More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1443 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1443  surface antigen (D15)  60.92 
 
 
758 aa  952    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.380953  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1831  surface antigen (D15)  52.62 
 
 
765 aa  830    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2484  OMP85 family outer membrane protein  63.49 
 
 
768 aa  1002    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2447  OMP85 family outer membrane protein  43.16 
 
 
796 aa  654    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.019137  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1412  putative outer membrane signal peptide protein  79.06 
 
 
765 aa  1242    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.272317 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2170  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  53.41 
 
 
784 aa  803    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2047  OMP85 family outer membrane protein  63.36 
 
 
768 aa  999    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.912739  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1547  OMP85 family outer membrane protein  63.36 
 
 
769 aa  999    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2577  surface antigen (D15)  53.4 
 
 
765 aa  843    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.489897  normal  0.089041 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1286  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  77.24 
 
 
765 aa  1222    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.368496  normal  0.747084 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1750  surface antigen (D15):surface antigen variable number  51.43 
 
 
761 aa  812    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.330816  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1873  surface antigen (D15):surface antigen variable number  92.7 
 
 
784 aa  1455    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.836752  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0793  surface antigen (D15)  51.42 
 
 
770 aa  805    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.27416 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2574  OMP85 family outer membrane protein  63.36 
 
 
769 aa  1000    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.131452  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0816  Outer membrane protein  45.95 
 
 
766 aa  688    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.468447  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1913  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  63.22 
 
 
768 aa  991    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.426313 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5321  surface antigen (D15)  63.49 
 
 
769 aa  994    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.202175 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1319  OMP85 family outer membrane protein  63.36 
 
 
768 aa  999    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1330  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  61.81 
 
 
770 aa  996    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2842  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  50.78 
 
 
770 aa  789    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3264  OMP85 family outer membrane protein  63.36 
 
 
768 aa  999    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.337401  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0665  surface antigen (D15)  51.07 
 
 
760 aa  776    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.381453  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3485  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  58.02 
 
 
769 aa  939    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935009  normal  0.0697984 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2035  OMP85 family outer membrane protein  63.36 
 
 
768 aa  999    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.139503  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1766  surface antigen (D15)  52.2 
 
 
766 aa  825    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0726033  normal  0.0207518 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4254  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  49.69 
 
 
800 aa  790    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1350  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  79.17 
 
 
750 aa  1208    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0760351  normal  0.942125 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1996  surface antigen (D15)  52.48 
 
 
779 aa  812    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.685861  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1522  surface antigen (D15)  48.27 
 
 
790 aa  775    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0389707  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2687  surface antigen (D15)  51.64 
 
 
784 aa  820    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.379638  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1690  putative outer membrane antigen  62.39 
 
 
767 aa  1001    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0520611  normal  0.149871 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4940  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  53.49 
 
 
765 aa  831    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269346  normal  0.0745121 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2447  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  62.14 
 
 
770 aa  999    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158511  hitchhiker  0.00286506 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1443  surface antigen (D15)  100 
 
 
791 aa  1610    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680805  decreased coverage  0.000148941 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0515  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  62.55 
 
 
781 aa  970    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.404864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1446  surface antigen (D15)  50.39 
 
 
765 aa  805    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.332057 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2031  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  63.09 
 
 
769 aa  991    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.675693  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6066  surface antigen (D15)  62.95 
 
 
769 aa  991    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298817  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1265  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  63.76 
 
 
769 aa  1000    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.88133  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2428  OMP85 family outer membrane protein  63.36 
 
 
769 aa  1000    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.195214  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2118  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  60.1 
 
 
769 aa  976    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1231  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  53.53 
 
 
765 aa  843    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2044  surface antigen (D15)  62.95 
 
 
768 aa  987    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1971  putative outer membrane signal peptide protein  53.96 
 
 
781 aa  801    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.208049  normal  0.130084 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2011  surface antigen (D15)  62.95 
 
 
769 aa  991    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2607  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  50 
 
 
811 aa  774    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.745531  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1167  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  40.89 
 
 
758 aa  629  1e-179  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.190139  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1491  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  39.12 
 
