More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1527 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
277 aa  548  1e-155  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.234758  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3723  D-mannonate oxidoreductase  63.43 
 
 
277 aa  338  4e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0102541 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3914  D-mannonate oxidoreductase  63.43 
 
 
277 aa  332  5e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.374414  normal  0.041983 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
284 aa  323  2e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4190  D-mannonate oxidoreductase  51.91 
 
 
270 aa  303  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.203322  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0080  D-mannonate oxidoreductase  63.5 
 
 
281 aa  290  1e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.589617  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
274 aa  280  2e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.768044  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
274 aa  275  6e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.26 
 
 
270 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
273 aa  258  7e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.34118  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.1 
 
 
276 aa  256  2e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.57 
 
 
273 aa  251  7e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.172712 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.48 
 
 
283 aa  238  8e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.31 
 
 
270 aa  235  7e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2698  D-mannonate oxidoreductase  48.11 
 
 
281 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.52 
 
 
283 aa  232  5e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0703  D-mannonate oxidoreductase  44.93 
 
 
279 aa  225  5.0000000000000005e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1598  D-mannonate oxidoreductase  39.93 
 
 
281 aa  217  1e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00242359  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.03 
 
 
274 aa  215  8e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
257 aa  186  3e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 
259 aa  175  8e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
254 aa  169  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.05 
 
 
262 aa  166  5e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0896711  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
257 aa  163  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  39.5 
 
 
260 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
260 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
258 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
270 aa  160  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
256 aa  159  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.35 
 
 
251 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
260 aa  156  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
257 aa  150  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.211006  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  35.87 
 
 
260 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
253 aa  148  8e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  34.34 
 
 
256 aa  148  9e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  36.26 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.43 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
255 aa  145  5e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.88 
 
 
246 aa  145  6e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.78 
 
 
244 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
257 aa  145  8.000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
263 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  37.23 
 
 
260 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
258 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.3 
 
 
254 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.4 
 
 
252 aa  144  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 
259 aa  143  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
249 aa  142  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.26 
 
 
248 aa  142  5e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
254 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
263 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
257 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.605713  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  142  8e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.94 
 
 
256 aa  142  8e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
255 aa  141  9e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  35.51 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.67 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.246968  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  38.2 
 
 
258 aa  141  1.9999999999999998e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.42 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.42 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  37.88 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  34.18 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 
260 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
261 aa  139  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 
262 aa  139  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
255 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.02 
 
 
251 aa  138  8.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
245 aa  138  8.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.61 
 
 
251 aa  138  1e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
253 aa  137  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00235361 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.22 
 
 
258 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
253 aa  137  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
257 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
253 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
253 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
264 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 
260 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
248 aa  137  2e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
253 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
252 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  34.66 
 
 
265 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.17 
 
 
250 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.93 
 
 
255 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  34.23 
 
 
255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 
262 aa  136  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  34.42 
 
 
260 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
252 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
270 aa  136  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
265 aa  135  5e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.38 
 
 
246 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 
263 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 
274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
257 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3977  putative 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.7 
 
 
255 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686311  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>