More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2089 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2089  transaldolase B  100 
 
 
318 aa  652    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.466177  normal  0.339985 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2069  transaldolase B  85.49 
 
 
318 aa  558  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.851541  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1231  transaldolase B  75 
 
 
319 aa  489  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1075  transaldolase B  73.73 
 
 
319 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170663  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1167  transaldolase B  74.37 
 
 
319 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0516908  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0852  transaldolase B  71.57 
 
 
317 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1013  transaldolase B  71.57 
 
 
317 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.930396  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1940  transaldolase B  71.57 
 
 
317 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.38936  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1326  transaldolase B  71.88 
 
 
317 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0962  transaldolase B  71.25 
 
 
317 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.544979  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1174  transaldolase B  71.88 
 
 
317 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.980689  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0296  transaldolase B  71.57 
 
 
317 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.257551  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1166  transaldolase B  71.88 
 
 
317 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2358  transaldolase B  70.61 
 
 
317 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1723  transaldolase B  70.29 
 
 
317 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.784559  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2335  transaldolase B  70.29 
 
 
317 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2104  transaldolase B  69.33 
 
 
317 aa  434  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.194981 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2254  transaldolase B  69.65 
 
 
317 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.333089  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5677  transaldolase B  70.29 
 
 
317 aa  437  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.237593  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2374  transaldolase B  69.65 
 
 
317 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0942  transaldolase B  69.01 
 
 
317 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0291755  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1228  transaldolase B  69.65 
 
 
317 aa  432  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3318  transaldolase B  69.33 
 
 
317 aa  430  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0830908  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1102  transaldolase B  65.51 
 
 
318 aa  421  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3386  transaldolase B  65.5 
 
 
315 aa  412  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0752  transaldolase B  63.9 
 
 
315 aa  413  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0674  transaldolase B  64.22 
 
 
316 aa  409  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.181851  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0696  transaldolase B  64.22 
 
 
316 aa  409  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3095  transaldolase B  61.27 
 
 
316 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1779  transaldolase B  62.94 
 
 
316 aa  404  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1126  transaldolase B  63.26 
 
 
315 aa  403  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5675  transaldolase B  63.72 
 
 
317 aa  403  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.319134 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0943  transaldolase B  62.62 
 
 
315 aa  395  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.396631 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0654  transaldolase B  63.58 
 
 
315 aa  394  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.581022  normal  0.0202899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0700  transaldolase A  63.78 
 
 
315 aa  390  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4350  transaldolase B  60.51 
 
 
320 aa  381  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.45347 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1265  transaldolase B  60.38 
 
 
339 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.785654  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_28222  transaldolase  57.73 
 
 
316 aa  371  1e-102  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.562417  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0685  transaldolase B  60.13 
 
 
322 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.947987  normal  0.786497 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1931  transaldolase B  61.86 
 
 
308 aa  361  9e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.247297 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3234  transaldolase B  58.1 
 
 
324 aa  358  5e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1485  transaldolase B  58.47 
 
 
310 aa  358  6e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000365093  normal  0.591576 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27960  transaldolase B  60.19 
 
 
307 aa  355  5e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2514  transaldolase B  60 
 
 
316 aa  354  1e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.38793  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2297  transaldolase/EF-hand domain-containing protein  58.13 
 
 
397 aa  353  2e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.66755  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0570  transaldolase B  57.01 
 
 
317 aa  353  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0283  transaldolase/EF-hand domain-containing protein  56.21 
 
 
389 aa  353  2.9999999999999997e-96  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0438498 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3622  transaldolase B  56.15 
 
 
317 aa  351  8e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.517107  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22140  transaldolase B  57.23 
 
 
322 aa  350  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0576  transaldolase B  57.63 
 
 
317 aa  350  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.225405  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27340  transaldolase B  57.23 
 
 
322 aa  350  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02355  transaldolase A  57.99 
 
 
316 aa  349  3e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1206  transaldolase  57.99 
 
 
316 aa  349  3e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2610  transaldolase A  57.99 
 
 
316 aa  349  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3685  transaldolase A  57.99 
 
 
316 aa  349  3e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.206304  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1213  transaldolase A  57.99 
 
 
316 aa  349  3e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02317  hypothetical protein  57.99 
 
 
316 aa  349  3e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1655  transaldolase B  54.38 
 
 
316 aa  349  3e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000243642  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2593  transaldolase A  57.99 
 
 
316 aa  349  3e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2742  transaldolase A  57.99 
 
 
316 aa  349  3e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0007  transaldolase B  57.01 
 
 
338 aa  349  4e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0008  transaldolase B  56.7 
 
 
317 aa  348  5e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00008  transaldolase B  56.7 
 
 
317 aa  348  5e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0009  transaldolase B  56.7 
 
 
338 aa  348  5e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.703316  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0009  transaldolase B  56.7 
 
 
317 aa  348  5e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.967516  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00008  hypothetical protein  56.7 
 
 
317 aa  348  5e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3647  transaldolase B  56.7 
 
 
317 aa  348  5e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3588  transaldolase  57.01 
 
 
317 aa  348  6e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0008  transaldolase B  57.01 
 
 
317 aa  348  6e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2168  transaldolase B  59.18 
 
 
308 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3546  transaldolase B  56.15 
 
 
318 aa  348  9e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1044  transaldolase B  56.15 
 
 
318 aa  348  9e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000265536  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1111  transaldolase B  56.15 
 
 
318 aa  348  9e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000240039  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0537  transaldolase B  56.88 
 
 
317 aa  347  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0007  transaldolase B  56.39 
 
 
317 aa  347  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3245  transaldolase B  56.15 
 
 
318 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000112094  decreased coverage  0.000667795 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2163  transaldolase/EF-hand domain-containing protein  54.83 
 
 
387 aa  347  2e-94  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.273645  normal  0.931935 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1424  transaldolase/EF-hand domain-containing protein  55 
 
 
392 aa  347  2e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1145  transaldolase B  56.15 
 
 
318 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000154463  normal  0.579932 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3664  transaldolase B  56.83 
 
 
317 aa  347  2e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2116  transaldolase/EF-hand domain-containing protein  54.83 
 
 
387 aa  347  2e-94  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3147  transaldolase B  55.76 
 
 
318 aa  347  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000170325  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1049  transaldolase B  55.52 
 
 
318 aa  346  3e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00112286  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32700  transaldolase B  60.19 
 
 
308 aa  346  3e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3049  transaldolase B  55.76 
 
 
318 aa  346  3e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00546599  normal  0.166064 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3859  transaldolase B  56.88 
 
 
317 aa  346  3e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4104  transaldolase B  55.76 
 
 
320 aa  345  4e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.559408  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3574  transaldolase B  58.86 
 
 
308 aa  345  4e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.372751  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0822  transaldolase B  56.78 
 
 
330 aa  345  4e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.128995 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0007  transaldolase B  55.9 
 
 
317 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.411691  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0007  transaldolase B  55.9 
 
 
317 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0007  transaldolase B  55.9 
 
 
317 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.111561  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0007  transaldolase B  55.9 
 
 
317 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.811187  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2967  transaldolase B  55.45 
 
 
318 aa  345  6e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000461015  normal  0.264438 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2830  transaldolase A  57.37 
 
 
316 aa  345  8e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3479  transaldolase A  56.56 
 
 
316 aa  344  8.999999999999999e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.272335  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1685  transaldolase B  57.59 
 
 
308 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0746  transaldolase A  55 
 
 
316 aa  343  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1919  transaldolase B  56.7 
 
 
321 aa  343  2e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03321  transaldolase B  56.56 
 
 
319 aa  342  2.9999999999999997e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>