 
797 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17150  putative outer membrane antigen  39.27 
 
 
794 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01121  outer membrane antigen  39.84 
 
 
788 aa  593  1e-168  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.385807  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3045  surface antigen (D15)  38.91 
 
 
786 aa  592  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1351  surface antigen (D15):surface antigen variable number  38.16 
 
 
791 aa  586  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1257  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  39.61 
 
 
787 aa  585  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0901212  normal  0.632332 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4074  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  38.25 
 
 
784 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1599  surface antigen family outer membrane protein  38.02 
 
 
786 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4178  surface antigen (D15)  38.02 
 
 
786 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.39317  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1154  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  38.1 
 
 
787 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0357  outer membrane antigen  39.64 
 
 
784 aa  579  1e-164  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.433119  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0322  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  39.61 
 
 
784 aa  576  1.0000000000000001e-163  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1542  outer membrane protein  37.84 
 
 
795 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1109  surface antigen (D15)  37.99 
 
 
796 aa  571  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.242384  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1489  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  36.54 
 
 
780 aa  567  1e-160  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1855  surface antigen (D15)  39.16 
 
 
799 aa  568  1e-160  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.8894  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3373  surface antigen family protein  37.82 
 
 
787 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.241276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2385  surface antigen (D15)  37.82 
 
 
787 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.437807  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2571  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.69 
 
 
799 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.227309 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3794  surface antigen (D15):surface antigen variable number  37.58 
 
 
790 aa  558  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173749 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1168  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.04 
 
 
781 aa  556  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1452  outer membrane protein, OMP85 family  37.04 
 
 
781 aa  556  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38910  surface antigen  37.25 
 
 
792 aa  555  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0571  surface antigen (D15)  37.24 
 
 
790 aa  554  1e-156  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2540  surface antigen (D15)  37.76 
 
 
772 aa  547  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1458  surface antigen (D15)  37.25 
 
 
780 aa  547  1e-154  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0545  hypothetical protein  37.28 
 
 
770 aa  530  1e-149  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0569  hypothetical protein  36.89 
 
 
770 aa  526  1e-148  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1446  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  36.11 
 
 
800 aa  523  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2972  outer membrane protein assembly factor YaeT  37.36 
 
 
807 aa  520  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0353111  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0949  outer membrane protein assembly factor YaeT  37.3 
 
 
809 aa  514  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00135315  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3782  outer membrane protein assembly factor YaeT  37 
 
 
801 aa  513  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000907033  hitchhiker  0.00340919 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3157  outer membrane protein assembly factor YaeT  37.28 
 
 
805 aa  512  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0017892  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1021  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.7 
 
 
795 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000998639  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3427  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.7 
 
 
795 aa  509  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000902719  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1074  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.7 
 
 
795 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000979052  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0265  outer membrane protein assembly factor YaeT  37.04 
 
 
803 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000300024  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0246  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.76 
 
 
804 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.25845  normal  0.670048 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0246  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.92 
 
 
810 aa  508  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.24449  normal  0.197895 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0250  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.92 
 
 
810 aa  508  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.609554  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3352  outer membrane protein assembly factor YaeT  37.27 
 
 
815 aa  508  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346772  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002754  outer membrane protein assembly factor YaeT precursor  36.17 
 
 
804 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0604223  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03229  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.45 
 
 
804 aa  505  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0715  outer membrane protein assembly factor YaeT  37.02 
 
 
805 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000733739  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0262  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.79 
 
 
803 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.642005 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1356  surface antigen (D15)  35.1 
 
 
826 aa  499  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000205975  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2419  outer membrane protein assembly factor YaeT  34.44 
 
 
806 aa  502  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0333898  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3426  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  36.31 
 
 
810 aa  497  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480767  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3483  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.31 
 
 
810 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000802072  normal  0.102232 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0188  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.31 
 
 
810 aa  497  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000418762  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1278  surface antigen (D15)  34.91 
 
 
763 aa  496  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0187  outer membrane protein assembly factor YaeT  36.31 
 
 
810 aa  497  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00010789  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00174  hypothetical protein  36.31 
 
 
810 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00018653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>