More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1856 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E0810  lysine transporter  64.61 
 
 		 489 aa  651    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2418  lysine transporter  66.04 
 
 		 490 aa  654    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1537  lysine transporter  65.34 
 
 		 503 aa  655    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.807023  normal  0.123045 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2757  lysine transporter  64.24 
 
 		 489 aa  646    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.536752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3806  amino acid permease-associated region  69.77 
 
 		 511 aa  691    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.742871 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2670  lysine transporter  65.34 
 
 		 503 aa  655    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02085  lysine transporter  64.61 
 
 		 489 aa  651    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0635265  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1502  amino acid permease-associated region  64.61 
 
 		 489 aa  651    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000366881  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2303  lysine transporter  64.61 
 
 		 489 aa  650    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0126674 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4997  amino acid permease-associated region  68.81 
 
 		 526 aa  676    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1492  lysine transporter  64.61 
 
 		 489 aa  651    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0314529 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2594  lysine-specific permease  69.48 
 
 		 520 aa  696    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1757  lysine-specific permease transmembrane protein  73.38 
 
 		 509 aa  689    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.425351  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1758  lysine-specific permease transmembrane protein  71.31 
 
 		 512 aa  699    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101162  normal  0.222113 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2391  lysine transporter  65.23 
 
 		 489 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2291  lysine transporter  64.61 
 
 		 489 aa  651    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5271  amino acid permease-associated region  68.81 
 
 		 526 aa  677    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.221406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1490  amino acid permease-associated region  73.1 
 
 		 507 aa  686    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0819363  normal  0.294594 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2453  lysine transporter  64.61 
 
 		 489 aa  651    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3292  lysine transporter  64.81 
 
 		 489 aa  653    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0579936  normal  0.854577 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1344  lysine-specific permease  69.48 
 
 		 520 aa  696    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02044  hypothetical protein  64.61 
 
 		 489 aa  651    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0708606  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3715  amino acid permease-associated region  69.77 
 
 		 538 aa  692    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0410363 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2323  lysine transporter  64.8 
 
 		 492 aa  645    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1929  lysine transporter  66.05 
 
 		 491 aa  639    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.148093  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5011  amino acid permease-associated region  68.69 
 
 		 514 aa  698    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.677067 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1448  amino acid permease-associated region  71.52 
 
 		 511 aa  701    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0115525  hitchhiker  0.00101809 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0172  lysine-specific permease  69.48 
 
 		 520 aa  696    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3450  amino acid permease-associated region  69.94 
 
 		 526 aa  679    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2439  lysine transporter  65.23 
 
 		 489 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3599  amino acid permease-associated region  69.69 
 
 		 511 aa  692    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2346  lysine transporter  65.23 
 
 		 489 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00075881  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1404  amino acid permease-associated region  87.94 
 
 		 506 aa  861    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1010  lysine-specific permease  69.48 
 
 		 520 aa  696    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2435  lysine transporter  65.23 
 
 		 489 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.101181 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1449  amino acid permease-associated region  72.89 
 
 		 507 aa  685    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0168502  hitchhiker  0.00111111 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0379  amino acid transporter  67.98 
 
 		 526 aa  670    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.139964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2396  amino acid transporter  70.85 
 
 		 511 aa  687    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.953097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1658  lysine transporter  65.84 
 
 		 491 aa  640    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0271465  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1489  amino acid permease-associated region  71.1 
 
 		 511 aa  701    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00379868  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3224  lysine transporter  67.09 
 
 		 493 aa  659    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000298398 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2549  lysine transporter  65.23 
 
 		 489 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163669 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0464  lysine-specific permease  69.28 
 
 		 520 aa  694    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1856  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 493 aa  993    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.368764 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4928  lysine-specific permease  66.67 
 
 		 510 aa  654    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.382341  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3096  amino acid permease-associated region  68.81 
 
 		 526 aa  677    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552339  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2752  lysine transporter  65.34 
 
 		 503 aa  655    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970075  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4648  amino acid permease-associated region  69.77 
 
 		 538 aa  692    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2737  lysine-specific permease  69.48 
 
 		 520 aa  696    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.279115  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4631  amino acid permease-associated region  71.06 
 
 		 526 aa  687    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5455  amino acid permease-associated region  69.69 
 
 		 536 aa  694    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.402528  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0199  lysine-specific permease  69.48 
 
