56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3822 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3822  hypothetical protein  100 
 
 
251 aa  474  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4272  protein of unknown function DUF81  61.67 
 
 
251 aa  251  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4876  protein of unknown function DUF81  61.64 
 
 
250 aa  236  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4352  hypothetical protein  60.73 
 
 
250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284869  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4754  protein of unknown function DUF81  60.73 
 
 
250 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03620  hypothetical protein  62.34 
 
 
250 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0487694  hitchhiker  0.00000000539148 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2148  protein of unknown function DUF81  58.8 
 
 
243 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4525  hypothetical protein  60.85 
 
 
254 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.542262  normal  0.388849 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4658  hypothetical protein  59.76 
 
 
254 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.218581  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4663  hypothetical protein  60 
 
 
254 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.518692  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3115  protein of unknown function DUF81  52.99 
 
 
238 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5700  hypothetical protein  54.92 
 
 
249 aa  221  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346849 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3764  hypothetical protein  54.92 
 
 
249 aa  221  7e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.260566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4604  hypothetical protein  54.92 
 
 
249 aa  221  7e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.026301  normal  0.0214445 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3101  protein of unknown function DUF81  53.45 
 
 
230 aa  219  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0947  protein of unknown function DUF81  62.39 
 
 
250 aa  219  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3425  hypothetical protein  52.3 
 
 
251 aa  216  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0773  hypothetical protein  58.12 
 
 
258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771758  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3331  protein of unknown function DUF81  55.36 
 
 
241 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4042  hypothetical protein  53.69 
 
 
267 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.683964 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0979  hypothetical protein  54.94 
 
 
241 aa  207  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2113  hypothetical protein  57.2 
 
 
251 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1237  hypothetical protein  54.51 
 
 
267 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.318719  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4492  hypothetical protein  54.51 
 
 
246 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4034  hypothetical protein  54.51 
 
 
267 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.232214  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1292  protein of unknown function DUF81  54.88 
 
 
248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.404695  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0716  hypothetical protein  54.39 
 
 
254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0970  protein of unknown function DUF81  47.01 
 
 
250 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0270305  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6144  hypothetical protein  46.15 
 
 
244 aa  192  6e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4361  hypothetical protein  45.41 
 
 
261 aa  191  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0967728  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1633  hypothetical protein  50.21 
 
 
249 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3543  protein of unknown function DUF81  53.6 
 
 
270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0157172  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0777  hypothetical protein  47.01 
 
 
259 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4519  hypothetical protein  43.59 
 
 
261 aa  185  6e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1386  hypothetical protein  42.98 
 
 
250 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.103822 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2443  hypothetical protein  53.02 
 
 
278 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.97715 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0795  hypothetical protein  59.34 
 
 
254 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0354  hypothetical protein  58.43 
 
 
194 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2134  hypothetical protein  48.73 
 
 
258 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2216  hypothetical protein  51.35 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.86715  normal  0.544249 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2458  hypothetical protein  46.75 
 
 
256 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210004  normal  0.809897 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2576  hypothetical protein  45.75 
 
 
258 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.448203  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0685  hypothetical protein  43.64 
 
 
256 aa  101  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0369  hypothetical protein  78.95 
 
 
61 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.660019  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0205  protein of unknown function DUF81  32.24 
 
 
254 aa  83.2  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.670843 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2445  hypothetical protein  30.51 
 
 
255 aa  66.2  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.315917  normal  0.587426 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3052  hypothetical protein  41.43 
 
 
123 aa  65.5  0.0000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4638  hypothetical protein  28.57 
 
 
309 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0730129  hitchhiker  0.00519194 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1367  hypothetical protein  26.52 
 
 
282 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.113148 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0531  hypothetical protein  28.63 
 
 
257 aa  55.8  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1090  hypothetical protein  30.8 
 
 
255 aa  51.2  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.459295  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1837  hypothetical protein  47.69 
 
 
83 aa  48.5  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.1929  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1430  hypothetical protein  20.44 
 
 
253 aa  47.8  0.0002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2841  hypothetical protein  28.39 
 
 
257 aa  45.4  0.0009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6050  protein of unknown function DUF81  29.41 
 
 
264 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.31696 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0127  protein of unknown function DUF81  29.7 
 
 
252 aa  42.4  0.008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000037107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>