40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0720 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0720  membrane protein-like protein  100 
 
 
76 aa  154  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.443615  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2571  hypothetical protein  85.96 
 
 
73 aa  110  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.106682  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3789  hypothetical protein  76.92 
 
 
74 aa  90.9  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000180132 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3815  hypothetical protein  55.56 
 
 
63 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.595164  normal  0.0528702 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4887  hypothetical protein  54.24 
 
 
64 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4740  hypothetical protein  54.24 
 
 
67 aa  77  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4304  hypothetical protein  51.52 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.402818  hitchhiker  0.0000000000823347 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4501  hypothetical protein  51.52 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.365447  normal  0.103968 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4226  hypothetical protein  53.97 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4341  hypothetical protein  51.52 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.561901  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3636  hypothetical protein  54.24 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000809005  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3921  hypothetical protein  54.24 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.393778  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4479  hypothetical protein  56.9 
 
 
68 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000217224 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4359  hypothetical protein  52.54 
 
 
67 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.182654  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4124  hypothetical protein  51.67 
 
 
67 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21413  normal  0.564732 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4011  hypothetical protein  50 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.127403  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3919  hypothetical protein  50.85 
 
 
67 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.472062  normal  0.020645 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3706  hypothetical protein  53.33 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00936717  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1242  membrane protein-like protein  50.75 
 
 
73 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.582249 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4031  membrane protein-like protein  52.63 
 
 
73 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.300951  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1156  membrane protein-like protein  51.79 
 
 
79 aa  70.9  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0130404  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1888  hypothetical protein  51.47 
 
 
74 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0309  membrane protein-like protein  50.91 
 
 
70 aa  70.1  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2256  membrane protein-like protein  52.63 
 
 
86 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186977  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22320  hypothetical protein  53.45 
 
 
73 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.479342  hitchhiker  7.49803e-16 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3486  membrane protein-like  49.09 
 
 
88 aa  64.7  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3116  hypothetical protein  50.94 
 
 
94 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0490  hypothetical protein  51.92 
 
 
73 aa  63.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35050  hypothetical protein  41.89 
 
 
74 aa  63.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.120265  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0749  membrane protein  47.37 
 
 
83 aa  62.8  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.90984  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002425  membrane protein  51.56 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03638  hypothetical protein  51.56 
 
 
132 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02392  membrane protein-like protein  50.91 
 
 
83 aa  58.5  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.505323  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2845  hypothetical protein  45.28 
 
 
127 aa  58.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1555  membrane protein-like protein  47.06 
 
 
92 aa  57.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.508864  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2063  phosphohistidine phosphatase SixA  43.4 
 
 
62 aa  55.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.874636  normal  0.707991 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3450  hypothetical protein  39.06 
 
 
86 aa  52  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.205804  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4100  hypothetical protein  41.38 
 
 
88 aa  50.8  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.66536 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4741  hypothetical protein  40 
 
 
70 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4856  hypothetical protein  32.31 
 
 
116 aa  41.6  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.522078  normal  0.0705436 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>