208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2559 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2559  resolvase-like protein  100 
 
 
222 aa  444  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.22678 
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2397  resolvase domain-containing protein  46.26 
 
 
210 aa  169  4e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2180  resolvase domain-containing protein  44.34 
 
 
212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.52939  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3979  resolvase domain-containing protein  47.91 
 
 
208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4355  Resolvase domain protein  44.81 
 
 
200 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1801  resolvase domain-containing protein  42.99 
 
 
228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.118365 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4562  resolvase domain-containing protein  44.34 
 
 
209 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.338072  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01413  resolvase, putative  41.98 
 
 
207 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4246  Resolvase domain protein  47.17 
 
 
205 aa  160  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4460  Resolvase domain protein  43.87 
 
 
209 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4386  resolvase domain-containing protein  43.87 
 
 
209 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4455  resolvase domain-containing protein  42.59 
 
 
203 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0571  resolvase domain-containing protein  44.13 
 
 
210 aa  159  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0298  resolvase, putative  47.12 
 
 
205 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_03  resolvase  42.72 
 
 
209 aa  155  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4533  resolvase domain-containing protein  42.72 
 
 
214 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0078  TnpR  42.47 
 
 
220 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.569126 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4666  resolvase domain-containing protein  43.4 
 
 
202 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000148612  normal  0.936039 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4343  Resolvase domain protein  43.4 
 
 
202 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000112202  normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4408  resolvase domain-containing protein  43.4 
 
 
202 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000545957  normal  0.0701498 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_44  putative resolvase  42.25 
 
 
211 aa  152  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0377389  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4266  resolvase domain-containing protein  40.38 
 
 
231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120246  unclonable  5.20349e-19 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001518  resolvase  41.12 
 
 
204 aa  145  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000153211  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4402  resolvase domain-containing protein  40.95 
 
 
213 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0054  resolvase domain-containing protein  40 
 
 
213 aa  141  9e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0077  resolvase family site-specific recombinase  43.32 
 
 
211 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.349046  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0021  resolvase, putative  43.98 
 
 
221 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00853796  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0950  resolvase domain-containing protein  41.31 
 
 
207 aa  138  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0024  resolvase, putative  43.46 
 
 
206 aa  137  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000663819  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4161  Resolvase domain  39.71 
 
 
206 aa  135  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0873  Resolvase domain protein  38.76 
 
 
206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3278  resolvase domain-containing protein  39.91 
 
 
208 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.312644  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1306  resolvase domain-containing protein  39.23 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.92579  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3590  resolvase domain protein  37.32 
 
 
208 aa  125  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000308956 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0123  putative resolvase  36.28 
 
 
206 aa  125  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  6.922970000000001e-26 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0719  resolvase domain-containing protein  35.35 
 
 
197 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000179161 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2477  resolvase-like protein  36.15 
 
 
198 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.131622  normal  0.782919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6887  resolvase domain-containing protein  39.19 
 
 
210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1355  resolvase-like protein  34.3 
 
 
190 aa  102  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.141663 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0094  resolvase  33.95 
 
 
245 aa  91.3  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.86084  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3355  resolvase domain-containing protein  32.61 
 
 
301 aa  91.3  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0978291  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0037  resolvase  33.95 
 
 
245 aa  91.3  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489197  normal  0.472165 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6519  resolvase  33.49 
 
 
283 aa  89  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0026  resolvase family site-specific recombinase  36.04 
 
 
102 aa  63.2  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  decreased coverage  0.000122476  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0246  resolvase domain-containing protein  29.81 
 
 
179 aa  63.2  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315323  normal 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2479  hypothetical protein  36.19 
 
 
138 aa  62.8  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.802993 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6810  Resolvase domain protein  30.37 
 
 
185 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67902  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1326  resolvase domain-containing protein  28.17 
 
 
180 aa  60.5  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6405  resolvase domain-containing protein  30.37 
 
 
185 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0053  transposon Tn21 resolvase  27.01 
 
 
186 aa  59.7  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4319  resolvase domain-containing protein  27.01 
 
 
186 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0816  resolvase domain-containing protein  29.58 
 
