More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0305 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0305  PKD domain containing protein  100 
 
 		 317 aa  648    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000757155  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0877  OmpA/MotB domain protein  33.03 
 
 		 496 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2692  hypothetical protein  40.4 
 
 		 859 aa  107  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71129  normal  0.0975365 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  33.69 
 
 		 735 aa  100  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1478  cell surface protein  40.82 
 
 		 675 aa  100  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0753  PKD domain-containing protein  39.26 
 
 		 528 aa  99.8  5e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.095216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  39.55 
 
 		 1094 aa  98.6  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1479  cell surface protein  40.52 
 
 		 669 aa  99  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0724  cell surface protein  40.29 
 
 		 713 aa  97.4  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0945  PKD  38.67 
 
 		 400 aa  97.4  3e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0321652  normal  0.217616 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0100  PKD domain containing protein  34.3 
 
 		 1667 aa  96.7  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.107112 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1474  cell surface protein  40.14 
 
 		 581 aa  96.3  6e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.12576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  40.6 
 
 		 3295 aa  95.1  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1955  hypothetical protein  32.43 
 
 		 1282 aa  95.1  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1472  cell surface protein  39.57 
 
 		 658 aa  94  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.055223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3620  putative surface layer protein  39.86 
 
 		 752 aa  94  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3026  PKD domain-containing protein  37.66 
 
 		 552 aa  93.6  4e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0597  PKD  42.76 
 
 		 1862 aa  93.6  4e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.579359  normal  0.139276 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1473  cell surface protein  41.43 
 
 		 679 aa  92.8  6e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00112835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3575  putative surface layer protein  37.74 
 
 		 561 aa  92.8  6e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.840675  normal  0.236267 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2794  hypothetical protein  39.26 
 
 		 551 aa  92.4  8e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000111545 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1783  Carbohydrate binding family 6  39.72 
 
 		 2554 aa  92.4  9e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2853  surface layer protein B  39.61 
 
 		 547 aa  92.4  9e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0013219  hitchhiker  0.00194524 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1907  PKD domain-containing protein  38.64 
 
 		 910 aa  92  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1485  putative surface layer protein  38.24 
 
 		 184 aa  90.9  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.461481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1505  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  36.63 
 
 		 816 aa  90.9  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.869244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1423  PKD domain-containing protein  40.91 
 
 		 1361 aa  90.9  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.446395  hitchhiker  0.00318568 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2918  hypothetical protein  36.23 
 
 		 791 aa  90.5  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000682782 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3494  hypothetical protein  39.72 
 
 		 861 aa  90.5  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00785016  normal  0.357624 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2068  Carbohydrate binding family 6  37.18 
 
 		 1356 aa  90.9  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.684202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2442  PKD  39.49 
 
 		 941 aa  90.9  3e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000335997  normal  0.167692 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0420  PKD  43.51 
 
 		 1236 aa  90.1  4e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0326903  normal  0.301523 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1802  hypothetical protein  40.29 
 
 		 2036 aa  89.7  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.993129 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2136  cell surface protein  39.01 
 
 		 1120 aa  89.7  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.641314  normal  0.113779 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0622  PKD domain containing protein  36.36 
 
 		 1057 aa  90.1  5e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.40107 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3737  hypothetical protein  38.31 
 
 		 1682 aa  89.7  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0424  PKD  29.67 
 
 		 1292 aa  89.7  6e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.854916 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1995  cell surface protein  42.11 
 
 		 1882 aa  89.4  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  unclonable  0.00993075  normal  0.508368 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1626  hypothetical protein  38.58 
 
 		 644 aa  88.6  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  37.75 
 
 		 615 aa  88.6  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1800  hypothetical protein  40.29 
 
 		 2272 aa  88.6  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.999068 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1989  cell surface protein  39.72 
 
 		 1241 aa  88.2  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.565549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2783  cell surface protein  39.73 
 
 		 2000 aa  88.6  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.992151  normal  0.0101574 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  42.86 
 
 		 1667 aa  88.6  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2670  PKD domain containing protein  32.52 
 
 		 1387 aa  89  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.195027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  36.69 
 
 		 1732 aa  88.6  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2840  PKD  38.64 
 
 		 963 aa  89  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0720897 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1471  cell surface protein  41.43 
 
 		 685 aa  88.2  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.133477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1798  cell surface protein  38.85 
 
 		 1300 aa  87.4  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1990  cell surface protein  40.6 
 
