235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3825 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3825  hypothetical protein  100 
 
 
245 aa  488  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0366225  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5111  hypothetical protein  81.59 
 
 
213 aa  330  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2244  hypothetical protein  71.43 
 
 
194 aa  276  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891523  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1146  hypothetical protein  72 
 
 
204 aa  275  3e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6009  protein of unknown function UPF0029  71.94 
 
 
239 aa  274  8e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.69631 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3277  hypothetical protein  72.22 
 
 
195 aa  274  9e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.78794  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3475  protein of unknown function UPF0029  72.54 
 
 
194 aa  270  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3848  hypothetical protein  69.85 
 
 
290 aa  270  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.727016 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1832  hypothetical protein  70.26 
 
 
195 aa  268  7e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.971114  normal  0.273639 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3596  hypothetical protein  69.39 
 
 
195 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.466647  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4071  hypothetical protein  69.9 
 
 
195 aa  264  8e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0233425  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3148  protein of unknown function UPF0029  70.47 
 
 
194 aa  264  8e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3325  hypothetical protein  69.39 
 
 
195 aa  262  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0536454  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4174  hypothetical protein  69.39 
 
 
195 aa  262  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.388301  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4192  hypothetical protein  69.39 
 
 
195 aa  262  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4412  hypothetical protein  69.59 
 
 
195 aa  257  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1010  hypothetical protein  72.22 
 
 
196 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0289  hypothetical protein  72.22 
 
 
303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0488253  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1720  hypothetical protein  72.22 
 
 
196 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0445948  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1307  hypothetical protein  72.22 
 
 
303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.441803  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0279  hypothetical protein  71.72 
 
 
303 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.941808  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1805  hypothetical protein  72.22 
 
 
303 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3042  hypothetical protein  53.89 
 
 
200 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2244  hypothetical protein  51.01 
 
 
222 aa  196  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1630  protein of unknown function UPF0029  51.01 
 
 
197 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329042  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4011  hypothetical protein  52.31 
 
 
218 aa  192  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.798676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2434  hypothetical protein  52.68 
 
 
206 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206546  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1379  hypothetical protein  51.32 
 
 
199 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.262935  normal  0.051322 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5286  protein of unknown function UPF0029  54.59 
 
 
196 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0518  protein of unknown function UPF0029  58.48 
 
 
197 aa  186  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3817  hypothetical protein  52.08 
 
 
212 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670579  normal  0.106539 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3648  hypothetical protein  54.4 
 
 
197 aa  157  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.987474  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0035  hypothetical protein  45.45 
 
 
198 aa  149  5e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000127558  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0264  hypothetical protein  42.05 
 
 
204 aa  144  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00131939  normal  0.0250602 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3931  hypothetical protein  42.05 
 
 
203 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.457043  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0285  hypothetical protein  42.05 
 
 
203 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000001725  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1914  hypothetical protein  42.05 
 
 
203 aa  142  7e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00064118  normal  0.0316098 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3899  hypothetical protein  44.5 
 
 
204 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00283954  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2481  hypothetical protein  38.65 
 
 
219 aa  138  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03138  hypothetical protein  38.54 
 
 
206 aa  135  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2867  hypothetical protein  44.06 
 
 
201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3745  hypothetical protein  42.62 
 
 
204 aa  129  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00302159  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3126  hypothetical protein  40.56 
 
 
209 aa  129  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0134  protein of unknown function UPF0029  32.5 
 
 
207 aa  129  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000670968  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2174  hypothetical protein  38.81 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.279701  normal  0.249309 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0899  protein of unknown function UPF0029  41.53 
 
 
211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000186376  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2891  hypothetical protein  41.67 
 
 
205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.373114  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4042  hypothetical protein  39.27 
 
 
203 aa  126  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0955788  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0023  hypothetical protein  40.57 
 
 
198 aa  125  7e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.132491  normal  0.0840592 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4232  hypothetical protein  39.06 
 
 
203 aa  124  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0996008  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0770  hypothetical protein  44.83 
 
 
197 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634391  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0674  hypothetical protein  38.31 
 
 
197 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0030  hypothetical protein  43.05 
 
 
198 aa  123  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000164661  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2192  hypothetical protein  41.67 
 
 
198 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0246  hypothetical protein  40 
 
 
211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3045  protein of unknown function UPF0029  36.5 
 
 
211 aa  119  6e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0019281  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2969  hypothetical protein  37.89 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06100  conserved hypothetical protein TIGR00257  39.39 
 
 
210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1318  hypothetical protein  31.58 
 
 
212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0492765  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0021  hypothetical protein  36.41 
 
 
204 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0775164  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0944  hypothetical protein  42.42 
 
 
242 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.404461 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3242  protein of unknown function UPF0029  36.73 
 
 
213 aa  115  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1820  hypothetical protein  47.58 
 
 
198 aa  115  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0596118  normal  0.317873 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0405  hypothetical protein  34.5 
 
 
208 aa  115  5e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4229  hypothetical protein  36 
 
 
204 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000219511  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1608  protein of unknown function UPF0029  43.32 
 
 
201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.172462 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2757  hypothetical protein  42.51 
 
 
213 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02100  hypothetical protein  40.11 
 
 
196 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.482389 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3700  hypothetical protein  45.65 
 
 
194 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1191  hypothetical protein  30.54 
 
 
211 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.952586  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0196  elongation factor  33.15 
 
 
207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0361  hypothetical protein  42.25 
 
 
210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0415  hypothetical protein  34.66 
 
 
213 aa  113  3e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0248  hypothetical protein  40.66 
 
 
196 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895952  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1558  protein of unknown function UPF0029  38.58 
 
 
203 aa  113  3e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.17892  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01194  thymidylate synthase  40.61 
 
 
212 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.43796  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5502  protein of unknown function UPF0029  38.58 
 
 
209 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00461  hypothetical protein  36.87 
 
 
207 aa  112  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1310  hypothetical protein  34.85 
 
 
205 aa  112  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00619746  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2225  protein of unknown function UPF0029  43.15 
 
 
195 aa  112  7.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0124  hypothetical protein  37.62 
 
 
206 aa  112  8.000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000265032 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4991  hypothetical protein  39.74 
 
 
211 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3734  hypothetical protein  39.87 
 
 
212 aa  111  9e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1280  protein of unknown function UPF0029  42.93 
 
 
214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.313223  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0638  hypothetical protein  41.45 
 
 
194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134379 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0592  protein of unknown function UPF0029  42.71 
 
 
210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.655997 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0034  hypothetical protein  42.67 
 
 
206 aa  109  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0046667  normal  0.0751652 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4570  hypothetical protein  43.18 
 
 
194 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000582787  normal  0.0106541 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1793  protein of unknown function UPF0029  44.75 
 
 
215 aa  109  4.0000000000000004e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.128113  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0084  protein of unknown function UPF0029  38.24 
 
 
212 aa  108  7.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1989  protein of unknown function UPF0029  41.04 
 
 
212 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.592737  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001987  hypothetical protein  40.97 
 
 
207 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5363  conserved hypothetical protein TIGR00257  39.58 
 
 
211 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5046  hypothetical protein  39.58 
 
 
211 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5431  hypothetical protein  39.58 
 
 
211 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5287  conserved hypothetical protein TIGR00257  41.98 
 
 
211 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000948336 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4876  hypothetical protein  41.98 
 
 
211 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0876  protein of unknown function UPF0029  35 
 
 
203 aa  107  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.196068 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5318  conserved hypothetical protein TIGR00257  40.56 
 
 
211 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2078  hypothetical protein  34.72 
 
 
219 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>