 
185 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1494  resolvase-like protein  27.01 
 
 
186 aa  58.9  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.493325 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6187  resolvase-like protein  27.36 
 
 
186 aa  58.9  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0984609  hitchhiker  0.0000107923 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3112  Resolvase domain protein  30.88 
 
 
184 aa  56.6  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  27.96 
 
 
188 aa  56.6  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1206  Resolvase domain protein  27.01 
 
 
186 aa  56.6  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2582  resolvase domain-containing protein  28.64 
 
 
185 aa  56.6  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1807  resolvase domain-containing protein  25.58 
 
 
201 aa  56.6  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.261116  unclonable  0.00000000603181 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1138  resolvase-like protein  28.51 
 
 
207 aa  56.2  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00747364  normal  0.0234159 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0279  recombinase  30.99 
 
 
248 aa  56.2  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000482548  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0088  resolvase domain-containing protein  26.29 
 
 
199 aa  55.8  0.0000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.223955  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2019  resolvase family site-specific recombinase  39.56 
 
 
91 aa  55.5  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4473  serine-based site-specific recombinase activity TnpR  26.54 
 
 
186 aa  55.1  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0992302  decreased coverage  0.00348712 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4599  serine-based site-specific recombinase activity TnpR  26.54 
 
 
186 aa  55.1  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000321893  hitchhiker  0.00456228 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15430  putative resolvase, essential for transposition  26.54 
 
 
186 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  7.34084e-16  unclonable  6.55355e-22 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7059  hypothetical protein  29.82 
 
 
183 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3124  resolvase domain-containing protein  38.46 
 
 
194 aa  54.3  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0904767  n/a   
 
 
-
 
NC_008263  CPR_A0002  resolvase  23.11 
 
 
190 aa  54.7  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1132  Resolvase domain  28.84 
 
 
184 aa  54.7  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010715  Nther_2949  Resolvase domain  22.49 
 
 
202 aa  53.5  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.587528  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4352  Resolvase domain protein  24.88 
 
 
186 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00813261  normal 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4489  Resolvase domain protein  24.88 
 
 
186 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000146883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5397  Resolvase domain protein  29.44 
 
 
185 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0037  transposon Tn21 resolvase  24.54 
 
 
205 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.335597 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  27.7 
 
 
190 aa  52.8  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  27.7 
 
 
190 aa  52.8  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  27.7 
 
 
190 aa  52.8  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0043  hypothetical protein  24.64 
 
 
188 aa  52.4  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1006  Resolvase domain protein  29.33 
 
 
189 aa  52.8  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6448  Resolvase domain protein  31.28 
 
 
211 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20410  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  25.82 
 
 
194 aa  52.4  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0661103 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3464  resolvase domain-containing protein  25.59 
 
 
185 aa  51.6  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08245  resolvase  26.44 
 
 
179 aa  51.2  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1711  integrative genetic element Gsu5, resolvase  26.76 
 
 
190 aa  51.2  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0316952  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5396  resolvase domain-containing protein  34.67 
 
 
180 aa  51.6  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.859533  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2680  resolvase domain-containing protein  25.12 
 
 
185 aa  51.6  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3829  resolvase domain-containing protein  25.12 
 
 
185 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3846  resolvase domain-containing protein  25.12 
 
 
185 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.40246  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1914  resolvase domain-containing protein  25.12 
 
 
185 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1256  resolvase domain-containing protein  25.12 
 
 
185 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.249423  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1811  Resolvase domain protein  25.59 
 
 
183 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0297206  hitchhiker  0.00833685 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7006  hypothetical protein  30.28 
 
 
183 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013518  Sterm_4140  Resolvase domain protein  25.79 
 
 
217 aa  50.4  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00204948  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01209  bacteriocin production protein  26.09 
 
 
198 aa  49.7  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0014  resolvase domain-containing protein  35.06 
 
 
184 aa  49.7  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.125158  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2509  putative res  58.97 
 
 
41 aa  50.1  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.963906 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0019  Resolvase domain protein  27.59 
 
 
195 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  25 
 
 
188 aa  50.1  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1467  resolvase-like protein  29 
 
 
196 aa  49.3  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>