 		 1842 aa  87.4  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0402817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2782  cell surface protein  39.57 
 
 		 2122 aa  87.4  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.759691  hitchhiker  0.00484383 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  37.29 
 
 		 719 aa  87  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1993  cell surface protein  39.72 
 
 		 1969 aa  87  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.147717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0909  PKD domain-containing protein  37.29 
 
 		 517 aa  86.7  5e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0741281  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0638  PKD domain-containing protein  36.91 
 
 		 519 aa  85.9  7e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0422  PKD  39.13 
 
 		 929 aa  86.3  7e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0818  PKD domain-containing protein  37.06 
 
 		 530 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2431  FG-GAP repeat protein  40.43 
 
 		 3197 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2204  periplasmic copper-binding  41.41 
 
 		 838 aa  84  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.434712 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3736  hypothetical protein  38.41 
 
 		 978 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3738  putative surface layer protein  39.1 
 
 		 575 aa  84  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  37.59 
 
 		 786 aa  83.6  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1819  PKD domain containing protein  42.54 
 
 		 3197 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1978  Carbohydrate binding family 6  35.63 
 
 		 823 aa  83.6  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.410685 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0726  hypothetical protein  38.35 
 
 		 560 aa  83.6  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0890  PKD domain containing protein  38.97 
 
 		 2066 aa  83.6  0.000000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0241772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2441  PKD  40.43 
 
 		 996 aa  82.8  0.000000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000010419  normal  0.547756 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0997  PKD domain containing protein  39.26 
 
 		 1150 aa  82.8  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.014339 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2824  PKD domain containing protein  38.17 
 
 		 734 aa  82.4  0.000000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1961  Carbohydrate binding family 6  37.69 
 
 		 840 aa  82  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.00050409  normal  0.0219561 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2921  PKD domain containing protein  32.56 
 
 		 623 aa  82  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1440  PKD domain-containing protein  38.76 
 
 		 460 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.094364  hitchhiker  0.00229761 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0970  PKD  35.1 
 
 		 1528 aa  81.3  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.290385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2931  cell surface protein  37.25 
 
 		 940 aa  80.5  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0750354  hitchhiker  0.00446431 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  36.57 
 
 		 845 aa  80.1  0.00000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0426  PKD  38.17 
 
 		 816 aa  80.5  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2762  PKD  37.5 
 
 		 500 aa  80.5  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0639  PKD domain-containing protein  34.81 
 
 		 769 aa  79.7  0.00000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.292646  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2427  PKD  30.7 
 
 		 2176 aa  79.7  0.00000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3325  cell surface protein  35.14 
 
 		 938 aa  79.3  0.00000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00941994 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2421  PKD domain-containing protein  36.81 
 
 		 443 aa  79  0.00000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1421  NHL repeat containing protein  38.52 
 
 		 930 aa  79  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.368909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2950  PKD  32.75 
 
 		 439 aa  78.6  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.735619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  36.36 
 
 		 971 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0884  KP-43 peptidase  39.67 
 
 		 2552 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.92948  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0425  PKD  36.59 
 
 		 1231 aa  77.8  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  38.06 
 
 		 870 aa  77  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0423  PKD  35 
 
 		 1095 aa  77.4  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.48667 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1164  PKD  35.97 
 
 		 1011 aa  77.4  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2070  Carbohydrate binding family 6  37.14 
 
 		 802 aa  77  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.002169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1920  Carbohydrate binding family 6  37.21 
 
 		 777 aa  76.6  0.0000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2497  PKD  39.39 
 
 		 1531 aa  76.6  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3605  glycosyl hydrolase family chitinase  32.93 
 
 		 792 aa  76.3  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000852085  hitchhiker  0.0070526 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2845  cell surface protein  35.62 
 
 		 960 aa  75.9  0.0000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.726454  normal  0.0327621 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6157  Fibronectin type III domain protein  32.42 
 
 		 918 aa  75.9  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622603  normal  0.669224 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1764  PKD domain containing protein  38.58 
 
 		 958 aa  75.1  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4394  PKD domain containing protein  36.15 
 
 		 1620 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.133188  normal  0.147462 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3042  PKD  33.93 
 
 		 428 aa  74.3  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.971034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2630  PKD domain containing protein  35.37 
 
 		 930 aa  74.3  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.668358  decreased coverage  0.0001414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3744  peptidase M6, immune inhibitor A  34.64 
 
 		 951 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000497616  decreased coverage  0.0000986058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>