More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0554 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_1860  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  69.67 
 
 
727 aa  717    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4098  NADH dehydrogenase I chain F  68.31 
 
 
518 aa  736    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0256  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  63.71 
 
 
519 aa  664    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.370344  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2184  NADH dehydrogenase (quinone)  65.69 
 
 
525 aa  684    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592195  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3709  NADH dehydrogenase (quinone)  73.1 
 
 
520 aa  748    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.801479 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1392  formate dehydrogenase, beta subunit  73.91 
 
 
516 aa  766    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2057  formate dehydrogenase, beta subunit  63.44 
 
 
534 aa  692    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.657575  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4023  formate dehydrogenase, beta subunit  64.01 
 
 
537 aa  665    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3553  NADH dehydrogenase (quinone)  65.49 
 
 
519 aa  684    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0449  formate dehydrogenase, beta subunit  70 
 
 
521 aa  724    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903248  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3022  NADH dehydrogenase (quinone)  71.51 
 
 
520 aa  726    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689492  hitchhiker  0.00492897 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2963  formate dehydrogenase, beta subunit  70.2 
 
 
527 aa  726    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0618  NADH dehydrogenase (quinone)  86.43 
 
 
521 aa  859    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.480438  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2275  NADH dehydrogenase (quinone)  64.64 
 
 
522 aa  677    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2898  NADH dehydrogenase (quinone)  68.5 
 
 
518 aa  714    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3011  NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit  70 
 
 
521 aa  724    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0840  NADH dehydrogenase (quinone)  67.06 
 
 
516 aa  668    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.882058  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3480  NADH dehydrogenase (quinone)  66.15 
 
 
520 aa  707    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3807  normal  0.394192 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1079  NAD dependent formate dehydrogenase, beta subunit (51 kDa)  64.65 
 
 
509 aa  653    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.434836  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2740  NADH dehydrogenase (quinone)  64.26 
 
 
509 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  67.39 
 
 
516 aa  691    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4868  NADH dehydrogenase (quinone)  64.67 
 
 
519 aa  692    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00138717 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4145  NADH dehydrogenase (quinone)  68.69 
 
 
525 aa  706    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25157  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0804  NADH dehydrogenase (quinone)  65.25 
 
 
518 aa  666    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3637  NADH dehydrogenase (quinone)  68.7 
 
 
518 aa  715    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.288209  normal  0.948278 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0989  NADH dehydrogenase (quinone)  65.75 
 
 
516 aa  680    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0728  NADH dehydrogenase (quinone)  70.74 
 
 
518 aa  738    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538891  normal  0.849063 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1623  formate dehydrogenase, beta subunit  69.61 
 
 
522 aa  715    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4405  NADH dehydrogenase (quinone)  64.67 
 
 
519 aa  691    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2353  NADH dehydrogenase (quinone)  63.9 
 
 
519 aa  673    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.691857  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0725  NADH dehydrogenase (quinone)  65.25 
 
 
518 aa  669    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4646  NADH dehydrogenase (quinone)  64.09 
 
 
518 aa  643    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.408864  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0721  NADH dehydrogenase (quinone)  74.37 
 
 
516 aa  801    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3926  NADH dehydrogenase (quinone)  66.73 
 
 
518 aa  703    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0965  NAD-dependent formate dehydrogenase, beta subunit  70.77 
 
 
521 aa  716    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162501  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3090  putative formate dehydrogenase beta subunit  68.57 
 
 
518 aa  711    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.574941  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  64.86 
 
 
518 aa  660    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0388  NADH dehydrogenase (quinone)  73.11 
 
 
523 aa  770    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0554  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  100 
 
 
518 aa  1048    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3018  NADH dehydrogenase (quinone)  73.69 
 
 
519 aa  794    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1808  NADH dehydrogenase (quinone)  65.95 
 
 
519 aa  689    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0553  NADH dehydrogenase (quinone)  69.47 
 
 
525 aa  711    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0908  NADH dehydrogenase (quinone)  68.92 
 
 
525 aa  714    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0101124 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4913  NADH dehydrogenase (quinone)  63.32 
 
 
519 aa  687    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.849952  normal  0.190693 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0896  NADH dehydrogenase (quinone)  68.92 
 
