More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1863 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1863  TonB-dependent receptor  100 
 
 
818 aa  1652    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38733  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2514  TonB-dependent receptor  30.76 
 
 
821 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5130  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 
810 aa  366  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0221  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 
830 aa  366  1e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.280275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3236  TonB-dependent receptor  30.41 
 
 
808 aa  340  5e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.833355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6217  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 
820 aa  332  2e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09223  TonB-dependent receptor, putative  29.48 
 
 
815 aa  325  2e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4785  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 
822 aa  307  5.0000000000000004e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5882  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 
826 aa  301  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.431765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4069  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 
824 aa  301  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0444701  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0252  TonB-dependent receptor, plug  27.82 
 
 
805 aa  295  3e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6378  TonB-dependent receptor plug  29.95 
 
 
828 aa  286  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00914349  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6739  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
832 aa  275  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.616271  normal  0.465298 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1467  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
802 aa  272  2e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.148814  normal  0.0599921 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3193  TonB-dependent receptor plug  27.33 
 
 
766 aa  269  1e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.646105 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3170  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 
827 aa  269  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.118965  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3424  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 
847 aa  269  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.052799  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3536  TonB-dependent receptor plug  26.98 
 
 
812 aa  264  4e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.839102  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5196  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 
829 aa  263  6.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283017  normal  0.121855 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0823  TonB-dependent receptor  30 
 
 
817 aa  263  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173477  normal  0.677151 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0220  TonB-dependent receptor plug  29.01 
 
 
804 aa  259  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.831409 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2872  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 
934 aa  256  8e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.15635  normal  0.94613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5599  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 
866 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000158529  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3278  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 
973 aa  253  1e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0346  TonB-dependent receptor plug  28.81 
 
 
805 aa  249  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.684844  normal  0.0398868 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5164  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 
813 aa  248  3e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1282  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
852 aa  247  8e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0691192  normal  0.241515 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2699  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
817 aa  246  9e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4493  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 
791 aa  234  4.0000000000000004e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.294289  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4726  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 
803 aa  234  4.0000000000000004e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0256  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
813 aa  233  1e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.655297  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1515  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 
705 aa  232  3e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.98093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1582  TonB-dependent receptor plug  26.46 
 
 
853 aa  230  6e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00843923  normal  0.229135 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0332  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 
869 aa  230  8e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879303  normal  0.710919 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2981  TonB-dependent receptor plug  30.39 
 
 
816 aa  230  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.733063 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5304  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 
812 aa  225  2e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.144104 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3654  TonB-dependent receptor plug  26.48 
 
 
810 aa  218  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4856  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 
819 aa  218  5e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.163752 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5200  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 
818 aa  216  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441429  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1006  hypothetical protein  26.33 
 
 
894 aa  213  1e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1267  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 
805 aa  204  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0311694  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2492  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 
795 aa  197  8.000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0237642  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4086  TonB-dependent receptor plug  25.43 
 
 
820 aa  191  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0127812 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4699  TonB-dependent receptor plug  25.65 
 
 
799 aa  190  8e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0116  TonB-dependent receptor plug  24.36 
 
 
823 aa  186  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.797457  normal  0.0887465 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0895  TonB-dependent receptor plug  25.15 
 
 
806 aa  185  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1455  TonB-dependent receptor plug  25.82 
 
 
814 aa  182  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.749595 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2740  TonB-dependent receptor plug  25.18 
 
 
725 aa  181  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.1298  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2626  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.37 
 
 
715 aa  180  9e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.33425 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3970  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 
793 aa  179  3e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2698  TonB-dependent receptor plug  24.79 
 
 
814 aa  172  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3391  outer membrane receptor protein mostly Fe transport  25.79 
 
 
709 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.146239  normal  0.880132 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5407  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 
611 aa  167  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000690953  normal  0.146113 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3096  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 
883 aa  162  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.10953 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3169  TonB-dependent receptor  35.95 
 
 
813 aa  146  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4884  TonB-dependent receptor plug  30.98 
 
 
800 aa  146  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.954855 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2098  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 
794 aa  137  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.761399  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0536  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 
748 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1136  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 
998 aa  109  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.028233  normal  0.759049 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0696  hypothetical protein  26.3 
 
 
961 aa  107  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03085  hypothetical protein  27.8 
 
 
924 aa  105  4e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.882894  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3443  hypothetical protein  27.54 
 
 
952 aa  103  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2963  TonB-dependent receptor plug  27.76 
 
 
897 aa  99  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.300449  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0205  hypothetical protein  26.04 
 
 
930 aa  94.7  6e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5348  hypothetical protein  26.44 
 
 
946 aa  93.6  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0796  hypothetical protein  21.72 
 
 
772 aa  91.3  7e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5762  hypothetical protein  26.77 
 
 
965 aa  88.6  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0733  hypothetical protein  28.1 
 
 
904 aa  88.6  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0095  hypothetical protein  27.11 
 
 
944 aa  84.3  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0167814  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2379  hypothetical protein  26.64 
 
 
921 aa  83.2  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2584  hypothetical protein  25.65 
 
 
926 aa  79.3  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323052  normal  0.265899 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1880  hypothetical protein  23.75 
 
 
920 aa  79  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1493  hypothetical protein  27.71 
 
 
891 aa  78.6  0.0000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.208362 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2458  hypothetical protein  23.99 
 
 
908 aa  78.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1758  TonB-dependent receptor  30.09 
 
 
1089 aa  78.6  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1715  hypothetical protein  24.78 
 
 
887 aa  77.4  0.0000000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4518  TonB-dependent receptor  21.74 
 
 
705 aa  75.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10578  hypothetical protein  27.2 
 
 
915 aa  75.1  0.000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392635  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0241  hypothetical protein  26.12 
 
 
929 aa  72.4  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0416678  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0687  TonB-dependent receptor plug  27.91 
 
 
1066 aa  72.4  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000368549  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  29.8 
 
 
848 aa  72  0.00000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 
897 aa  71.2  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 
893 aa  69.3  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2202  hypothetical protein  27.06 
 
 
872 aa  70.1  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.898839  hitchhiker  0.0000000204657 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  26 
 
 
957 aa  69.3  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 
759 aa  68.6  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1485  hypothetical protein  24.46 
 
 
895 aa  68.9  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  27.56 
 
 
931 aa  68.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  27.9 
 
 
769 aa  68.2  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 
957 aa  67.8  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  28.57 
 
 
861 aa  67.8  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2270  hypothetical protein  22.83 
 
 
929 aa  67  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1397  hypothetical protein  22.3 
 
 
995 aa  67.4  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0243953 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06835  putative TonB-dependent outer membrane receptor protein  26.56 
 
 
914 aa  67  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954861  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0978  TonB-dependent receptor plug  29.06 
 
 
753 aa  66.6  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.103139  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07040  ferrichrome-iron receptor  27.56 
 
 
808 aa  65.9  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  27.31 
 
 
760 aa  65.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  33.86 
 
 
747 aa  65.5  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  26.32 
 
 
782 aa  65.5  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 
972 aa  65.5  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>