More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1946 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1946  ABC transporter related protein  100 
 
 
744 aa  1495    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3762  ABC transporter related  34.78 
 
 
632 aa  113  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.125116  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3361  ABC transporter related  32.2 
 
 
550 aa  87.8  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.397875 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0208  ABC transporter-related protein  33.17 
 
 
245 aa  84  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2106  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  32.34 
 
 
245 aa  83.6  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0417  ABC transporter related  34.57 
 
 
301 aa  83.2  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0015  ABC transporter related  33.33 
 
 
245 aa  82.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.619929  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3252  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  29.71 
 
 
254 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0407967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2002  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  32.51 
 
 
234 aa  83.2  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.286552  normal  0.0212812 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1495  ABC transporter related  32.55 
 
 
249 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6334  ABC transporter related  32.55 
 
 
249 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443551  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0227  ABC transporter related  30.9 
 
 
248 aa  82.4  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0315  sulfate/thiosulfate import ATP-binding protein CysA (Sulfate-transporting ATPase)  33.15 
 
 
284 aa  82.4  0.00000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.599525  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6999  ABC transporter related  32.55 
 
 
249 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0192486 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3973  ABC transporter related protein  35.38 
 
 
275 aa  81.6  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155103  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0403  ABC transporter related  35.5 
 
 
245 aa  81.3  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.3347 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0723  ABC transporter, ATP-binding protein  35.29 
 
 
225 aa  81.3  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000098011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1775  ABC transporter related  34.67 
 
 
278 aa  81.3  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0020  ABC transporter related  32.86 
 
 
245 aa  81.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.983785 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0374  ABC-type polar amino acid transport system, ATPase component  32.09 
 
 
257 aa  81.3  0.00000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.293894  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0625  ABC transporter related protein  28.57 
 
 
325 aa  80.9  0.00000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4203  ABC transporter related  32.18 
 
 
429 aa  80.9  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1180  ABC transporter related  31.82 
 
 
360 aa  80.9  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5544  ABC transporter related  32.58 
 
 
241 aa  80.5  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.635049 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3310  ABC transporter related  31.5 
 
 
247 aa  80.9  0.00000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1514  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  25.58 
 
 
226 aa  80.5  0.0000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0783564  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2009  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  33 
 
 
233 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.56693  normal  0.0495903 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4331  NLPA lipoprotein  36 
 
 
353 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0798419  normal  0.109457 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3214  ABC transporter related  35.53 
 
 
214 aa  80.1  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0176  ABC transporter related  32.16 
 
 
242 aa  80.1  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03510  toxin secretion ABC transporter, ATP-binding subunit/permease protein, putative  28.77 
 
 
724 aa  80.1  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4496  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  27.91 
 
 
618 aa  80.1  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01113  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit  33 
 
 
233 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2530  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  33 
 
 
233 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2484  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  33 
 
 
233 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000399068  normal  0.0488273 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1239  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  33 
 
 
233 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000767258  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2206  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  33 
 
 
233 aa  80.1  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.165489  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3466  ABC transporter related protein  31 
 
 
247 aa  79.7  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01121  hypothetical protein  33 
 
 
233 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1708  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  32.99 
 
 
234 aa  80.1  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000319183  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2429  ABC transporter for histidine/lysine/arginine/ornithine ATP-binding protein  29.75 
 
 
242 aa  80.1  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.037997 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1239  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  33 
 
 
233 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000867827  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2072  ABC transporter related  31.08 
 
 
242 aa  79.7  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1497  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  33 
 
 
233 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000137035  normal  0.884927 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5268  ABC transporter related  34.1 
 
 
241 aa  79.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.369683  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0326  ABC transporter related  30.2 
 
 
430 aa  78.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.702087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3083  glutamine/glutamate ABC transporter, ATP-binding protein  32.24 
 
 
253 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262111  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1391  ABC transporter related protein  35.2 
 
 
272 aa  77.8  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0444923 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6680  ABC transporter related  31.11 
 
 
250 aa  78.2  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0943  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  32.66 
 