 		 520 aa  696    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4318  amino acid permease-associated region  64.69 
 
 		 493 aa  621  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.193493  normal  0.498738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5274  lysine-specific permease  62.58 
 
 		 487 aa  618  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61250  APC family lysine-specific permease  62.79 
 
 		 487 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.405295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3322  amino acid permease-associated region  60.34 
 
 		 511 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.427023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3839  amino acid permease-associated region  60.34 
 
 		 513 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.766371  normal  0.301841 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4637  amino acid permease-associated region  59.7 
 
 		 509 aa  596  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.731379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2141  amino acid transporter  60.55 
 
 		 510 aa  597  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.109603 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3945  amino acid permease-associated region  59.5 
 
 		 520 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4422  amino acid permease-associated region  59.5 
 
 		 520 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3583  amino acid permease-associated region  59.5 
 
 		 520 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.542229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0393  lysine-specific permease  58.3 
 
 		 492 aa  586  1e-166  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.449766  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3071  lysine-specific permease  57.89 
 
 		 488 aa  565  1e-160  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2051  amino acid permease-associated region  58.49 
 
 		 488 aa  567  1e-160  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.111812  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2176  lysine-specific permease  57.89 
 
 		 488 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3085  lysine-specific permease  56.26 
 
 		 488 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3102  lysine-specific permease  56.47 
 
 		 488 aa  564  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00351231  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2834  lysine specific permease  57.93 
 
 		 488 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2794  lysine specific permease  57.93 
 
 		 488 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.689488  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2856  amino acid permease-associated region  58.11 
 
 		 488 aa  564  1.0000000000000001e-159  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0658699  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1932  amino acid permease-associated region  58.28 
 
 		 490 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00030899  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3104  lysine-specific permease  57.72 
 
 		 488 aa  561  1e-158  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108094  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2247  amino acid permease-associated region  58.9 
 
 		 496 aa  558  1e-158  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2862  lysine-specific permease  55.85 
 
 		 488 aa  560  1e-158  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.456947  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3076  lysine-specific permease  56.06 
 
 		 488 aa  561  1e-158  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.121364  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00990  amino acid transporter  57.88 
 
 		 500 aa  550  1e-155  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1821  lysine-specific permease  52.88 
 
 		 489 aa  517  1.0000000000000001e-145  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3635  amino acid permease-associated region  53.83 
 
 		 527 aa  518  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0954  lysine-specific permease  52.94 
 
 		 496 aa  512  1e-144  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1500  amino acid permease-associated region  51.89 
 
 		 491 aa  493  9.999999999999999e-139  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00425052  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1849  amino acid transporter  49.58 
 
 		 479 aa  491  1e-137  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.682086  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1369  putative lysine-specific permease  49.9 
 
 		 489 aa  478  1e-133  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000742881  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1182  lysine-specific permease  49.48 
 
 		 489 aa  473  1e-132  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000326455  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0412  amino acid transporter  47.6 
 
 		 477 aa  456  1e-127  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000422224  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1773  amino acid permease-associated region  48.39 
 
 		 497 aa  454  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00284908  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1739  amino acid permease-associated region  48.39 
 
 		 497 aa  454  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000499031  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2751  amino acid permease-associated region  50.11 
 
 		 505 aa  452  1.0000000000000001e-126  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.215764  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0918  amino acid permease-associated region  50 
 
 		 500 aa  450  1e-125  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.171543  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1245  amino acid permease family protein  48.53 
 
 		 500 aa  446  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000163371  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2505  amino acid transporter  46.19 
 
 		 488 aa  438  1e-121  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.187909  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1421  amino acid permease-associated region  42.12 
 
 		 484 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000107039  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1394  amino acid permease-associated region  42.12 
 
 		 484 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000062877  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0773  amino acid permease  40.21 
 
 		 471 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000509453  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2179  amino acid permease-associated region  44.58 
 
 		 468 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0711158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4599  amino-acid permease RocC  39.54 
 
 		 471 aa  366  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000205089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0738  amino-acid permease RocC  40 
 
 		 468 aa  366  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000114694  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3727  amino acid transporter  44.44 
 
 		 468 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0592  amino acid permease-associated region  39.5 
 
 		 472 aa  364  2e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2036  amino acid permease-associated region  44.44 
 
 		 468 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.790711  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>