179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2190 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2190  hypothetical protein  100 
 
 
169 aa  334  2.9999999999999997e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0303198  normal  0.0370255 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2172  hypothetical protein  78.82 
 
 
166 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2031  protein of unknown function UPF0044  69.64 
 
 
166 aa  227  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1723  protein of unknown function UPF0044  69.64 
 
 
166 aa  226  8e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1524  hypothetical protein  69.05 
 
 
165 aa  224  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.91908  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1260  hypothetical protein  58.58 
 
 
175 aa  185  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2864  protein of unknown function UPF0044  58.58 
 
 
175 aa  185  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0666776  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4437  hypothetical protein  60.89 
 
 
175 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1184  hypothetical protein  61.76 
 
 
175 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.233994 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1172  hypothetical protein  61.76 
 
 
175 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0775  hypothetical protein  56.99 
 
 
184 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.487091  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1613  CRS1/YhbY domain-contain protein  56.99 
 
 
184 aa  177  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1286  hypothetical protein  56.99 
 
 
184 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.215764  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0582  hypothetical protein  56.99 
 
 
184 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1480  putative RNA-binding protein  56.99 
 
 
184 aa  177  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.243093  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1510  putative RNA-binding protein  56.99 
 
 
184 aa  177  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.745158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0569  hypothetical protein  56.99 
 
 
184 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.606782  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2778  CRS1/YhbY domain-contain protein  55.91 
 
 
181 aa  176  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.383882  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2025  hypothetical protein  58.56 
 
 
176 aa  174  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0877  hypothetical protein  51.34 
 
 
187 aa  173  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.932104  normal  0.0405734 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1266  hypothetical protein  60.36 
 
 
174 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.23965 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0814  hypothetical protein  60.36 
 
 
174 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1295  hypothetical protein  60.36 
 
 
174 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1266  hypothetical protein  51.52 
 
 
156 aa  155  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2622  protein of unknown function UPF0044  49.7 
 
 
159 aa  145  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596131  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2009  hypothetical protein  48.5 
 
 
157 aa  143  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.712889  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4927  hypothetical protein  46.99 
 
 
157 aa  142  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.24195 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1473  protein of unknown function UPF0044  49.4 
 
 
157 aa  142  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2385  hypothetical protein  49.4 
 
 
157 aa  142  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.300442  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2615  hypothetical protein  49.68 
 
 
158 aa  142  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.655008 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0213  hypothetical protein  48.19 
 
 
158 aa  140  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2613  hypothetical protein  46.99 
 
 
158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.846153  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2854  hypothetical protein  46.71 
 
 
157 aa  137  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2819  hypothetical protein  51.75 
 
 
135 aa  132  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0942  hypothetical protein  67.42 
 
 
120 aa  127  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1015  hypothetical protein  60 
 
 
208 aa  123  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0852  protein of unknown function UPF0044  57.78 
 
 
208 aa  120  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.221554 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1734  protein of unknown function UPF0044  57.65 
 
 
150 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.971373  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1131  hypothetical protein  55.81 
 
 
98 aa  93.2  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0481  hypothetical protein  50.56 
 
 
95 aa  90.9  9e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0235201  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1021  hypothetical protein  46.15 
 
 
99 aa  88.6  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000882281  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3738  hypothetical protein  46.59 
 
 
97 aa  88.6  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0371297  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3983  hypothetical protein  46.59 
 
 
97 aa  88.6  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013551  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3604  hypothetical protein  46.59 
 
 
97 aa  88.6  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000221446  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1195  hypothetical protein  46.15 
 
 
99 aa  87.8  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0998  hypothetical protein  48.84 
 
 
99 aa  87.8  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000139607  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1001  hypothetical protein  47.13 
 
 
98 aa  87.8  6e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.330419  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1017  hypothetical protein  46.15 
 
 
99 aa  87.8  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00654366  hitchhiker  0.00428084 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1082  hypothetical protein  46.15 
 
 
99 aa  87.8  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0287307  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3248  hypothetical protein  46.15 
 
 
99 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000511442  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2836  hypothetical protein  43.62 
 
 
102 aa  86.7  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00231858  normal  0.0108243 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2843  hypothetical protein  46.15 
 
