74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3651 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3651  Flp/Fap pilin component  100 
 
 
63 aa  124  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1736  Flp/Fap pilin component  57.14 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000234566  hitchhiker  0.0000333634 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0222  component of type 4 pilus pilin subunit protein  60.42 
 
 
61 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0223  component of type 4 pilus pilin subunit protein  60.87 
 
 
61 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668081  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1439  Flp/Fap pilin component  58.33 
 
 
72 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.719822  normal  0.158207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2076  Flp/Fap pilin component  65.96 
 
 
68 aa  57  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.554715  normal  0.612928 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4473  Flp/Fap pilin component  52.63 
 
 
62 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.837061  normal  0.806364 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2075  Flp/Fap pilin component  65.22 
 
 
58 aa  54.7  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.514501  normal  0.606618 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0597  Flp/Fap pilin component  62.79 
 
 
55 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.41654  normal  0.29106 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2489  Flp/Fap pilin component  56.52 
 
 
59 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4185  Flp/Fap pilin component  56.25 
 
 
61 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3792  Flp/Fap pilin component  59.09 
 
 
54 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2546  pilin, putative  51.85 
 
 
65 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0577216  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7206  Flp/Fap pilin component  43.86 
 
 
63 aa  50.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0674219  normal  0.484443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2363  Flp/Fap pilin component  52.08 
 
 
60 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5316  Flp/Fap pilin component  50.91 
 
 
58 aa  50.4  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351071  hitchhiker  0.000566754 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5868  Flp/Fap pilin component  45.61 
 
 
63 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.229195 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1764  pilin family protein  51.85 
 
 
65 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1785  pilin family protein  51.85 
 
 
65 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.859403  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6378  Flp/Fap pilin component  45.61 
 
 
63 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.43993 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0596  Flp/Fap pilin component  58.14 
 
 
56 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302138  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5504  Flp/Fap pilin component  45.61 
 
 
63 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.458126  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1937  putative fimbriae assembly related protein  51.85 
 
 
65 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0283045  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7207  Flp/Fap pilin component  50 
 
 
63 aa  49.3  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.150094  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3349  Flp/Fap pilin component  59.52 
 
 
61 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02598  putative pilin protein  52.17 
 
 
58 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191275  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4244  Flp/Fap pilin component  54.35 
 
 
59 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.272454  normal  0.405174 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4354  Flp/Fap pilin component  54.35 
 
 
59 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1649  Flp/Fap pilin component  48 
 
 
59 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132405  normal  0.784096 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2639  Flp/Fap pilin component  50 
 
 
61 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0652  Flp/Fap pilin component  48.94 
 
 
57 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0653  Flp/Fap pilin component  58.14 
 
 
57 aa  47.8  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1399  Flp/Fap pilin component  50 
 
 
54 aa  47.8  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41464  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2332  Flp/Fap pilin component  47.17 
 
 
69 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.341301  normal  0.812009 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1037  Flp/Fap pilin component  47.92 
 
 
56 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000000708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1517  Flp/Fap pilin component  47.92 
 
 
56 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000857927  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1493  Flp/Fap pilin component  47.92 
 
 
56 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000102149  hitchhiker  0.00000902291 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2710  pilin, putative  57.14 
 
 
79 aa  47  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0416  Flp/Fap pilin component  55.56 
 
 
52 aa  46.6  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6287  Flp/Fap pilin component  50 
 
 
60 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00948182  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4196  Flp/Fap pilin component  52.73 
 
 
61 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.6366  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2387  Flp/Fap pilin component  51.16 
 
 
54 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0065262  hitchhiker  0.00967552 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2633  Flp/Fap pilin component  46.81 
 
 
66 aa  45.4  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.691618 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5991  Flp/Fap pilin component  47.83 
 
 
60 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.848765  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5123  Flp/Fap pilin component  51.06 
 
 
55 aa  45.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0326494 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2824  Flp/Fap pilin component  47.92 
 
 
56 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50451  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2802  putative pilus subunit protein, PilA like  43.75 
 
 
55 aa  45.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.323715 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0789  Flp/Fap pilin component  51.16 
 
 
58 aa  44.7  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0615  Flp/Fap pilin component  40 
 
 
61 aa  44.3  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0603648  normal  0.95811 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0230  Flp/Fap pilin component  52.17 
 
 
54 aa  43.9  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0651  Flp/Fap pilin component  38.46 
 
 
57 aa  43.5  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.151252 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4699  Flp/Fap pilin component  48.84 
 
 
53 aa  42.7  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0977464  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4611  Flp/Fap pilin component  46.81 
 
 
58 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.699189 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0974  Flp/Fap pilin component  46.81 
 
 
56 aa  42.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179102  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5405  Flp/Fap pilin component  61.11 
 
 
66 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.697622  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0605  Flp/Fap pilin component  47.83 
 
 
57 aa  42.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.531331  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2643  Flp/Fap pilin component  43.18 
 
 
70 aa  42.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2642  Flp/Fap pilin component  35.42 
 
 
71 aa  42  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2634  Flp/Fap pilin component  44.68 
 
 
66 aa  42.4  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.815116 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3484  Flp/Fap pilin component  47.73 
 
 
56 aa  42.4  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0220876 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0798  Flp/Fap pilin component  48.78 
 
 
81 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1527  putative Flp/Fap pilin component  50 
 
 
56 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.713475  normal  0.82875 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2477  Flp/Fap pilin component  38.71 
 
 
65 aa  42  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2920  Flp/Fap pilin component  42.86 
 
 
64 aa  42  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.745426  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2405  Flp/Fap pilin component  40.35 
 
 
64 aa  41.2  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.842762  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5317  Flp/Fap pilin component  47.83 
 
 
58 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26673  hitchhiker  0.000600158 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2928  Flp/Fap pilin component  43.48 
 
 
101 aa  41.2  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.419964  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3008  hypothetical protein  41.3 
 
 
84 aa  40.8  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4095  Flp/Fap pilin component  44.68 
 
 
60 aa  40.8  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2264  Flp/Fap pilin component superfamily protein  43.18 
 
 
72 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2956  Flp/Fap pilin  43.18 
 
 
48 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3081  Flp/Fap pilin  43.18 
 
 
48 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2700  Flp/Fap pilin component  41.67 
 
 
61 aa  40  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7028  putative Flp/Fap pilin component  60 
 
 
54 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.779148  normal  0.931089 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>