49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0260 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0260  hypothetical protein  100 
 
 
171 aa  347  6e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0313  transmembrane protein  77.78 
 
 
169 aa  265  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0361  hypothetical protein  54.97 
 
 
171 aa  174  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.782574 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3198  hypothetical protein  50.62 
 
 
171 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0671  hypothetical protein  50.62 
 
 
171 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.286215  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0171  hypothetical protein  55.63 
 
 
158 aa  151  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0455  integral membrane protein-like protein  53.15 
 
 
198 aa  151  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2848  hypothetical protein  55.63 
 
 
158 aa  151  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0506  hypothetical protein  55.63 
 
 
158 aa  151  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.8491  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0488  hypothetical protein  55.63 
 
 
158 aa  151  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1421  hypothetical protein  55.63 
 
 
152 aa  151  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0425  hypothetical protein  50.62 
 
 
171 aa  151  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6177  integral membrane protein-like  51.75 
 
 
174 aa  148  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2848  integral membrane protein-like protein  51.75 
 
 
174 aa  147  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2234  integral membrane protein-like  51.75 
 
 
174 aa  147  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.288425  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0543  hypothetical protein  51.75 
 
 
157 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229816  normal  0.930595 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2859  integral membrane protein-like protein  51.75 
 
 
161 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.804583 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0275  hypothetical protein  55.47 
 
 
164 aa  145  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172549  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2903  integral membrane protein-like protein  51.41 
 
 
174 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2765  integral membrane protein-like protein  51.41 
 
 
161 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4172  hypothetical protein  51.05 
 
 
157 aa  143  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1244  putative transmembrane protein  45.77 
 
 
166 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.82251  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4393  putative transmembrane protein  44.68 
 
 
158 aa  111  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.427837  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3182  putative integral membrane protein  45.21 
 
 
190 aa  110  9e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.521889 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0877  putative transmembrane protein  36.17 
 
 
164 aa  83.6  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1625  hypothetical protein  36.36 
 
 
142 aa  75.5  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0136  hypothetical protein  37.59 
 
 
253 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0111  hypothetical protein  37.59 
 
 
247 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135393  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1592  hypothetical protein  37.12 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.37459  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3596  putative transmembrane protein  31.97 
 
 
185 aa  65.9  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3048  hypothetical protein  33.11 
 
 
158 aa  59.7  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000000244651  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0338  hypothetical protein  33.33 
 
 
166 aa  51.6  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0165  hypothetical protein  31.53 
 
 
165 aa  50.1  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5049  hypothetical protein  32.41 
 
 
158 aa  48.5  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.223835 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0324  transmembrane protein  30.71 
 
 
161 aa  48.5  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0115837 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0158  hypothetical protein  30.63 
 
 
204 aa  47.8  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.570342  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0878  hypothetical protein  30.82 
 
 
159 aa  47  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3569  hypothetical protein  33.94 
 
 
168 aa  46.2  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.971012  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3107  hypothetical protein  32.61 
 
 
182 aa  46.6  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0175  hypothetical protein  30.36 
 
 
165 aa  45.8  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.64159  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3568  hypothetical protein  32.46 
 
 
161 aa  45.8  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1631  hypothetical protein  32.37 
 
 
179 aa  45.4  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.691994  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3290  hypothetical protein  34.82 
 
 
169 aa  45.4  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0117613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0200  hypothetical protein  31.45 
 
 
176 aa  45.1  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0438  hypothetical protein  35.45 
 
 
171 aa  44.7  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0345  putative membrane protein of unknown function  29.75 
 
 
171 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0747418  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0382  hypothetical protein  34.4 
 
 
171 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0236  hypothetical protein  35.94 
 
 
60 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0147111 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0204  hypothetical protein  28.57 
 
 
174 aa  42.4  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.646726  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>