 
99 aa  86.7  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000290881  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1119  protein of unknown function UPF0044  46.15 
 
 
99 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0127613  hitchhiker  0.0000000000583133 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3290  hypothetical protein  46.15 
 
 
99 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000365798  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3426  hypothetical protein  46.15 
 
 
99 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000346407  decreased coverage  0.0000900538 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3069  hypothetical protein  47.67 
 
 
99 aa  85.5  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00393169  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3570  hypothetical protein  46.51 
 
 
99 aa  85.5  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000605463  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3594  RNA-binding protein YhbY  44.32 
 
 
110 aa  85.1  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0222253  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3656  RNA-binding protein YhbY  44.32 
 
 
110 aa  85.1  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0001228  normal  0.404761 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3487  RNA-binding protein YhbY  44.32 
 
 
110 aa  85.1  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000291277  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3488  RNA-binding protein YhbY  44.32 
 
 
110 aa  85.1  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203462  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3557  RNA-binding protein YhbY  44.32 
 
 
110 aa  85.1  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0252085  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0952  RNA-binding protein  47.67 
 
 
99 aa  85.1  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000959457  normal  0.423674 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002601  RNA binding protein  47.67 
 
 
98 aa  84.7  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00022914  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03406  hypothetical protein  48.84 
 
 
98 aa  84.3  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3614  RNA-binding protein YhbY  44.32 
 
 
110 aa  84  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000635626  normal  0.233722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3398  hypothetical protein  46.51 
 
 
99 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  decreased coverage  0.0000205489 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0564  hypothetical protein  47.13 
 
 
97 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00222762  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0164  hypothetical protein  46.51 
 
 
98 aa  83.6  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000162983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0799  protein of unknown function UPF0044  45.98 
 
 
97 aa  82.8  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000186202  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0981  hypothetical protein  46.51 
 
 
99 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000254887  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0590  putative RNA-binding protein  44.44 
 
 
98 aa  82.8  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00320322  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2713  hypothetical protein  40 
 
 
88 aa  82.4  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0809  hypothetical protein  44.94 
 
 
110 aa  81.6  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  normal  0.0131963 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03045  predicted RNA-binding protein  42.53 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000412792  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0527  protein of unknown function UPF0044  42.53 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112279  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2844  hypothetical protein  40 
 
 
88 aa  81.6  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3665  RNA-binding protein YhbY  42.53 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138412  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4502  RNA-binding protein YhbY  42.53 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000031754  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3590  RNA-binding protein YhbY  42.53 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.48683e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3476  RNA-binding protein YhbY  42.53 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000313113  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0520  RNA-binding protein YhbY  42.53 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000013717  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02996  hypothetical protein  42.53 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3372  RNA-binding protein YhbY  42.53 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.8642399999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0481  hypothetical protein  42.53 
 
 
97 aa  80.5  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000159675  normal  0.788742 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1974  protein of unknown function UPF0044  40.45 
 
 
106 aa  79.7  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343693  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3454  hypothetical protein  45.35 
 
 
98 aa  78.6  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1018  hypothetical protein  42.11 
 
 
100 aa  78.2  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000228436  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1569  hypothetical protein  45.98 
 
 
119 aa  77.8  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000968018  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3354  protein of unknown function UPF0044  43.02 
 
 
97 aa  77  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000296508  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3473  protein of unknown function UPF0044  43.02 
 
 
97 aa  77  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000144439  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01665  RNA binding protein; ancient RNA-binding IF3-C fold  44.19 
 
 
97 aa  76.3  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00348819  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1850  hypothetical protein  42.68 
 
 
96 aa  75.5  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.597502  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1978  hypothetical protein  42.7 
 
 
100 aa  75.5  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695229 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62880  hypothetical protein  37.08 
 
 
104 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5473  hypothetical protein  37.08 
 
 
104 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0701  protein of unknown function UPF0044  40.45 
 
 
99 aa  71.6  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0143521  normal  0.299253 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2358  protein of unknown function UPF0044  43.96 
 
 
94 aa  71.6  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.496102  hitchhiker  0.000000000651126 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2737  hypothetical protein  43.96 
 
 
94 aa  71.6  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.438343  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0729  hypothetical protein  36.96 
 
 
102 aa  71.2  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125003  normal  0.951229 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>