More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4004 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6282  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 339 aa  696    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2842  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 339 aa  696    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4004  transposase for insertion sequence element IS1086  100 
 
 		 339 aa  696    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0883  integrase catalytic region  72.38 
 
 		 326 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3004  integrase catalytic region  72.38 
 
 		 326 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1557  integrase catalytic region  72.38 
 
 		 326 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3005  integrase catalytic region  72.38 
 
 		 326 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0052  putative transposase  66.26 
 
 		 340 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2157  integrase catalytic subunit  57.85 
 
 		 342 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.100699  normal  0.0600961 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1529  integrase catalytic subunit  56.16 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.016356  hitchhiker  0.00474191 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1592  integrase catalytic subunit  56.16 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00550293  normal  0.214322 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2382  integrase catalytic subunit  56.16 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000024142  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4122  transposase IS1088  56.16 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.618296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4207  transposase IS1088  56.16 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.302839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4418  transposase IS1088  56.16 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182446  normal  0.486351 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4463  transposase IS1088  56.16 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.985118  normal  0.0492126 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5718  transposase IS1088  56.16 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5755  transposase IS1088  56.16 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.335377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3165  Integrase catalytic region  56.05 
 
 		 356 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3640  integrase  57.93 
 
 		 343 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3055  Integrase catalytic region  56.05 
 
 		 356 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0939  Integrase catalytic region  56.62 
 
 		 342 aa  367  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4339  integrase catalytic subunit  56.31 
 
 		 342 aa  358  8e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1990  integrase catalytic region  53.22 
 
 		 339 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.653928 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22920  transposase, IS30 family  51.52 
 
 		 385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.200558 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15120  transposase, IS30 family  51.52 
 
 		 385 aa  306  3e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0851499  normal  0.892726 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5954  transposase ISRme10  50.93 
 
 		 336 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0246651 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4210  integrase  50.49 
 
 		 326 aa  302  6.000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1270  IS30 family transposase  48 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0560  IS30 family transposase  48 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.404036  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0058  IS30 family transposase  48 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0508  IS30 family transposase  48 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0255  IS30 family transposase  48 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455504  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1276  integrase catalytic subunit  47.92 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3475  hypothetical protein  43.12 
 
 		 402 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.214234 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03433  ISXoo15 transposase  46.33 
 
 		 315 aa  263  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4467  integrase catalytic region  45.31 
 
 		 466 aa  264  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1842  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.112569  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1540  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.790818  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4088  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1134  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34752  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4055  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0065  integrase catalytic subunit  42.22 
 
 		 479 aa  263  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0573  integrase catalytic subunit  42.22 
 
 		 479 aa  263  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2030  integrase catalytic subunit  42.22 
 
 		 479 aa  263  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3879  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1947  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.666461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2697  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2955  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0298669  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3459  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00200761  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1692  integrase catalytic subunit  45.37 
 
 		 380 aa  263  4.999999999999999e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4334  Fis family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 386 aa  260  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4037  integrase catalytic subunit  47.06 
 
 		 519 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389495  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4295  integrase catalytic subunit  47.06 
 
 		 496 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0160339  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5603  integrase catalytic subunit  41.94 
 
 		 437 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.155715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5827  integrase catalytic subunit  41.94 
 
 		 437 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.382461 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5986  integrase catalytic subunit  41.94 
 
 		 437 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996112 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_6004  integrase catalytic subunit  41.94 
 
 		 437 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000366902 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4112  integrase catalytic subunit  47.06 
 
 		 519 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.062727  normal  0.815886 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4673  integrase catalytic subunit  47.06 
 
 		 519 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.546671 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5361  Integrase catalytic region  45.81 
 
 		 334 aa  261  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4666  integrase catalytic subunit  41.94 
 
 		 474 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5430  integrase catalytic subunit  41.94 
 
 		 414 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.270049 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5505  integrase catalytic subunit  41.94 
 
 		 474 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5906  integrase catalytic subunit  41.94 
 
 		 474 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.872405  normal  0.876149 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4381  integrase catalytic subunit  47.06 
 
 		 525 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.570588 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4773  Integrase catalytic region  45.51 
 
 		 334 aa  259  4e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0859  Integrase catalytic region  45.51 
 
 		 334 aa  259  4e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.54684 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4676  integrase catalytic subunit  47.06 
 
 		 519 aa  259  4e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.118167 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0614  integrase catalytic subunit  47.06 
 
 		 519 aa  259  4e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.579787 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6587  integrase catalytic region  46.46 
 
 		 385 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1836  integrase catalytic subunit  44.75 
 
 		 380 aa  257  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100026  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1446  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2801  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3807  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0582  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1723  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1496  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2900  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5592  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4006  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3368  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4011  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6913  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6732  integrase catalytic region  44.41 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1238  integrase catalytic subunit  46.77 
 
 		 386 aa  255  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21080  transposase, IS30 family  41.64 
 
 		 453 aa  255  7e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.656818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2519  integrase catalytic region  44.62 
 
 		 481 aa  255  9e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.352374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1433  integrase catalytic subunit  45.48 
 
 		 386 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3959  integrase catalytic subunit  45.48 
 
 		 386 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3059  integrase catalytic subunit  44.52 
 
 		 342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20930  transpose, IS30 family  41.29 
 
 		 480 aa  254  2.0000000000000002e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00500  transposase, IS30 family  41.29 
 
 		 480 aa  254  2.0000000000000002e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6641  integrase catalytic region  45.85 
 
 		 385 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123291 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4203  integrase  45.34 
 
 		 386 aa  251  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2765  integrase catalytic subunit  44.19 
 
 		 386 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.936307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0907  Integrase catalytic region  43.96 
 
 		 408 aa  251  2e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3419  integrase catalytic region  46.28 
 
 		 386 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0492382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1190  integrase  44.72 
 
 		 386 aa  249  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.216917  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0741  putative transposase IS30  45.37 
 
 		 385 aa  249  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.18405  normal  0.376382 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>