100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3344 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3344  hypothetical protein  100 
 
 		 632 aa  1229    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000196875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3199  hypothetical protein  59.56 
 
 		 700 aa  623  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000232699  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2703  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  25.68 
 
 		 708 aa  84  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000297127  normal  0.375768 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5820  membrane protein-like protein  31.98 
 
 		 659 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.202056  normal  0.271534 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000321  membrane protein  27.49 
 
 		 717 aa  75.5  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4720  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  27.68 
 
 		 746 aa  71.6  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0171257  hitchhiker  0.00604484 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1114  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  27.54 
 
 		 699 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3399  hypothetical protein  27.69 
 
 		 700 aa  70.9  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.709327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2166  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  26.32 
 
 		 719 aa  69.3  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0513514  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06123  hypothetical protein  29.38 
 
 		 717 aa  68.6  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4321  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  25.41 
 
 		 763 aa  67  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1096  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  25.41 
 
 		 763 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0524683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0657  hypothetical protein  28 
 
 		 725 aa  64.7  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1096  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  25.41 
 
 		 763 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1383  hypothetical protein  25.42 
 
 		 758 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1518  hypothetical protein  25.42 
 
 		 758 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1387  hypothetical protein  25.42 
 
 		 758 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1670  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  20.44 
 
 		 730 aa  62.4  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0683  hypothetical protein  25.42 
 
 		 758 aa  62  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1187  hypothetical protein  25.42 
 
 		 758 aa  62  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.775183  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0469  hypothetical protein  25.42 
 
 		 758 aa  62  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.646757  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1213  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  24.59 
 
 		 764 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0139359  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0733  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  24.59 
 
 		 764 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.525617  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1772  hypothetical protein  25.42 
 
 		 758 aa  62  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0697846  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1186  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  24.59 
 
 		 764 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.310514  normal  0.518709 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2509  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  27.19 
 
 		 746 aa  60.8  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000184796  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6403  cyclic nucleotide-binding protein  29.94 
 
 		 692 aa  60.5  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1207  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  30.55 
 
 		 688 aa  60.1  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00411304  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2853  hypothetical protein  23.89 
 
 		 758 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229586  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6076  membrane protein  25.21 
 
 		 600 aa  58.5  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2135  inner membrane protein  23.91 
 
 		 734 aa  57.8  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0318465  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3187  hypothetical protein  30.77 
 
 		 790 aa  57.8  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2090  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  23.76 
 
 		 763 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0338513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1750  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  25 
 
 		 806 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0916755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1612  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  23.08 
 
 		 851 aa  55.5  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3131  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  28.12 
 
 		 738 aa  55.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861685  normal  0.88928 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0100  membrane protein-like protein  29.67 
 
 		 715 aa  54.7  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514267 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2840  AraE family aromatic acid exporter  23.08 
 
 		 883 aa  54.3  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33409  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1212  hypothetical protein  28.97 
 
 		 731 aa  54.3  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000149337  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1351  hypothetical protein  25 
 
 		 721 aa  53.9  0.000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2694  hypothetical protein  29.66 
 
 		 721 aa  54.3  0.000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4696  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  30.95 
 
 		 745 aa  53.9  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.427482 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1148  hypothetical protein  29.55 
 
 		 717 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3032  hypothetical protein  28.28 
 
 		 770 aa  53.9  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0228594  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00964  predicted inner membrane protein  27.36 
 
 		 717 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000463684  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00971  hypothetical protein  27.36 
 
 		 717 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000599042  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1031  hypothetical membrane protein  29.55 
 
 		 717 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000967259  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1123  hypothetical protein  27.36 
 
 		 720 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00725319  normal  0.391034 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1074  hypothetical protein  27.36 
 
 		 720 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166924  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1182  hypothetical protein  29.55 
 
 		 717 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2884  hypothetical protein  24.69 
 
 		 360 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1114  hypothetical protein  29.55 
 
 		 717 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.109888  hitchhiker  0.00000043653 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2546  hypothetical protein  31.03 
 
 		 711 aa  53.5  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00487152  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1136  hypothetical membrane protein  30.81 
 
