More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1719 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1719  hypothetical protein  100 
 
 
327 aa  672    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0287751  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1436  hypothetical protein  43.48 
 
 
318 aa  296  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779932  normal  0.517463 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1842  twin-arginine translocation pathway signal  43.17 
 
 
327 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00400007  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4137  hypothetical protein  44.27 
 
 
326 aa  268  8e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.864349 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1420  twin-arginine translocation pathway signal  42.9 
 
 
327 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00102429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1404  hypothetical protein  42.95 
 
 
328 aa  266  5e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5204  hypothetical protein  39.75 
 
 
335 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00787806  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2212  hypothetical protein  37.33 
 
 
383 aa  259  5.0000000000000005e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0366732  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4691  hypothetical protein  41.49 
 
 
324 aa  258  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3575  hypothetical protein  38.65 
 
 
336 aa  246  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.106202 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4068  hypothetical protein  40.96 
 
 
315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0023  hypothetical protein  38.58 
 
 
323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.908143  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0005  hypothetical protein  38.58 
 
 
323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.736537 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3813  extra-cytoplasmic solute receptor  39.86 
 
 
325 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2348  hypothetical protein  37.73 
 
 
331 aa  229  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1801  hypothetical protein  38.64 
 
 
331 aa  229  6e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000114766 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3513  hypothetical protein  40 
 
 
333 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2083  hypothetical protein  37.42 
 
 
332 aa  226  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.280461  normal  0.301608 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4263  hypothetical protein  37.74 
 
 
324 aa  212  7.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1953  hypothetical protein  35.25 
 
 
331 aa  209  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4279  hypothetical protein  35.84 
 
 
339 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3035  hypothetical protein  33.78 
 
 
338 aa  203  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.208714  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0720  hypothetical protein  35.29 
 
 
377 aa  202  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.49556  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5765  hypothetical protein  36.86 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4419  hypothetical protein  35.71 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3359  hypothetical protein  37.29 
 
 
331 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0744  hypothetical protein  37.84 
 
 
325 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4543  hypothetical protein  35.74 
 
 
323 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00792277  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5584  hypothetical protein  36.09 
 
 
337 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0384253  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3508  hypothetical protein  37.19 
 
 
320 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4109  extra-cytoplasmic solute receptor  36.69 
 
 
334 aa  186  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305056  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1128  hypothetical protein  34.58 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.794936  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2507  hypothetical protein  39.38 
 
 
336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4779  hypothetical protein  35.83 
 
 
324 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1478  hypothetical protein  37.15 
 
 
340 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4142  hypothetical protein  34.59 
 
 
328 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.627286  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0843  hypothetical protein  34.4 
 
 
323 aa  179  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159621  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2776  hypothetical protein  33.75 
 
 
332 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0257  hypothetical protein  34.71 
 
 
334 aa  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6283  hypothetical protein  35.21 
 
 
321 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120039  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21240  hypothetical protein  36.43 
 
 
318 aa  175  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00058939  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  37.5 
 
 
327 aa  175  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0060  hypothetical protein  35.59 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1904  hypothetical protein  35.93 
 
 
326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1164  hypothetical protein  37.31 
 
 
332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6345  hypothetical protein  34.97 
 
 
330 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3792  extra-cytoplasmic solute receptor  34.16 
 
 
326 aa  172  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4101  extra-cytoplasmic solute receptor  38.93 
 
 
328 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0889008  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3537  hypothetical protein  34.46 
 
 
322 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3986  hypothetical protein  35.49 
 
 
325 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  36.61 
 
 
328 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5119  hypothetical protein  32.32 
 
 
328 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3411  hypothetical protein  35.4 
 
 
330 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1221  hypothetical protein  39.92 
 
 
315 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  35.92 
 
 
358 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0026  hypothetical protein  32.68 
 
 
363 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0779  hypothetical protein  35.1 
 
 
335 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5108  hypothetical protein  32.65 
 
 
324 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.031393  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0835  hypothetical protein  34.47 
 
 
351 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0180096  normal  0.0225936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0801  hypothetical protein  35.03 
 
 
337 aa  170  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2997  hypothetical protein  33.44 
 
 
343 aa  169  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0266851  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1018  twin-arginine translocation pathway signal  35.35 
 
 
328 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0288  hypothetical protein  32.88 
 
 
325 aa  169  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2828  hypothetical protein  34.03 
 
 
328 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.384643  normal  0.180289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4610  hypothetical protein  34.08 
 
 
322 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432088  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0187  hypothetical protein  35.09 
 
 
332 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0579  hypothetical protein  33.56 
 
 
322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.444417  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1812  hypothetical protein  34.24 
 
 
326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  33.12 
 
 
331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1326  hypothetical protein  35.53 
 
 
312 aa  166  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.12583  hitchhiker  7.14872e-17 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  34.05 
 
 
331 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2596  hypothetical protein  32.11 
 
 
327 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.523201  normal  0.428813 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3530  hypothetical protein  35.48 
 
 
331 aa  166  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175021  hitchhiker  0.00737093 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0252  hypothetical protein  35.37 
 
 
325 aa  166  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3721  extra-cytoplasmic solute receptor  32.92 
 
 
345 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.31096 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0521  hypothetical protein  32.76 
 
 
326 aa  165  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1070  hypothetical protein  31.71 
 
 
332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.530289  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0179  hypothetical protein  35.58 
 
 
328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6186  hypothetical protein  34.9 
 
 
327 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2413  hypothetical protein  32.4 
 
 
325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325014  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0242  hypothetical protein  34.83 
 
 
325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2876  hypothetical protein  33.44 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.364701  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3056  hypothetical protein  35.71 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176831  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0483  hypothetical protein  34.7 
 
 
334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  33.33 
 
 
314 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  33.55 
 
 
339 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4625  hypothetical protein  35.35 
 
 
327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2909  hypothetical protein  32.58 
 
 
323 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4458  hypothetical protein  32.56 
 
 
332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.60746  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3624  hypothetical protein  31.89 
 
 
330 aa  162  6e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.210677  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3716  hypothetical protein  33.79 
 
 
334 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.128099  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5221  Bug family extra-cytoplasmic solute receptor  32.3 
 
 
347 aa  162  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5733  hypothetical protein  33.96 
 
 
341 aa  162  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.558781 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3854  hypothetical protein  33.23 
 
 
328 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  31.09 
 
 
327 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2476  hypothetical protein  35.46 
 
 
321 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0303847  normal  0.0316178 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3420  hypothetical protein  33.99 
 
 
320 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21089  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3869  hypothetical protein  31.61 
 
 
332 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0415956  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1315  hypothetical protein  36.7 
 
 
328 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1607  hypothetical protein  33.65 
 
 
333 aa  162  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>