169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1171 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1171  WD40 domain protein beta Propeller  100 
 
 
947 aa  1886    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2102  WD40 domain protein beta Propeller  27.58 
 
 
1078 aa  132  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2193  WD40 domain protein beta Propeller  26.96 
 
 
1077 aa  127  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1737  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  26.48 
 
 
1021 aa  121  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.349792  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5623  WD40 domain protein beta Propeller  24.49 
 
 
956 aa  106  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.101899 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2060  WD40 domain-containing protein  28.84 
 
 
1206 aa  101  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.456517  normal  0.995925 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0325  WD40 domain-containing protein beta Propeller  25.83 
 
 
901 aa  98.2  6e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2423  WD40 domain protein beta Propeller  26.19 
 
 
881 aa  97.1  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08230  WD40 domain protein beta Propeller  20.63 
 
 
918 aa  91.7  6e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0966  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  23.22 
 
 
976 aa  88.2  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000198927  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1741  hypothetical protein  23.96 
 
 
977 aa  87  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0140  WD40 domain protein beta Propeller  26.93 
 
 
970 aa  77  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2492  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  22.08 
 
 
970 aa  67.4  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  29.82 
 
 
441 aa  61.2  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  26.82 
 
 
442 aa  60.5  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.18 
 
 
444 aa  59.3  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  30.7 
 
 
1028 aa  58.5  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1427  hypothetical protein  21.69 
 
 
936 aa  58.2  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  30.48 
 
 
642 aa  57.8  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1253  TolB periplasmic receptor  26.77 
 
 
430 aa  57.4  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0142198  normal  0.831456 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  24.7 
 
 
437 aa  57.4  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  34.26 
 
 
427 aa  57.4  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  27.13 
 
 
442 aa  57.4  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  27.41 
 
 
1081 aa  56.6  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  30.72 
 
 
427 aa  57  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  28.64 
 
 
1065 aa  57  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  29.15 
 
 
1062 aa  57  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  31.33 
 
 
435 aa  56.2  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  33.9 
 
 
432 aa  56.2  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  26.7 
 
 
415 aa  55.8  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  28.29 
 
 
436 aa  55.1  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  27.41 
 
 
1069 aa  55.1  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  28.45 
 
 
451 aa  55.1  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  27.89 
 
 
449 aa  54.7  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  24.81 
 
 
442 aa  54.7  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  26.52 
 
 
442 aa  54.3  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  26.83 
 
 
442 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1133  TolB-like  25.98 
 
 
430 aa  54.3  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166843  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0009  amidohydrolase  29.07 
 
 
1060 aa  53.9  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  33.05 
 
 
432 aa  53.9  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  28.07 
 
 
441 aa  53.9  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  26.26 
 
 
442 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  28.64 
 
 
1066 aa  53.9  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  28.14 
 
 
1067 aa  53.9  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1792  hypothetical protein  25.82 
 
 
836 aa  54.3  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.201909  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  26.83 
 
 
442 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.31 
 
 
428 aa  53.5  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  31.19 
 
 
445 aa  53.5  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000320948  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  31.36 
 
 
428 aa  53.5  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  27.4 
 
 
421 aa  53.5  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  26.83 
 
 
442 aa  53.9  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  33.91 
 
 
567 aa  53.5  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  38.89 
 
 
445 aa  52.8  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  33.05 
 
 
432 aa  52.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  40 
 
 
572 aa  52.8  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  25.56 
 
 
442 aa  52.4  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  27.97 
 
 
424 aa  52  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  30.18 
 
 
441 aa  52  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.15 
 
 
430 aa  52  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  33.04 
 
 
423 aa  52  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  30.34 
 
 
428 aa  51.2  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1730  WD40 domain protein beta Propeller  45.9 
 
 
982 aa  51.6  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.16258  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  33.04 
 
 
433 aa  51.2  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  29.59 
 
 
1071 aa  51.2  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  30.58 
 
 
432 aa  51.2  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  26.77 
 
 
437 aa  50.4  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  33.04 
 
 
423 aa  51.2  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  29.07 
 
 
1062 aa  51.2  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  24.81 
 
 
442 aa  50.8  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  24.81 
 
 
442 aa  50.8  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  24.81 
 
 
442 aa  50.8  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  27.59 
 
 
442 aa  50.8  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  44.07 
 
 
437 aa  50.8  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  27 
 
 
445 aa  50.8  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  34.17 
 
 
430 aa  50.8  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  29.07 
 
 
1062 aa  50.4  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  33.04 
 
 
423 aa  51.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  29.07 
 
 
1062 aa  50.4  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  26.77 
 
 
440 aa  50.4  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1375  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  46.43 
 
 
708 aa  50.8  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.635972  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  26.11 
 
 
432 aa  50.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.19 
 
 
407 aa  50.1  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  24.81 
 
 
442 aa  50.1  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  32.11 
 
 
414 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  33.33 
 
 
1059 aa  49.7  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  29.93 
 
 
425 aa  50.1  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  36.59 
 
 
426 aa  50.1  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  31.3 
 
 
717 aa  50.4  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  28.43 
 
 
450 aa  50.1  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  25.58 
 
 
440 aa  50.1  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  28.49 
 
 
1062 aa  49.7  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  27.67 
 
 
434 aa  49.7  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  34.55 
 
 
457 aa  49.7  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  31.86 
 
 
421 aa  49.7  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2952  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  40 
 
 
695 aa  49.7  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  26.09 
 
 
419 aa  48.9  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  26.46 
 
 
443 aa  48.9  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  25.22 
 
 
442 aa  48.9  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  27.83 
 
 
432 aa  49.3  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  33.33 
 
 
1005 aa  49.3  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>