191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0742 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0742  radical SAM family protein  100 
 
 
361 aa  742    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.669971  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2600  DNA repair photolyase  56.66 
 
 
386 aa  413  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.64054  normal  0.361396 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3222  radical SAM family protein  56.09 
 
 
387 aa  410  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1225  Radical SAM domain protein  56.09 
 
 
386 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.931656  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1080  radical SAM family protein  55.52 
 
 
386 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.981176  normal  0.301506 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1206  radical SAM family protein  55.81 
 
 
393 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.649327 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0704  radical SAM family protein  57.1 
 
 
384 aa  402  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.503182  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0387  hypothetical protein  56.09 
 
 
390 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.595283  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0399  hypothetical protein  56.37 
 
 
390 aa  401  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0452  radical SAM domain-containing protein  57.27 
 
 
385 aa  398  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.290609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4362  radical SAM family protein  55.78 
 
 
387 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal  0.0230577 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0508  radical SAM domain-containing protein  55.81 
 
 
390 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233922  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2341  hypothetical protein  55.17 
 
 
377 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2545  radical SAM family protein  53.02 
 
 
417 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1266  radical SAM family protein  56.53 
 
 
360 aa  389  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.249898 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1433  Radical SAM domain protein  56.07 
 
 
395 aa  388  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.908326 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0922  radical SAM domain-containing protein  55.99 
 
 
387 aa  388  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.56559  normal  0.49234 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0707  radical SAM domain-containing protein  55.11 
 
 
421 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0399019  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0937  hypothetical protein  55.95 
 
 
385 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388526  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4095  radical SAM domain-containing protein  54.39 
 
 
362 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.138855  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0517  Radical SAM domain protein  55.91 
 
 
385 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.619466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0561  Radical SAM domain protein  55.62 
 
 
385 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1946  radical SAM domain-containing protein  56.66 
 
 
437 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041965 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0767  radical SAM domain-containing protein  51.64 
 
 
386 aa  375  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.338567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1768  radical SAM domain-containing protein  54.21 
 
 
374 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.938086 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2980  Radical SAM domain protein  51.9 
 
 
381 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0187919 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0015  Radical SAM domain protein  53.91 
 
 
363 aa  376  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.811476  hitchhiker  0.00130653 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2104  Radical SAM domain protein  54.21 
 
 
380 aa  376  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.124136  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2549  radical SAM family protein  53.56 
 
 
362 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3517  Radical SAM domain protein  56.74 
 
 
390 aa  373  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.546912  normal  0.918389 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1743  Radical SAM domain protein  56.18 
 
 
375 aa  372  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.106017  normal  0.444535 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1469  radical SAM family protein  53.8 
 
 
360 aa  368  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2237  radical SAM domain-containing protein  53.29 
 
 
392 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0946  radical SAM domain-containing protein  52.07 
 
 
392 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6071  Radical SAM domain protein  57.22 
 
 
372 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1003  hypothetical protein  52.4 
 
 
381 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.850299 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0942  radical SAM domain-containing protein  51.78 
 
 
392 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.672209  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0799  Radical SAM domain protein  51.5 
 
 
374 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.737474  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1025  radical SAM domain-containing protein  52.85 
 
 
388 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0587  radical SAM family protein  52.85 
 
 
392 aa  362  4e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1066  radical SAM domain-containing protein  52.85 
 
 
392 aa  362  4e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5254  radical SAM domain protein  53.64 
 
 
352 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4180  radical SAM family protein  52.57 
 
 
391 aa  362  6e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2862  radical SAM domain-containing protein  52.08 
 
 
383 aa  360  1e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22952  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0928  hypothetical protein  52.05 
 
 
375 aa  360  3e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0289  radical SAM family protein  53.64 
 
 
352 aa  360  3e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0870  Radical SAM domain protein  50.95 
 
 
374 aa  360  3e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0400323  normal  0.723126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0117  radical SAM domain-containing protein  54.71 
 
 
352 aa  359  5e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.190485 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2972  radical SAM domain-containing protein  51.63 
 
 
385 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1658  radical SAM domain-containing protein  48.28 
 
 
376 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2923  radical SAM domain-containing protein  51.63 
 
