88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2671 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2671  hypothetical protein  100 
 
 
371 aa  726    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00350575  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0799  YeeE/YedE  86.79 
 
 
373 aa  625  1e-178  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236196  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0739  hypothetical protein  76.15 
 
 
371 aa  568  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.359729  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0732  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  74.32 
 
 
371 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.90241  normal  0.157208 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0688  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  74.05 
 
 
371 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277778  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0811  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  59.4 
 
 
373 aa  442  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.865482  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1028  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  58.31 
 
 
373 aa  440  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1987  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  63.71 
 
 
374 aa  429  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4041  YeeE/YedE  58.17 
 
 
367 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1941  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  51.21 
 
 
371 aa  350  2e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.368246 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0777  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  57.39 
 
 
368 aa  332  9e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.226768  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3776  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  49.43 
 
 
373 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1485  putative transmembrane protein  51.22 
 
 
374 aa  291  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.552146 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2201  transmembrane protein  39.74 
 
 
420 aa  261  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000866574 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0571  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  39.31 
 
 
423 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.484751  normal  0.560137 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2224  hypothetical protein  40.42 
 
 
421 aa  245  8e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1667  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  41.42 
 
 
423 aa  240  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.432658  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1966  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  38.08 
 
 
421 aa  202  5e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629772  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4152  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  39 
 
 
347 aa  193  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0839918  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2696  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  35.65 
 
 
360 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0151  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  37.91 
 
 
345 aa  189  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2872  hypothetical protein  35.85 
 
 
357 aa  188  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.418737  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2440  putative transmembrane protein  37.05 
 
 
373 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.746191  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3665  YeeE/YedE family membrane protein  35.21 
 
 
352 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318075  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4968  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  34.63 
 
 
400 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4970  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  37.58 
 
 
351 aa  163  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.317851  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1268  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  33.89 
 
 
368 aa  161  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4381  hypothetical protein  37.24 
 
 
351 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1528  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  38.55 
 
 
368 aa  156  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4379  hypothetical protein  34.03 
 
 
400 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.204255  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4263  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  34.76 
 
 
400 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409839  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3923  hypothetical protein  33.33 
 
 
348 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.554926 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2813  hypothetical protein  31.75 
 
 
362 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.106511 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4366  hypothetical protein  30.7 
 
 
363 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4145  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  31.95 
 
 
349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689999  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4955  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.77 
 
 
370 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3126  YeeE/YedE  30.12 
 
 
361 aa  110  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4250  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  31.34 
 
 
363 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.778498  normal  0.233136 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3774  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  28.7 
 
 
374 aa  104  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1287  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  32.44 
 
 
364 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.298807 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3909  hypothetical protein  27.22 
 
 
353 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.192183 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3681  putative membrane protein of unknown function with YeeE/YedE motives  27.43 
 
 
366 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241689  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2101  inner membrane protein YeeE  27.23 
 
 
344 aa  87.8  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1097  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  27.65 
 
 
355 aa  87.8  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.661012 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2119  hypothetical protein  24.86 
 
 
359 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0187465  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2082  hypothetical protein  24.86 
 
 
359 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000100553  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1759  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  28.57 
 
 
332 aa  81.3  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000112803  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4161  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  28.2 
 
 
360 aa  81.3  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.521985 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2946  membrane protein, YeeE/YedE family  27 
 
 
352 aa  79.7  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000897604 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0511  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  27.17 
 
 
330 aa  79.3  0.00000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000413537  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1823  transporter component  27.4 
 
 
343 aa  78.2  0.0000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00974172  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01916  predicted inner membrane protein  26.54 
 
 
352 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2151  YeeE/YedE family membrane protein  26.54 
 
 
352 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01902  hypothetical protein  26.54 
 
 
352 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1047  YeeE/YedE family membrane protein  26.54 
 
 
352 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.588627  normal  0.12651 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1627  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  27.22 
 
 
352 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.275433 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1644  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.47 
 
 
334 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1260  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.85 
 
 
402 aa  73.6  0.000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0449  hypothetical protein  25.85 
 
 
394 aa  71.2  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00550  predicted transporter component  27.67 
 
 
385 aa  68.6  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04720  YeeE/YedE family protein (DUF395)  22.95 
 
 
359 aa  65.5  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3453  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  27.97 
 
 
371 aa  62  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2304  YeeE/YedE family membrane protein  32.8 
 
 
349 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0717  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  35.48 
 
 
215 aa  59.7  0.00000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0372  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  31.37 
 
 
415 aa  58.2  0.0000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2080  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  27.1 
 
 
412 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1170  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  24.93 
 
 
368 aa  57.4  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.100634  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2590  hypothetical protein  27.78 
 
 
455 aa  56.2  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0045  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  30.84 
 
 
216 aa  55.1  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4319  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  32.12 
 
 
354 aa  53.9  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0355318  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22780  YeeE/YedE family protein (DUF395)  37.5 
 
 
375 aa  52.4  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1601  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  28.95 
 
 
416 aa  52.4  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000382495  normal  0.376556 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1055  hypothetical protein  34.29 
 
 
371 aa  51.6  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.523045  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0829  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  29.41 
 
 
409 aa  52  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.100315  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0063  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.25 
 
 
471 aa  50.4  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5150  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  25 
 
 
416 aa  50.1  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00907952  normal  0.925389 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04350  YeeE/YedE family protein (DUF395)  32.43 
 
 
355 aa  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217444 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1691  hypothetical protein  24.57 
 
 
386 aa  47  0.0005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.187562 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1179  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  24.67 
 
 
407 aa  45.1  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0264633 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19730  putative inner membrane protein  31.43 
 
 
415 aa  45.4  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.18508  normal  0.0148656 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0719  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  32.94 
 
 
183 aa  45.1  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0175  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  27.59 
 
 
176 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00121367 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2423  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  29.59 
 
 
174 aa  44.3  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1978  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  24.42 
 
 
174 aa  44.3  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.248725  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0801  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  27.07 
 
 
171 aa  43.5  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.897087  normal  0.163376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1696  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.71 
 
 
185 aa  43.9  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000839516 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0957  metal-activated pyridoxal enzyme  32.56 
 
 
352 aa  43.9  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.361179  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1489  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  39.73 
 
 
412 aa  42.7  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>