More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1108 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010084  Bmul_1088  TonB-dependent siderophore receptor  48.4 
 
 		 737 aa  656    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3462  TonB-dependent siderophore receptor  48.46 
 
 		 728 aa  658    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3243  TonB-dependent siderophore receptor  47.36 
 
 		 728 aa  647    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.181533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3798  TonB-dependent siderophore receptor  48.28 
 
 		 809 aa  655    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5515  TonB-dependent siderophore receptor  48.1 
 
 		 726 aa  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1714  TonB-dependent siderophore receptor  45 
 
 		 729 aa  657    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2186  TonB-dependent siderophore receptor  46.54 
 
 		 772 aa  667    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1108  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 761 aa  1554    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.441045 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5891  TonB-dependent siderophore receptor  46.54 
 
 		 772 aa  667    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3084  TonB-dependent siderophore receptor  47.34 
 
 		 819 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2781  TonB-dependent siderophore receptor  47.34 
 
 		 805 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150566  normal  0.217763 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0434  TonB-dependent siderophore receptor  46.19 
 
 		 753 aa  586  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2469  TonB-dependent siderophore receptor  41.9 
 
 		 768 aa  558  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000279609  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2064  TonB-dependent siderophore receptor  43.1 
 
 		 734 aa  558  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000430928 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2373  ferrichrome receptor FcuA  41.9 
 
 		 763 aa  558  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000216306  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1656  ferrichrome receptor FcuA  41.77 
 
 		 720 aa  556  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000210688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1736  TonB-dependent receptor protein  42.61 
 
 		 737 aa  545  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00567556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1058  TonB-dependent siderophore receptor  39.67 
 
 		 728 aa  536  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0962342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0825  TonB-dependent siderophore receptor  40.64 
 
 		 759 aa  536  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000404003  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3007  TonB-dependent siderophore receptor  43.53 
 
 		 730 aa  533  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796938 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1500  TonB-dependent siderophore receptor  41.43 
 
 		 755 aa  535  1e-150  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356406  normal  0.318798 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2068  TonB-dependent siderophore receptor  41.94 
 
 		 729 aa  529  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.839532  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39820  putative tonB-dependent receptor protein  40.92 
 
 		 804 aa  511  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2266  TonB-dependent siderophore receptor  41.25 
 
 		 724 aa  503  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.238084  normal  0.145177 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3686  TonB-dependent siderophore receptor  41.57 
 
 		 754 aa  501  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3374  putative tonB-dependent receptor protein  40.2 
 
 		 804 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.128787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2339  TonB-dependent siderophore receptor  38.8 
 
 		 800 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1110  TonB-dependent siderophore receptor  41.06 
 
 		 768 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3575  TonB-dependent siderophore receptor  38.45 
 
 		 801 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2582  TonB-dependent siderophore receptor  39.23 
 
 		 802 aa  477  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.431715  normal  0.0101305 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5451  TonB-dependent siderophore receptor  39.94 
 
 		 823 aa  478  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2196  TonB-dependent siderophore receptor  38.45 
 
 		 801 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.614035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2237  TonB-dependent siderophore receptor  40.26 
 
 		 777 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4403  TonB-dependent siderophore receptor  40.78 
 
 		 773 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.109366 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4497  ferric siderophore receptor protein (TonB-dependent siderophore receptor)  38.36 
 
 		 744 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504252  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2590  outer membrane ferric siderophore receptor  37.92 
 
 		 771 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_003296  RS00871  ferric siderophore receptor protein  38.76 
 
 		 746 aa  456  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.619675  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3358  TonB-dependent siderophore receptor  38.05 
 
 		 808 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260724  normal  0.726447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6957  TonB-dependent siderophore receptor  40.36 
 
 		 749 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2123  TonB-dependent siderophore receptor  37.99 
 
 		 725 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0972  TonB-dependent siderophore receptor  39.2 
 
 		 762 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.804591  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2858  TonB-dependent siderophore receptor  38.96 
 
 		 756 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.578501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2620  TonB-dependent siderophore receptor  39.8 
 
 		 770 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.526793  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1003  TonB-dependent siderophore receptor  37.66 
 
 		 758 aa  438  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3527  TonB-dependent siderophore receptor  36.6 
 
 		 761 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2049  TonB-dependent siderophore receptor  36.86 
 
 		 764 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379645  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3084  TonB-dependent siderophore receptor  39.23 
 
 		 764 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159276  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3719  TonB-dependent siderophore receptor  37.23 
 
 		 753 aa  427  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525992  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3800  TonB-dependent siderophore receptor  36.76 
 
 		 712 aa  421  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.647138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1878  TonB-dependent siderophore receptor  37 
 
