29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3224 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3224  hypothetical protein  100 
 
 
299 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0681  endo alpha-1,4 polygalactosaminidase precusor  57.14 
 
 
268 aa  286  4e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2438  hypothetical protein  51.05 
 
 
482 aa  241  7.999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.349941  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02953  endo alpha-1,4 polygalactosaminidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07890)  53.27 
 
 
314 aa  228  1e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3631  hypothetical protein  48.95 
 
 
275 aa  226  5.0000000000000005e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1840  hypothetical protein  43.54 
 
 
277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1078  TM1410 hypothetical-related protein  50.22 
 
 
279 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.494543 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2531  TM1410 hypothetical-related protein  48.31 
 
 
275 aa  211  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0125598  normal  0.844499 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08154  conserved hypothetical protein  43.59 
 
 
336 aa  209  5e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.809637 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4700  TM1410 hypothetical-related protein  40.8 
 
 
290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.267519  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6731  hypothetical protein  40.08 
 
 
293 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.208284  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2434  TM1410 hypothetical-related protein  37.89 
 
 
296 aa  155  7e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00342831  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG01530  endo alpha-1,4 polygalactosaminidase precusor, putative  39.37 
 
 
359 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1184  endo alpha-1,4 polygalactosaminidase, putative  33.33 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3951  hypothetical protein  30.55 
 
 
338 aa  109  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00290  hypothetical protein  32.31 
 
 
311 aa  83.6  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.787751 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1789  secreted protein  31.63 
 
 
248 aa  72.4  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.546813  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8881  hypothetical protein  33.94 
 
 
231 aa  71.6  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2913  secreted protein  29.41 
 
 
293 aa  69.3  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2481  secreted protein  35.56 
 
 
217 aa  66.2  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4746  hypothetical protein  33.12 
 
 
275 aa  65.1  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525812  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0765  secreted protein  30.2 
 
 
295 aa  65.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0783  secreted protein  29.52 
 
 
272 aa  64.7  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.358394  normal  0.147269 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0077  hypothetical protein  29.52 
 
 
335 aa  63.2  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4891  hypothetical protein  26.56 
 
 
291 aa  61.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4890  hypothetical protein  30.69 
 
 
300 aa  57.4  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0672  hypothetical protein  25.93 
 
 
322 aa  50.8  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2532  TM1410 hypothetical-related protein  24.06 
 
 
262 aa  45.4  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0653448  normal  0.537266 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1609  hypothetical protein  26 
 
 
273 aa  43.5  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>