More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1592 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1529  integrase catalytic subunit  100 
 
 
342 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.016356  hitchhiker  0.00474191 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1592  integrase catalytic subunit  100 
 
 
342 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00550293  normal  0.214322 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2382  integrase catalytic subunit  100 
 
 
342 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000024142  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4122  transposase IS1088  100 
 
 
342 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.618296  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4207  transposase IS1088  100 
 
 
342 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.302839  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4418  transposase IS1088  100 
 
 
342 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182446  normal  0.486351 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4463  transposase IS1088  100 
 
 
342 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.985118  normal  0.0492126 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5718  transposase IS1088  100 
 
 
342 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5755  transposase IS1088  100 
 
 
342 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.335377  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3640  integrase  67.27 
 
 
343 aa  457  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6282  integrase catalytic subunit  56.16 
 
 
339 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2842  integrase catalytic subunit  56.16 
 
 
339 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4004  transposase for insertion sequence element IS1086  56.16 
 
 
339 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1557  integrase catalytic region  55.59 
 
 
326 aa  352  4e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3005  integrase catalytic region  55.59 
 
 
326 aa  352  4e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3004  integrase catalytic region  55.59 
 
 
326 aa  352  4e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0883  integrase catalytic region  55.59 
 
 
326 aa  352  4e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0052  putative transposase  52.99 
 
 
340 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3055  Integrase catalytic region  52.46 
 
 
356 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3165  Integrase catalytic region  52.46 
 
 
356 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2157  integrase catalytic subunit  52.58 
 
 
342 aa  335  9e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.100699  normal  0.0600961 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4339  integrase catalytic subunit  52.29 
 
 
342 aa  315  7e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0939  Integrase catalytic region  50.92 
 
 
342 aa  311  1e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4210  integrase  49.39 
 
 
326 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1990  integrase catalytic region  48.34 
 
 
339 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.653928 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1270  IS30 family transposase  50.76 
 
 
423 aa  295  7e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0560  IS30 family transposase  50.76 
 
 
423 aa  295  7e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.404036  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0058  IS30 family transposase  50.76 
 
 
423 aa  295  7e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0508  IS30 family transposase  50.76 
 
 
423 aa  295  7e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0255  IS30 family transposase  50.76 
 
 
423 aa  295  7e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455504  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22920  transposase, IS30 family  45.65 
 
 
385 aa  283  4.0000000000000003e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.200558 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15120  transposase, IS30 family  45.65 
 
 
385 aa  282  6.000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0851499  normal  0.892726 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5954  transposase ISRme10  45.92 
 
 
336 aa  275  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0246651 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3475  hypothetical protein  44.74 
 
 
402 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.214234 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4295  integrase catalytic subunit  48.74 
 
 
496 aa  271  9e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0160339  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4037  integrase catalytic subunit  48.74 
 
 
519 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389495  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4676  integrase catalytic subunit  48.74 
 
 
519 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.118167 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0614  integrase catalytic subunit  48.74 
 
 
519 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.579787 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4112  integrase catalytic subunit  48.74 
 
 
519 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.062727  normal  0.815886 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4381  integrase catalytic subunit  48.74 
 
 
525 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.570588 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4673  integrase catalytic subunit  48.74 
 
 
519 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.546671 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1134  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34752  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1842  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.112569  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1540  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.790818  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2955  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0298669  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3459  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00200761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4055  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3879  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4088  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1947  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.666461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2697  Integrase catalytic region  47.02 
 
 
457 aa  268  8e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4203  integrase  46.18 
 
 
386 aa  260  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1754  integrase catalytic region  45.71 
 
 
386 aa  260  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.86382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1238  integrase catalytic subunit  46.13 
 
 
386 aa  258  7e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4467  integrase catalytic region  42.89 
 
 
466 aa  258  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1190  integrase  45.87 
 
 
386 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.216917  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1692  integrase catalytic subunit  44.75 
 
 
380 aa  256  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1276  integrase catalytic subunit  45.78 
 
 
343 aa  256  3e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3059  integrase catalytic subunit  45.09 
 
 
342 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4334  Fis family transcriptional regulator  45.57 
 
 
386 aa  256  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1723  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0582  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2900  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1496  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1446  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2801  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4011  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3368  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3807  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123497  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4006  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5592  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6732  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6913  integrase catalytic region  44.83 
 
 
466 aa  255  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00500  transposase, IS30 family  41.99 
 
 
480 aa  255  7e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20930  transpose, IS30 family  41.99 
 
 
480 aa  255  7e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2519  integrase catalytic region  44.83 
 
 
481 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.352374  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1836  integrase catalytic subunit  44.75 
 
 
380 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100026  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3419  integrase catalytic region  46.79 
 
 
386 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0492382  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3350  Integrase catalytic region  42.81 
 
 
383 aa  252  7e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03433  ISXoo15 transposase  45.48 
 
 
315 aa  251  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2241  Integrase catalytic region  42.51 
 
 
383 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.954836  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3717  Integrase catalytic region  42.51 
 
 
383 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2765  integrase catalytic subunit  44.79 
 
 
386 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.936307  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4666  integrase catalytic subunit  42.23 
 
 
474 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5430  integrase catalytic subunit  42.23 
 
 
414 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.270049 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5505  integrase catalytic subunit  42.23 
 
 
474 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334264  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5603  integrase catalytic subunit  42.34 
 
 
437 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.155715  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2624  integrase catalytic region  42.51 
 
 
383 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  hitchhiker  0.000399148 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2254  integrase catalytic region  42.51 
 
 
383 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.173899  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0736  integrase catalytic region  42.51 
 
 
383 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5827  integrase catalytic subunit  42.34 
 
 
437 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.382461 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5906  integrase catalytic subunit  42.23 
 
 
474 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.872405  normal  0.876149 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5986  integrase catalytic subunit  42.34 
 
 
437 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996112 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_6004  integrase catalytic subunit  42.34 
 
 
437 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000366902 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0022  IS30, transposase  42.51 
 
 
383 aa  251  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4255  integrase catalytic region  42.15 
 
 
465 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000703282 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4426  integrase catalytic region  42.15 
 
 
465 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179177  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4468  integrase catalytic region  42.15 
 
 
465 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3406  integrase catalytic region  42.15 
 
 
465 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3232  integrase catalytic subunit  42.15 
 
 
465 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.495092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>