 		 722 aa  422  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4406  TonB-dependent siderophore receptor  38.7 
 
 		 709 aa  421  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.684267  normal  0.0387925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4013  TonB-dependent siderophore receptor  39.32 
 
 		 879 aa  420  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.302904 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2294  TonB-dependent siderophore receptor  39.21 
 
 		 773 aa  419  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2669  putative ferric siderophore receptor protein precursor  38.74 
 
 		 742 aa  419  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3327  TonB-dependent siderophore receptor  36.35 
 
 		 804 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218834 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3757  TonB-dependent siderophore receptor  38.48 
 
 		 851 aa  413  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0566087 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2129  TonB-dependent siderophore receptor  36.55 
 
 		 722 aa  410  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.759874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4052  TonB-dependent siderophore receptor  39.42 
 
 		 839 aa  412  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02105  hypothetical protein  35.73 
 
 		 730 aa  405  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1625  TonB-dependent siderophore receptor  34.85 
 
 		 746 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.930758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0629  putative ferric siderophore receptor protein  37.02 
 
 		 700 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3905  TonB-dependent siderophore receptor  34.86 
 
 		 731 aa  367  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4079  TonB-dependent siderophore receptor  34.71 
 
 		 729 aa  366  1e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.502501  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4496  ferric siderophore receptor protein  35.01 
 
 		 804 aa  362  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3864  TonB-dependent siderophore receptor  29.4 
 
 		 811 aa  241  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.952597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4128  TonB-dependent siderophore receptor  28.37 
 
 		 811 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26410  TonB-dependent siderophore receptor  28.22 
 
 		 742 aa  228  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0715  TonB-dependent siderophore receptor  29.04 
 
 		 698 aa  225  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5420  TonB-dependent siderophore receptor  28.37 
 
 		 743 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00589363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5036  TonB-dependent siderophore receptor  28.55 
 
 		 751 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.549683 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1104  TonB-dependent siderophore receptor  26.8 
 
 		 728 aa  221  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413225  normal  0.151659 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3848  TonB-dependent siderophore receptor  28.2 
 
 		 743 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.617009 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3674  TonB-dependent siderophore receptor  28.06 
 
 		 743 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4689  TonB-dependent siderophore receptor  28.06 
 
 		 743 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141202  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0800  putative ferrisiderophore receptor signal peptide protein  29.25 
 
 		 705 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2436  TonB-dependent siderophore receptor  28.65 
 
 		 743 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3576  TonB-dependent siderophore receptor  27.66 
 
 		 743 aa  213  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0391438 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0747  TonB-dependent siderophore receptor  27.46 
 
 		 702 aa  209  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.429786 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0859  TonB-dependent siderophore receptor  26.96 
 
 		 716 aa  207  6e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308459  normal  0.654986 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3471  TonB-dependent siderophore receptor  30.74 
 
 		 728 aa  206  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0817  TonB-dependent siderophore receptor  27.23 
 
 		 702 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.682704 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0531  TonB-dependent siderophore receptor  27.51 
 
 		 727 aa  205  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.45334 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4079  TonB-dependent siderophore receptor  28.05 
 
 		 727 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0746  TonB-dependent siderophore receptor  26.55 
 
 		 774 aa  197  5.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1847  TonB-dependent siderophore receptor  28.25 
 
 		 729 aa  193  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.343723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4499  TonB-dependent siderophore receptor  27.17 
 
 		 706 aa  193  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.883355  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1610  TonB-dependent siderophore receptor, putative  27.42 
 
 		 724 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317263  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5029  TonB-dependent siderophore receptor  27.45 
 
 		 708 aa  186  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1993  TonB-dependent siderophore receptor  25.93 
 
 		 719 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.811377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1424  TonB-dependent siderophore receptor  27.53 
 
 		 710 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3864  TonB-dependent siderophore receptor  28.06 
 
 		 710 aa  185  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0182976  normal  0.0196444 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6693  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 		 726 aa  181  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.907714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30860  TonB-dependent siderophore receptor  26.81 
 
 		 710 aa  181  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.950998  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02690  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.72 
 
 		 704 aa  178  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3769  TonB-dependent siderophore receptor  27.43 
 
 		 724 aa  178  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.503702  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3692  TonB-dependent siderophore receptor  27.26 
 
 		 685 aa  176  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.235893  normal  0.294422 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39890  TonB-dependent siderophore receptor  26.31 
 
 		 708 aa  175  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596471  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3029  TonB-dependent siderophore receptor  25.82 
 
 		 718 aa  174  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3385  TonB-dependent siderophore receptor  25.8 
 
 		 730 aa  173  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3345  TonB-dependent siderophore receptor  26.6 
 
 		 738 aa  169  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>