More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2078 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2078  carbonic anhydrase  100 
 
 
244 aa  498  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00878543  normal  0.182367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5007  carbonate dehydratase  76.92 
 
 
230 aa  341  5.999999999999999e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.574845  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1380  carbonate dehydratase  52.58 
 
 
214 aa  223  3e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.173014  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0391  Carbonate dehydratase  51.64 
 
 
218 aa  219  3e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.377586 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2307  carbonic anhydrase  54.9 
 
 
211 aa  217  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.89227  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0555  Carbonate dehydratase  47.91 
 
 
210 aa  217  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000138152  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1988  carbonic anhydrase  50.7 
 
 
214 aa  211  9e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2975  carbonate dehydratase  50.7 
 
 
210 aa  211  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.901133  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0287  carbonic anhydrase  48.33 
 
 
209 aa  199  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0464  Carbonate dehydratase  48.33 
 
 
209 aa  199  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00360536 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1665  carbonic anhydrase  44 
 
 
238 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.705722  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4148  carbonate dehydratase  47.78 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.803619 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0666  carbonate dehydratase  46.23 
 
 
207 aa  165  5e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.48747  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2571  Carbonate dehydratase  37.18 
 
 
236 aa  162  6e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4235  Carbonate dehydratase  43.96 
 
 
213 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.200227 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3911  Carbonate dehydratase  43.96 
 
 
213 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.121235 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4366  carbonate dehydratase  44.02 
 
 
213 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3223  carbonic anhydrase  44.34 
 
 
214 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3185  carbonate dehydratase  41.83 
 
 
215 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1920  carbonate dehydratase  40.38 
 
 
224 aa  155  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0185278  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0227  carbonate dehydratase  35.21 
 
 
206 aa  152  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000228085  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1969  carbonic anhydrase  35.21 
 
 
206 aa  152  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00238162  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2660  Carbonate dehydratase  38.16 
 
 
213 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000276342  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0067  carbonic anhydrase  40.28 
 
 
218 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1765  Carbonate dehydratase  36.32 
 
 
207 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0351  Carbonate dehydratase  44.81 
 
 
241 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_004310  BR1829  carbonic anhydrase, putative  40.65 
 
 
213 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.486223  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0234  carbonate dehydratase  43.13 
 
 
216 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0192853 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4126  Carbonate dehydratase  34.8 
 
 
267 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1074  carbonate dehydratase  40.09 
 
 
214 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.370997  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3592  carbonate dehydratase  39.42 
 
 
220 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4166  Carbonate dehydratase  34.8 
 
 
267 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3061  carbonate dehydratase  38.89 
 
 
213 aa  149  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13920  Carbonate dehydratase  33 
 
 
200 aa  149  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000593664  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0240  carbonate dehydratase  39.44 
 
 
210 aa  149  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.615218  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1505  carbonic anhydrase  35.89 
 
 
210 aa  148  7e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0115  carbonate dehydratase  37.91 
 
 
239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0100  carbonate dehydratase  37.91 
 
 
239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2792  carbonic anhydrase  40.19 
 
 
216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.156635  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1165  carbonate dehydratase  43.08 
 
 
209 aa  146  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.623319  normal  0.0416937 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0262  carbonic anhydrase  34.62 
 
 
211 aa  145  6e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0235  carbonic anhydrase  34.62 
 
 
211 aa  145  6e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0288  carbonic anhydrase  34.62 
 
 
211 aa  145  7.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.104413  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0114  carbonate dehydratase  36.97 
 
 
239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900402  hitchhiker  0.000744084 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2165  carbonic anhydrase  34.98 
 
 
224 aa  145  8.000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0495  carbonate dehydratase  41.12 
 
 
214 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4953  Carbonate dehydratase  33.01 
 
 
278 aa  144  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00293  carbonic anhydrase  35.84 
 
 
219 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7378  carbonic anhydrase  39.71 
 
 
225 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3756  carbonate dehydratase  40.57 
 
 
230 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.622574 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0288  carbonate dehydratase  36.02 
 
 
246 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0404  carbonic anhydrase  35.84 
 
 
219 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0118  carbonate dehydratase  36.02 
 
 
239 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.176541 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3286  carbonate dehydratase  35.84 
 
 
219 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00297  hypothetical protein  35.84 
 
 
219 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0412  carbonic anhydrase  35.84 
 
 
219 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0364  carbonic anhydrase  35.84 
 
 
219 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.390414  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0346  putative carbonic anhydrase 2  41.01 
 
 
214 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.103822 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6632  carbonate dehydratase  43.22 
 
 
225 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0231  Carbonate dehydratase  40.65 
 
 
214 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0340  carbonate dehydratase  41.12 
 
 
214 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1282  carbonate dehydratase  38.03 
 
 
213 aa  142  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.95303  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0370  carbonic anhydrase  35.84 
 
 
219 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3267  Carbonate dehydratase  35.4 
 
 
219 aa  141  7e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2037  Carbonate dehydratase  34.56 
 
 
233 aa  142  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5255  carbonic anhydrase  35.55 
 
 
221 aa  141  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0336  carbonate dehydratase  34.78 
 
 
214 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.256297  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1806  Carbonate dehydratase  41.8 
 
 
228 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.661091  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2289  carbonate dehydratase  40.31 
 
 
221 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1526  carbonate dehydratase  41.8 
 
 
228 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0561548 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1553  carbonate dehydratase  36.49 
 
 
225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0438519  normal  0.0234257 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2491  carbonate dehydratase  38.21 
 
 
218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.184929  normal  0.235188 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4475  carbonate dehydratase  35.29 
 
 
242 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3054  Carbonate dehydratase  34.11 
 
 
258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1703  carbonate dehydratase  42.18 
 
 
228 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.326564  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2827  carbonate dehydratase  34.27 
 
 
251 aa  139  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0831803 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3371  carbonate dehydratase  37.44 
 
 
219 aa  138  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1187  carbonate dehydratase  37.56 
 
 
242 aa  138  7e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.980271  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1526  Carbonate dehydratase  39.62 
 
 
228 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0449173  normal  0.543544 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4590  carbonate dehydratase  38.03 
 
 
255 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1781  carbonate dehydratase  33.18 
 
 
211 aa  138  8.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00326798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4610  carbonate dehydratase  36.62 
 
 
230 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2116  carbonate dehydratase  33.65 
 
 
213 aa  138  1e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2945  Carbonate dehydratase  35.21 
 
 
235 aa  137  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1507  Carbonate dehydratase  34.42 
 
 
216 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00649241  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4128  carbonate dehydratase  37.5 
 
 
219 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190844 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4779  carbonate dehydratase  37.5 
 
 
219 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3388  carbonate dehydratase  37.5 
 
 
219 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.731684  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5605  carbonic anhydrase  37.44 
 
 
216 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3236  carbonate anhydratase  39.32 
 
 
216 aa  135  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1736  carbonic anhydrase  35.07 
 
 
222 aa  135  5e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.680655  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0082  carbonic anhydrase  34.22 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1256  carbonate dehydratase  36.79 
 
 
211 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471436  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1895  hypothetical protein  31.28 
 
 
356 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1173  Carbonate dehydratase  33.18 
 
 
211 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.465895  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1199  carbonic anhydrases  36.49 
 
 
234 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3463  carbonic anhydrases  36.49 
 
 
219 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0666  carbonate dehydratase  38.76 
 
 
237 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1534  carbonate dehydratase  35.19 
 
 
217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.223898  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3235  carbonate dehydratase  38.94 
 
 
220 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>