43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0935 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0935  hypothetical protein  100 
 
 
498 aa  1002    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.421015  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4101  Ig domain-containing protein  34.87 
 
 
676 aa  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1320  Ig-like, group 1  34.82 
 
 
821 aa  98.6  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00729266  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2252  Ig domain-containing protein  32.47 
 
 
851 aa  97.1  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124017  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2226  Ig domain-containing protein  36.27 
 
 
819 aa  92.8  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1853  Ig domain protein group 1 domain protein  34.55 
 
 
817 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.498276  hitchhiker  0.000000271075 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1195  intimin/invasin family protein  33.81 
 
 
878 aa  88.2  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.634  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1533  Ig domain-containing protein  37.43 
 
 
807 aa  86.7  8e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000967383  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2663  Ig-like, group 1  35.05 
 
 
638 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000158035 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0191  Ig-like, group 1  36.46 
 
 
811 aa  82  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000536098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1801  Ig domain-containing protein  33.66 
 
 
837 aa  80.1  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0716764  hitchhiker  0.0000241302 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2480  Ig domain-containing protein  34.23 
 
 
820 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.311981  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3742  Ig domain-containing protein  31.98 
 
 
851 aa  77  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0783  hypothetical protein  35.87 
 
 
476 aa  74.7  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.628796  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2843  Ig domain-containing protein  34.76 
 
 
838 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000356214  decreased coverage  0.00000000529133 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0570  Ig domain-containing protein  30.43 
 
 
851 aa  72  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.131384 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0314  hypothetical protein  32.97 
 
 
651 aa  70.9  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.358502  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4390  Ig domain-containing protein  32.67 
 
 
843 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2330  Ig-like, group 1  30.88 
 
 
818 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3807  Ig domain-containing protein  33.15 
 
 
837 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3633  Ig domain-containing protein  33.88 
 
 
829 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3723  Ig domain-containing protein  33.01 
 
 
826 aa  65.5  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00549605  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0592  Ig domain-containing protein  32.79 
 
 
840 aa  64.3  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0536  Ig domain protein group 1 domain protein  33.33 
 
 
836 aa  64.3  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0493  Ig domain-containing protein  33.33 
 
 
829 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2695  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit, glutamine-dependent  30.39 
 
 
366 aa  62.4  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000319474  decreased coverage  0.000345849 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0510  Ig domain-containing protein  32.79 
 
 
836 aa  62.4  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0531  Ig domain-containing protein  32.79 
 
 
834 aa  62.4  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.33736  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3457  Ig domain-containing protein  33.88 
 
 
829 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4080  hypothetical protein  32.79 
 
 
826 aa  60.8  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1949  invasin domain-containing protein  30.59 
 
 
1237 aa  59.3  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2498  Ig domain-containing protein  33.33 
 
 
835 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.284109  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3069  hypothetical protein  31.71 
 
 
830 aa  58.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1658  Ig domain-containing protein  32.16 
 
 
1224 aa  57  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.377498  hitchhiker  0.000563606 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1583  Ig domain-containing protein  33.58 
 
 
1224 aa  56.6  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.61768  normal  0.0651551 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1727  Ig domain-containing protein  32.84 
 
 
1224 aa  54.7  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.252949  normal  0.106608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2491  Ig domain-containing protein  31.93 
 
 
1209 aa  54.3  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2611  Ig domain-containing protein  31.33 
 
 
1209 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0062709 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0677  hypothetical protein  30.63 
 
 
638 aa  51.2  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.123416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1720  TonB-dependent receptor plug  27.08 
 
 
760 aa  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.864818  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4731  WD40 domain protein beta Propeller  35.63 
 
 
509 aa  46.2  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6060  WD40 domain protein beta Propeller  29.46 
 
 
510 aa  44.3  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  32.28 
 
 
760 aa  43.5  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>