More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1400 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_1400  short chain dehydrogenase  100 
 
 
256 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0683679  normal  0.781218 
 
 
-
 
NC_004310  BR1629  short chain dehydrogenase  71.6 
 
 
257 aa  349  2e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.974158  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1573  short chain dehydrogenase  71.21 
 
 
257 aa  348  4e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4068  short chain dehydrogenase  71.21 
 
 
257 aa  345  5e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.625011  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2791  short chain dehydrogenase  70.31 
 
 
256 aa  325  3e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298424  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2835  short chain dehydrogenase  70.31 
 
 
256 aa  325  3e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2818  short chain dehydrogenase  70.31 
 
 
256 aa  325  3e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.101264  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  56.3 
 
 
256 aa  277  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  56.3 
 
 
256 aa  277  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  56.3 
 
 
256 aa  277  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
255 aa  252  4.0000000000000004e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000170009  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  51.82 
 
 
249 aa  248  5e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
255 aa  246  3e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.261977 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  49.6 
 
 
252 aa  239  4e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  49.02 
 
 
254 aa  237  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2043  short chain dehydrogenase  50.4 
 
 
254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.681724 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
267 aa  233  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2568  short chain dehydrogenase  51.43 
 
 
251 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459864  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.91 
 
 
267 aa  221  8e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1811  short chain dehydrogenase  46.8 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.780661  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1794  short chain dehydrogenase  46.8 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0809  short chain dehydrogenase  46.8 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1100  short chain dehydrogenase  46.8 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0458  short chain dehydrogenase  46.8 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0363  short chain dehydrogenase  46.8 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2073  short chain dehydrogenase  46.8 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.844507  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.67 
 
 
235 aa  216  4e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0594638 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
254 aa  208  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0339  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
265 aa  179  4e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  40.16 
 
 
259 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
262 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
257 aa  171  7.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
253 aa  171  7.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  40.16 
 
 
260 aa  171  9e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
256 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
251 aa  171  9e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
256 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
257 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.87 
 
 
247 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  167  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.53 
 
 
249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3850  sorbitol dehydrogenase  40.08 
 
 
256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
275 aa  166  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3231  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 
245 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304941  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
267 aa  166  5e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.08 
 
 
255 aa  165  8e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.8 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
274 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.8 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
276 aa  162  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.57 
 
 
249 aa  162  6e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.69 
 
 
253 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.69 
 
 
253 aa  162  7e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.69 
 
 
253 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.63 
 
 
241 aa  161  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
255 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
258 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1926  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
248 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00605891  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
255 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
263 aa  160  2e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
241 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
268 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
247 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.04 
 
 
251 aa  160  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1913  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
248 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.874214  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1193  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2074  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.16 
 
 
254 aa  159  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3185  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.55 
 
 
253 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358502  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0117  acetoin reductase  39.06 
 
 
258 aa  159  3e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.713741  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1636  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.140639  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0299  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.71932  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0862  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140204  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.02 
 
 
248 aa  159  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
248 aa  159  4e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
258 aa  159  4e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
260 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
254 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  36.8 
 
 
255 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3233  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.14 
 
 
253 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000782926 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3349  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.55 
 
 
253 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143786 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
255 aa  158  7e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0755029  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
259 aa  158  7e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0481  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.83 
 
 
241 aa  158  8e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.59 
 
 
253 aa  158  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  39.92 
 
 
247 aa  157  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
258 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
255 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1819  glucose 1-dehydrogenase  38.52 
 
 
261 aa  157  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00010189  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
241 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1608  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
244 aa  157  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000263068  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
260 aa  157  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>