 
385 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0114  radical SAM domain-containing protein  54.52 
 
 
352 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05793  radical SAM domain protein  52.82 
 
 
375 aa  358  9.999999999999999e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1773  radical SAM family protein  51.14 
 
 
378 aa  357  1.9999999999999998e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680102  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2549  radical SAM domain-containing protein  51.63 
 
 
385 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.22398  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0923  radical SAM domain-containing protein  51.63 
 
 
385 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0224  radical SAM domain-containing protein  51.63 
 
 
385 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0547  radical SAM domain-containing protein  51.86 
 
 
362 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0099  radical SAM domain protein  55.05 
 
 
352 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0290614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0113  radical SAM domain-containing protein  54.6 
 
 
352 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000412834 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0406  radical SAM domain-containing protein  51.34 
 
 
374 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0708  radical SAM domain-containing protein  51.1 
 
 
362 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2190  radical SAM domain-containing protein  51.14 
 
 
373 aa  352  8e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.32306  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1617  radical SAM family protein  51.12 
 
 
415 aa  350  2e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1480  hypothetical protein  50.73 
 
 
356 aa  350  2e-95  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000411506  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3325  radical SAM family protein  50.29 
 
 
368 aa  348  1e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.000000113455 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2123  radical SAM domain-containing protein  52.82 
 
 
362 aa  348  1e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0798  radical SAM domain-containing protein  52.26 
 
 
362 aa  346  4e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5416  radical SAM domain-containing protein  56.65 
 
 
378 aa  345  8.999999999999999e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3135  radical SAM family protein  48.88 
 
 
365 aa  343  2e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.787669  normal  0.057986 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3951  radical SAM domain-containing protein  50.14 
 
 
360 aa  344  2e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.934636  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0398  radical SAM domain-containing protein  49.29 
 
 
372 aa  344  2e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4466  radical SAM domain-containing protein  51.78 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2509  hypothetical protein  49.01 
 
 
366 aa  343  4e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.690045 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2212  hypothetical protein  53.4 
 
 
325 aa  341  1e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0083  radical SAM family protein  51.82 
 
 
352 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1693  Radical SAM domain protein  49.3 
 
 
364 aa  332  5e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.637102  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2161  radical SAM domain-containing protein  49.15 
 
 
373 aa  332  7.000000000000001e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0231722 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1181  radical SAM family protein  50.28 
 
 
362 aa  329  6e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0204222  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3675  radical SAM domain-containing protein  49.13 
 
 
371 aa  325  5e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.852388 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2176  radical SAM domain-containing protein  46.83 
 
 
372 aa  325  7e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2293  Radical SAM domain protein  45.75 
 
 
385 aa  323  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.972622  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2803  radical SAM domain-containing protein  45.75 
 
 
402 aa  323  3e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.246146 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00810  putative DNA repair photolyase  50 
 
 
352 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1060  Radical SAM domain protein  50.42 
 
 
361 aa  319  5e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0556  Radical SAM domain protein  53.58 
 
 
359 aa  318  7e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1419  radical SAM domain-containing protein  47.51 
 
 
359 aa  312  4.999999999999999e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1500  radical SAM family protein  46.22 
 
 
358 aa  310  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0334  Radical SAM domain protein  48.58 
 
 
357 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2403  radical SAM domain-containing protein  48.21 
 
 
389 aa  306  4.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195467  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3138  radical SAM family protein  49.71 
 
 
355 aa  293  3e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1137  Radical SAM domain protein  39.77 
 
 
357 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.712968  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1769  Radical SAM domain protein  42.86 
 
 
352 aa  279  5e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1071  Radical SAM domain protein  42.61 
 
 
360 aa  275  9e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4818  Radical SAM domain protein  39.94 
 
 
350 aa  271  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.66643  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03695  radical SAM domain protein  39.36 
 
 
356 aa  269  5e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4284  Radical SAM domain protein  40.12 
 
 
352 aa  265  1e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.948479 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2459  hypothetical protein  37.46 
 
 
354 aa  257  3e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0853217 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2814  Radical SAM domain protein  40.45 
 
 
343 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2719  Radical SAM domain protein  40.45 
 
 
343 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>