 
525 aa  713    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1032  NADH dehydrogenase (quinone)  69.47 
 
 
525 aa  711    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0181  formate dehydrogenase, beta subunit  70 
 
 
521 aa  724    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4997  NADH dehydrogenase (quinone)  65.06 
 
 
519 aa  694    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000202694 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0966  formate dehydrogenase, beta subunit  70 
 
 
521 aa  724    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.823585  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2854  NADH dehydrogenase (quinone)  64.45 
 
 
509 aa  646    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0991  NADH dehydrogenase (quinone)  69.67 
 
 
525 aa  712    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288712  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1707  NADH dehydrogenase (quinone)  66.08 
 
 
519 aa  684    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2751  NADH dehydrogenase (quinone)  69.88 
 
 
523 aa  736    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132633 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2594  formate dehydrogenase, beta subunit  70 
 
 
521 aa  724    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2384  NADH dehydrogenase (quinone)  70.46 
 
 
518 aa  768    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.649035  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2901  formate dehydrogenase, beta subunit  70.2 
 
 
521 aa  726    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19176  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2365  NADH dehydrogenase (quinone)  69.67 
 
 
525 aa  704    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2857  NADH dehydrogenase (quinone)  60.12 
 
 
513 aa  624  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501493  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2559  NADH dehydrogenase (quinone)  60.66 
 
 
500 aa  610  1e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126954  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2683  NADH dehydrogenase (quinone)  59.13 
 
 
511 aa  603  1.0000000000000001e-171  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0030  NADH dehydrogenase (quinone)  55.82 
 
 
523 aa  601  1e-170  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1474  NADH dehydrogenase (quinone)  61.59 
 
 
516 aa  590  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.489293  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0733  NADH dehydrogenase (quinone)  56.63 
 
 
512 aa  568  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  42.83 
 
 
610 aa  437  1e-121  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  42.31 
 
 
602 aa  431  1e-119  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  43.55 
 
 
597 aa  424  1e-117  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  41.43 
 
 
607 aa  421  1e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  44.95 
 
 
572 aa  421  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  41.43 
 
 
607 aa  421  1e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  41.59 
 
 
596 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  41.47 
 
 
604 aa  407  1.0000000000000001e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  41.91 
 
 
545 aa  405  1e-111  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  42.68 
 
 
597 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  39.8 
 
 
614 aa  403  1e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  42.83 
 
 
590 aa  402  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  41.91 
 
 
545 aa  405  1e-111  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  40.7 
 
 
614 aa  403  1e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  40.54 
 
 
545 aa  402  1e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1168  NADH dehydrogenase (quinone)  41.29 
 
 
538 aa  402  1e-111  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.073062  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  41.78 
 
 
597 aa  404  1e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  47.7 
 
 
594 aa  401  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  46.19 
 
 
535 aa  400  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  40.64 
 
 
562 aa  399  9.999999999999999e-111  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0757022  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  41.98 
 
 
595 aa  397  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0149  NADH dehydrogenase (quinone)  42.39 
 
 
596 aa  396  1e-109  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0834  NADH dehydrogenase I, F subunit  43.16 
 
 
617 aa  392  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  43.13 
 
 
634 aa  393  1e-108  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0860011  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0845  NADH dehydrogenase (quinone)  49.16 
 
 
572 aa  393  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  42.39 
 
 
552 aa  395  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  40.71 
 
 
588 aa  391  1e-107  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0429  NADH dehydrogenase (quinone)  40.66 
 
 
624 aa  390  1e-107  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01800  NADH dehydrogenase I subunit F  42.94 
 
 
624 aa  390  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.235185  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  40.43 
 
 
594 aa  390  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0724  NADH dehydrogenase (quinone)  46.1 
 
 
485 aa  388  1e-106  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  41.85 
 
 
626 aa  386  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4239  NADH dehydrogenase (quinone)  39.84 
 
 
593 aa  386  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0532  NADH dehydrogenase (quinone)  39.06 
 
 
620 aa  389  1e-106  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0280377  normal  0.055647 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0332  NADH dehydrogenase (quinone)  38.95 
 
 
629 aa  388  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  44.7 
 
 
537 aa  383  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0991  NADH dehydrogenase (quinone)  40.31 
 
 
539 aa  384  1e-105  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>