 
227 aa  77.8  0.0000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5400  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  35.12 
 
 
238 aa  77.8  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122098  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0579  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  34.86 
 
 
600 aa  77.8  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375029  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1647  ABC transporter related  36.08 
 
 
330 aa  77.8  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480345  normal  0.121683 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1601  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  32.49 
 
 
234 aa  77.8  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000492682  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5273  ABC transporter related  34.72 
 
 
488 aa  77.8  0.0000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2862  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  32.49 
 
 
234 aa  77.8  0.0000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.228509  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0446  ABC transporter related  32.84 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1205  ABC transporter related  29.56 
 
 
240 aa  77.8  0.0000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0586887  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5362  ABC transporter related  34.72 
 
 
488 aa  77.8  0.0000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.529783  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3697  glutamine ABC transporter ATP-binding protein  33.49 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270266  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1748  ABC transporter related  32.29 
 
 
271 aa  77.4  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.259218  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3149  ABC transporter related  35.43 
 
 
563 aa  77.4  0.0000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4597  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter ATP- binding protein  33.16 
 
 
271 aa  77.4  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1030  ABC transporter related  31.94 
 
 
239 aa  77.4  0.0000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000180087  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3531  ABC transporter related protein  25.52 
 
 
341 aa  77.4  0.0000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0235  nickel import ATP-binding protein NikE  32.86 
 
 
268 aa  77.4  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29460  amino acid ABC transporter ATP-binding protein  31.46 
 
 
254 aa  76.6  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1295  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  34 
 
 
233 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0289168  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2457  ABC transporter related  32.02 
 
 
368 aa  77.4  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2942  ABC transporter  31.78 
 
 
253 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.769587  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2484  ABC transporter related  30.92 
 
 
245 aa  77  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000266476 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0129  ABC D-methionine uptake transporter, ATPase subunit  34.54 
 
 
353 aa  77  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539804  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1766  ABC transporter related  34.54 
 
 
353 aa  77  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3139  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  29.58 
 
 
321 aa  77  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241158  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1966  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  34 
 
 
233 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00198197  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1318  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  34 
 
 
233 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.113611  hitchhiker  0.00161216 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1674  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  31.84 
 
 
386 aa  77  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.446059  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3234  ABC transporter related  30.71 
 
 
265 aa  77.4  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0738918  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0360  molybdenum transport ATP-binding protein  32.37 
 
 
283 aa  77  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3016  ABC transporter related  32.84 
 
 
227 aa  77  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1333  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  34 
 
 
233 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00479967 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2150  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  34 
 
 
233 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  hitchhiker  0.000506788 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6499  ABC transporter related protein  37.31 
 
 
230 aa  76.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0028  ABC transporter related  28.63 
 
 
546 aa  76.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0987785  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2890  ABC transporter  32.33 
 
 
261 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00124978  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1473  ABC transporter, ATP-binding protein  31.53 
 
 
228 aa  76.6  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1250  methionine import ATP-binding protein MetN  28.82 
 
 
318 aa  75.9  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1823  ABC transporter related  29.85 
 
 
545 aa  76.3  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0401601  normal  0.812901 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1671  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  31.84 
 
 
386 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0354987  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0191  ABC-type spermidine/putrescine transport systems, ATPase component  31.1 
 
 
368 aa  76.3  0.000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0247  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (peptide)  33.04 
 
 
542 aa  76.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1375  ABC transporter related protein  34.74 
 
 
258 aa  75.9  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.239653  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0785  ABC transporter related  30.35 
 
 
425 aa  75.5  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5462  ABC transporter-like  32.74 
 
 
245 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0220476 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1778  ABC transporter related  31.6 
 
 
271 aa  75.9  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3485  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  35.1 
 
 
335 aa  75.9  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.762526 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3510  ABC transporter related protein  35 
 
 
255 aa  75.5  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.513623  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0295  ABC transporter  33.19 
 
 
244 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3964  nickel transporter ATP-binding protein NikE  31.92 
 
 
268 aa  75.5  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1598  ABC transporter related  32.14 
 
 
228 aa  75.1  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>