40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0068 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0068  VanZ like protein  100 
 
 		 440 aa  874    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0097  VanZ like protein  83.86 
 
 		 416 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0179  VanZ family protein  58.17 
 
 		 421 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.528546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0172  VanZ family protein  58.65 
 
 		 421 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0317  hypothetical protein  60.98 
 
 		 408 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6239  VanZ like protein  46.74 
 
 		 383 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2906  VanZ family protein  45.7 
 
 		 383 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2897  VanZ like protein  45.7 
 
 		 383 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0823615  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2282  VanZ like protein  45.7 
 
 		 383 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0495  VanZ family protein  43.27 
 
 		 385 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750615  normal  0.0427447 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0454  vanZ family protein  43.43 
 
 		 403 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0435  VanZ like protein  43.69 
 
 		 403 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.407742  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2808  VanZ like protein  43.43 
 
 		 383 aa  232  9e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.529299 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0377  hypothetical protein  44.89 
 
 		 397 aa  227  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0209  VanZ family protein  42.24 
 
 		 386 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0407  VanZ family protein  46.59 
 
 		 383 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0301238 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2946  VanZ like protein  43.7 
 
 		 383 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4221  hypothetical protein  42.09 
 
 		 385 aa  210  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.427809 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0616  hypothetical protein  43.94 
 
 		 397 aa  206  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.787543  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0062  hypothetical protein  42.42 
 
 		 393 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0228  hypothetical protein  42.42 
 
 		 399 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1966  VanZ family protein  35.83 
 
 		 364 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3803  VanZ like protein  32.79 
 
 		 364 aa  159  8e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000277971  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0194  VanZ family protein  36.67 
 
 		 398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0242473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0247  VanZ like protein  36.67 
 
 		 384 aa  133  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0186575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4924  VanZ family protein  36.46 
 
 		 371 aa  132  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000201662  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4156  VanZ like protein  32.15 
 
 		 351 aa  130  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.159968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4234  VanZ family protein  33.16 
 
 		 359 aa  123  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.375159 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0329  VanZ family protein  32.31 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0430449 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0382  VanZ family protein  31.23 
 
 		 377 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.361404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0308  hypothetical protein  32.39 
 
 		 368 aa  96.7  8e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00122162 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1673  VanZ family protein  45.22 
 
 		 142 aa  95.5  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0264  VanZ family protein  32.6 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.017314  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0269  VanZ family protein  32.6 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.659344  hitchhiker  0.00000236322 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2449  VanZ family protein  42.54 
 
 		 403 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3880  VanZ family protein  32.05 
 
 		 375 aa  84.7  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0380  VanZ family protein  36.36 
 
 		 374 aa  83.6  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.414114  normal  0.323719 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1365  hypothetical protein  33.2 
 
 		 248 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1801  VanZ family protein  38.81 
 
 		 404 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1937  VanZ like protein  27.27 
 
 		 429 aa  59.3  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>