More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4275 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4275  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  100 
 
 		 124 aa  259  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5326  single-stranded DNA-binding protein  33.02 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0105946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5154  single-stranded DNA-binding protein  33.02 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000326746  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5661  single-stranded DNA-binding protein  33.02 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522021  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5600  single-stranded DNA-binding protein  33.02 
 
 		 170 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0046868  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5583  single-stranded DNA-binding protein  33.02 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12199e-16 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5266  single-stranded DNA-binding protein  33.02 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000287682  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4013  single-stranded DNA-binding protein  31.2 
 
 		 164 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5624  single-stranded DNA-binding protein  32.38 
 
 		 169 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000012759  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5170  single-stranded DNA-binding protein  32.38 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00247541  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5722  single-stranded DNA-binding protein  32.38 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000060973  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1595  single-strand DNA-binding protein  33.96 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000620191  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  33.66 
 
 		 180 aa  57  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  33.66 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5335  single-stranded DNA-binding protein  32.38 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000380691  hitchhiker  0.000000431686 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1019  single-strand binding protein  31.67 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0415033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5071  single-strand binding protein  30.48 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.836187 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0020  single-strand binding protein  32.38 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2128  single-stranded DNA-binding protein  25.66 
 
 		 141 aa  55.1  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  33 
 
 		 161 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  32.67 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  32.67 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  36 
 
 		 150 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  32.67 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  33 
 
 		 161 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  36 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  32.67 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  32.67 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  32.67 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  31.09 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  32.67 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  32.67 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0044  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.139232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  32.67 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1969  single-stranded DNA-binding protein  31.73 
 
 		 188 aa  53.9  0.0000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.198905  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  30.48 
 
 		 156 aa  53.9  0.0000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  29.57 
 
 		 222 aa  53.9  0.0000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  32.04 
 
 		 176 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  32.04 
 
 		 176 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  34 
 
 		 233 aa  52.8  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  32.04 
 
 		 176 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  32.04 
 
 		 176 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  32.04 
 
 		 176 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  35 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2873  single-strand binding protein  28.57 
 
 		 125 aa  52  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0872221  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0813  single-strand binding protein  31.71 
 
 		 180 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.307719 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0813  single-strand binding protein  28.57 
 
 		 125 aa  52  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  35 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  32.35 
 
 		 234 aa  52.4  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  31.68 
 
 		 176 aa  52  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0566  prophage LambdaSa1, single-strand binding protein  25 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0341  single-stranded DNA-binding protein  29.52 
 
 		 172 aa  51.6  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  32 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  29.52 
 
 		 167 aa  51.6  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  32 
 
 		 178 aa  51.6  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6107  single-stranded DNA-binding protein  29.52 
 
 		 184 aa  51.2  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2695  single-stranded DNA-binding protein  29.52 
 
 		 186 aa  51.2  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.284268 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  29.52 
 
 		 188 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2837  single-stranded DNA-binding protein  29.52 
 
 		 187 aa  51.2  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1727  single-stranded DNA-binding protein  27.62 
 
 		 172 aa  51.2  0.000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00349794  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27910  single stranded DNA-binding protein  30.48 
 
 		 150 aa  51.2  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000548397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11550  single stranded DNA-binding protein  30.48 
 
 		 147 aa  51.2  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0161241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  32.35 
 
 		 231 aa  51.2  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  31.2 
 
 		 181 aa  51.2  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  30.69 
 
 		 182 aa  50.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  30.69 
 
 		 182 aa  50.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  30.69 
 
 		 182 aa  50.8  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0864  single-strand binding protein  27.36 
 
 		 142 aa  50.4  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0880  single-strand binding protein  27.36 
 
 		 142 aa  50.4  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.717763  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  32.38 
 
 		 151 aa  50.4  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  30.69 
 
 		 177 aa  50.4  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  33.33 
 
 		 182 aa  50.4  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  30.48 
 
 		 184 aa  50.4  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  27.62 
 
 		 156 aa  50.4  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  32.38 
 
 		 151 aa  50.4  0.000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  27.62 
 
 		 156 aa  50.4  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2502  single-stranded DNA-binding protein  26.42 
 
 		 166 aa  50.4  0.000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2987  single-strand binding protein  31.71 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00344434  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2788  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 183 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.481192 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1713  single-stranded DNA-binding protein  25.47 
 
 		 163 aa  49.7  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000713514  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0596  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 179 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3093  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 199 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4066  single-strand binding protein  32.38 
 
 		 181 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0781  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 185 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.391635  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  31.13 
 
 		 157 aa  50.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0061  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 196 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0500  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 186 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0570  single-strand binding protein  30.56 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.802144  hitchhiker  0.00395946 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1529  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 192 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2957  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 192 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.602343  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0611  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 184 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3622  single-strand binding protein  32.67 
 
 		 158 aa  49.7  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0622849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2163  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 184 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0538  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  32.38 
 
 		 149 aa  49.7  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  30.69 
 
 		 176 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2777  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 184 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450674  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0455  single-strand binding protein  30.09 
 
 		 174 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00934995  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4713  single-strand binding protein  32.38 
 
 		 187 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0156  single-strand binding protein  29.29 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>