aa  168  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4931  resolvase domain-containing protein  54.19 
 
 		 208 aa  168  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107506  normal  0.566204 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  49.18 
 
 		 199 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  49.18 
 
 		 187 aa  165  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3570  resolvase domain-containing protein  52.88 
 
 		 197 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  49.73 
 
 		 189 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1104  resolvase domain-containing protein  53.4 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3606  resolvase domain-containing protein  53.4 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.996271 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3497  resolvase domain-containing protein  53.4 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503079  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  48.63 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6307  resolvase domain-containing protein  48.92 
 
 		 209 aa  160  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3562  resolvase domain-containing protein  46.77 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1397  invertase/recombinase like protein  52.53 
 
 		 176 aa  159  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5190  resolvase domain-containing protein  48.4 
 
 		 191 aa  159  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000411755  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5037  resolvase domain-containing protein  47.03 
 
 		 201 aa  158  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.931406  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0052  hypothetical protein  48.97 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  48.45 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  48.97 
 
 		 184 aa  156  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  48.97 
 
 		 184 aa  155  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  47.96 
 
 		 188 aa  155  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1093  Resolvase domain  51.06 
 
 		 196 aa  155  5.0000000000000005e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.531001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  48.68 
 
 		 185 aa  154  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3714  resolvase domain-containing protein  49.2 
 
 		 188 aa  154  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.566828  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  47.89 
 
 		 185 aa  152  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  56.69 
 
 		 191 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  56.69 
 
 		 191 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  48.15 
 
 		 197 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0108  hypothetical protein  46.08 
 
 		 309 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  48.68 
 
 		 185 aa  151  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  48.68 
 
 		 185 aa  151  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  48.15 
 
 		 185 aa  152  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0167  resolvase domain-containing protein  44.85 
 
 		 196 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009660  Krad_4707  resolvase domain-containing protein  52.41 
 
 		 190 aa  150  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6748  resolvase domain-containing protein  54.27 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.167425 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  50.26 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  48.68 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2363  resolvase-like protein  47.69 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.379523  normal  0.343568 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21550  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  50 
 
 		 218 aa  149  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.850113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  48.65 
 
 		 193 aa  149  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2312  Resolvase domain  46.84 
 
 		 201 aa  149  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3440  invertase/recombinase protein  46.07 
 
 		 188 aa  148  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4382  resolvase domain-containing protein  44.92 
 
 		 194 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2702  resolvase domain-containing protein  46.91 
 
 		 307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.264305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2944  resolvase domain-containing protein  46.91 
 
 		 307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  52.94 
 
 		 193 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  46.52 
 
 		 188 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  47.96 
 
 		 189 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4383  resolvase  48.15 
 
 		 193 aa  145  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  45.45 
 
 		 188 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4835  Resolvase domain protein  47.94 
 
 		 201 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.291279 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  45.45 
 
 		 190 aa  144  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  45.45 
 
 		 187 aa  144  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  51.06 
 
 		 203 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  45.9 
 
 		 188 aa  143  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0006  resolvase family site-specific recombinase  40.43 
 
 		 192 aa  141  5e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.105184  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2258  resolvase domain-containing protein  45.16 
 
 		 195 aa  141  8e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.880923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  40.21 
 
 		 181 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  47.69 
 
 		 190 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  47.69 
 
 		 190 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  47.69 
 
 		 190 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1818  Resolvase domain protein  49.48 
 
 		 184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.601257  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4137  resolvase domain-containing protein  45.13 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.130251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  40.11 
 
 		 183 aa  136  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  40.11 
 
 		 183 aa  136  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  44.5 
 
 		 184 aa  135  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0348  Resolvase domain protein  50.82 
 
 		 209 aa  135  5e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6497  resolvase domain-containing protein  42.55 
 
 		 193 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29040  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  42.27 
 
 		 197 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.436309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2746  resolvase domain-containing protein  39.36 
 
 		 197 aa  132  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6634  resolvase domain-containing protein  44.85 
 
 		 198 aa  132  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000708994  hitchhiker  0.0000367715 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2823  resolvase domain-containing protein  39.36 
 
 		 197 aa  132  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6403  resolvase domain-containing protein  42.02 
 
 		 193 aa  131  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6373  resolvase domain-containing protein  42.02 
 
 		 193 aa  131  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5459  resolvase domain-containing protein  50 
 
 		 190 aa  131  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.358499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  43.62 
 
 		 189 aa  131  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>