 		 717 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.61616  normal  0.960871 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2765  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  27.6 
 
 		 738 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.617524 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05690  Integral membrane protein, YccS/YhfK family  27.47 
 
 		 724 aa  52.4  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2636  hypothetical protein  27.36 
 
 		 720 aa  53.1  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0533993  hitchhiker  0.000000852874 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2160  hypothetical protein  27.36 
 
 		 720 aa  53.1  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328985  normal  0.533884 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2683  hypothetical protein  27.36 
 
 		 720 aa  53.1  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00493648  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1069  hypothetical protein  27.36 
 
 		 720 aa  53.1  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000419542  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2855  hypothetical protein  26.61 
 
 		 711 aa  52  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0061473  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2531  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  23.16 
 
 		 740 aa  51.6  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2356  hypothetical protein  26.89 
 
 		 720 aa  51.6  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0100238  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1472  hypothetical protein  26.25 
 
 		 720 aa  51.6  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000385386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5003  YccS/YhfK family integral membrane protein  25.1 
 
 		 727 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.481214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0097  hypothetical protein  23.7 
 
 		 347 aa  50.8  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0146368  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1757  hypothetical protein  27.81 
 
 		 711 aa  50.8  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00297692  hitchhiker  0.0000536927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4827  YccS/YhfK family integral membrane protein  25.1 
 
 		 727 aa  50.4  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4954  integral membrane protein, YccS/YhfK family  25.1 
 
 		 727 aa  50.4  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2709  membrane protein-like protein  28.98 
 
 		 631 aa  50.4  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.399622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0054  hypothetical protein  23.81 
 
 		 338 aa  50.1  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0075  membrane protein-like protein  31.19 
 
 		 718 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.986959  normal  0.739387 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3675  protein of unknown function DUF939  27.27 
 
 		 708 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5250  intergral membrane protein  23.21 
 
 		 727 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0085  membrane protein-like protein  31.19 
 
 		 718 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05920  hypothetical protein  25.85 
 
 		 733 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.435767 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0094  membrane protein-like protein  31.19 
 
 		 718 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1472  integral membrane protein, YccS/YhfK family protein  23.35 
 
 		 733 aa  49.7  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.872698 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0470  YccS/YhfK family integral membrane protein  24.15 
 
 		 722 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.393999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3465  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  33.85 
 
 		 660 aa  48.9  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.487354  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3202  hypothetical protein  28.97 
 
 		 712 aa  48.9  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000417121  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2466  hypothetical protein  28.28 
 
 		 372 aa  48.5  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1914  protein of unknown function DUF939  21.92 
 
 		 395 aa  48.9  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0555  hypothetical protein  25.49 
 
 		 733 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2538  inner membrane protein YccS  28.97 
 
 		 712 aa  48.5  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319105  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2627  hypothetical protein  28.97 
 
 		 712 aa  48.9  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0163181  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4127  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  30.89 
 
 		 741 aa  48.5  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0511  YccS/YhfK family integral membrane protein  25.5 
 
 		 727 aa  48.1  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.917341 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3048  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  26.02 
 
 		 740 aa  47.4  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.532486 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2889  hypothetical protein  25.86 
 
 		 740 aa  47.4  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.777719  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1227  hypothetical protein  31.54 
 
 		 534 aa  46.6  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2888  YccS/YhfK family integral membrane protein  30 
 
 		 727 aa  46.6  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2736  hypothetical protein  29.1 
 
 		 363 aa  47  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.30564  normal  0.0867479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2375  integral membrane protein, YccS/YhfK family  30 
 
 		 727 aa  46.2  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0284  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  32.33 
 
 		 744 aa  45.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5009  membrane protein, TIGR01666  25.29 
 
 		 732 aa  45.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02961  hypothetical membrane protein  27.54 
 
 		 737 aa  44.7  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4389  hypothetical protein  29.33 
 
 		 361 aa  44.3  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0564  hypothetical protein  25.29 
 
 		 653 aa  44.3  0.008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0514  intergral membrane protein, YccS:integral membrane protein, YccS/YhfK  24.12 
 
 		 732 aa  43.9  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>