More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0030 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0021  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0325051  normal  0.108203 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0571821  normal  0.107747 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0030  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0078  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0027  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000271545  normal  0.890927 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0129  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0108  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00436109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0018  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00473987  normal  0.433792 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0177  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0094  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0046  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000017154  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0026  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.472437 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2258  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.0012215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2259  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00453346  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2260  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00104987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2261  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000972867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2262  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0143888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t001  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t053  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t054  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t102  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0028  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000281515  normal  0.867908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0024  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0281562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0027  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0290112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0125  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000018032  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0159  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00117614  hitchhiker  0.0000000316845 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0005  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.128453  unclonable  0.0000112956 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0026  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326612  hitchhiker  0.00778031 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0021  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.76663 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0004  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.132491 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0012  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.556518  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0128  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000146033  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0012  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0364761 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0045  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115238  normal  0.0333455 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0048  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000361323  normal  0.0154574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0063  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748951  normal  0.206184 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0004  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.660889  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0119  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531426 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0050  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000259699  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0032  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.167731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0016  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0392662 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0024  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.603118 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0066  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000109987  hitchhiker  0.00000103719 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0067  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000256523  hitchhiker  0.000000993702 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0041  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101983  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0007  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0139  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.595909  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0114  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0042  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000507757  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0061  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0067  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198137 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0064  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360128 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0069  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0082  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000108643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0018  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.130391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0083  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000419566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0041  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109501  normal  0.0527209 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0162  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0018  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0114  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0124  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0004  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.712007  hitchhiker  0.000000679169 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0052  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000027017  normal  0.232188 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1638  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.27117e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0079  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000855359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0047  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000477067  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0008  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0024  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000026907  hitchhiker  0.00767496 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0018  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0505  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00547208  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0126  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0004  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0101  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000609189  hitchhiker  0.00329166 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0100  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000567752  hitchhiker  0.00319693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0019  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000111576 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0004  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.372238  hitchhiker  0.00144913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0019  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000445716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0103  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118993  normal  0.0723976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0104  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103964  normal  0.0748014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0004  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253522  hitchhiker  0.00233636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0103  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000505774  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0104  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000485826  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0138  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0044  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0294288  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0153  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000144373 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0082  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000638289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0083  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0130  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.511088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0049  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.256681  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0052  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000247942  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0126  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000166381  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0127  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000164688  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0026  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000028925  normal  0.89976 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0025  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000839406  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0024  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000320512  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0080  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000081344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0137  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.56493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>