More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4263 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007901  Rfer_4263  type II secretion system protein E  100 
 
 
331 aa  681    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1525  type II secretion system protein E  36.61 
 
 
349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5190  type II secretion system protein E  36.61 
 
 
349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2817  type II secretion system protein E  35.31 
 
 
349 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.501575 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6302  type II secretion system protein E  36.01 
 
 
349 aa  194  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  36.39 
 
 
472 aa  187  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5468  type II secretion system protein E  36.54 
 
 
324 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0233856 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6509  type II secretion system protein E  36.56 
 
 
376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4744  type II secretion system protein E  34.05 
 
 
349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.332576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2054  type II secretion system protein E  36.24 
 
 
474 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00068555  normal  0.102531 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0795  type II secretion system protein  35.17 
 
 
472 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3424  type II secretion system protein E  34.46 
 
 
472 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  normal  0.677685 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3931  type II secretion system protein E  35.91 
 
 
472 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0856952  normal  0.304546 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5226  type II secretion system protein E  33.33 
 
 
332 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.445343  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2045  type II secretion system protein E  34.5 
 
 
458 aa  176  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0948744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0898  type II secretion system protein E  34.45 
 
 
467 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0670  type II secretion system protein E  34.45 
 
 
466 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.811515  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0247  type II secretion system protein E  36.58 
 
 
639 aa  173  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.68853  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  34.54 
 
 
444 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7220  type II secretion system protein E  35.14 
 
 
632 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177916  normal  0.420932 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5606  type II secretion system protein E  32.35 
 
 
348 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.916826  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1856  type II secretion system protein E  34.19 
 
 
521 aa  172  6.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808966  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  34.9 
 
 
473 aa  172  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0628  type II secretion system protein E  34.65 
 
 
521 aa  170  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.976562 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  35.57 
 
 
479 aa  170  3e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1339  type II secretion system protein E  37.01 
 
 
412 aa  169  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5621  type II secretion system protein E  34.19 
 
 
632 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2456  component of type IV pilus  34.56 
 
 
515 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.080834  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1682  type II secretion system protein E  32.06 
 
 
465 aa  169  7e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000847512 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2647  type II secretion system protein E  36.91 
 
 
459 aa  169  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1274  type II secretion system protein E  32.06 
 
 
463 aa  168  9e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06193  flp pilus assembly ATPase CpaF  35.57 
 
 
423 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2044  component of type IV pilus  34.23 
 
 
521 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101478  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0828  CpaF  34.23 
 
 
520 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.13968  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0333  CpaF  34.23 
 
 
520 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0947071  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2694  type II secretion system protein E  36.24 
 
 
474 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00162868  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1677  CpaF  34.23 
 
 
520 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.521474  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1888  type IV pilus assembly protein  34.23 
 
 
523 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.414931  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1876  type IV pilus assembly protein  34.23 
 
 
523 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.483104  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0608  type II secretion system protein E  35.53 
 
 
423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0260  type II/IV secretion system protein  35.05 
 
 
428 aa  166  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000662566  hitchhiker  0.0000000763288 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0599  type II/IV secretion system protein  35.05 
 
 
428 aa  166  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4617  type II secretion system protein E  36.24 
 
 
460 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.511137 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0682  type II secretion system protein E  35.05 
 
 
428 aa  166  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.667296  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  36.33 
 
 
468 aa  166  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  35.91 
 
 
441 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  36.58 
 
 
464 aa  166  6.9999999999999995e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  36.58 
 
 
456 aa  165  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  34.19 
 
 
442 aa  165  9e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6876  FHA domain containing protein  32.7 
 
 
634 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4951  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0652  secretion ATPase protein  34.8 
 
 
453 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.199713 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  35.57 
 
 
462 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1515  secretory protein kinase, cpaF  32.91 
 
 
432 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0638595  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0588  type II secretion system protein E  33.87 
 
 
454 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106283  normal  0.228191 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  33.12 
 
 
463 aa  164  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1640  type II secretion system protein E  32.7 
 
 
417 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.75229  normal  0.33759 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2290  type II secretion system protein E  33.23 
 
 
498 aa  162  6e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1852  type II secretion system protein E  37.06 
 
 
470 aa  162  9e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00303958  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2507  type II secretion system protein E  33.02 
 
 
513 aa  162  9e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000823712  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0372  type II/IV secretion system protein, ATP binding domain  35.43 
 
 
428 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00402347  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2354  type II secretion system protein E  35.31 
 
 
452 aa  161  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1528  type II secretion system protein E  35.14 
 
 
457 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2692  type II secretion system protein E  35 
 
 
462 aa  160  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3116  type II secretion system protein E  32.42 
 
 
491 aa  159  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  34.12 
 
 
455 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4613  type II secretion system protein E  32.58 
 
 
467 aa  159  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2116  FHA domain containing protein  36.49 
 
 
594 aa  159  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2913  type II secretion system protein E  35.02 
 
 
452 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0309  type II secretion system protein E  32.89 
 
 
455 aa  159  9e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1316  type II secretion system protein  33.78 
 
 
455 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6002  type II secretion system protein E  34.46 
 
 
455 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.661496  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3091  type II/IV secretion system protein  33.78 
 
 
455 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2966  type II/IV secretion system protein  33.78 
 
 
455 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.265625  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  34.9 
 
 
442 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  34.46 
 
 
455 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  30.84 
 
 
477 aa  157  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  34.46 
 
 
454 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0072  type II secretion system protein E  34.71 
 
 
408 aa  157  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.928138  normal  0.608061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4346  FHA domain-containing protein  32.48 
 
 
563 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.077355  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1815  type II secretion system protein E  32.59 
 
 
449 aa  156  5.0000000000000005e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2363  type II/IV secretion system protein  33.44 
 
 
560 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.158902  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0708  type II/IV secretion system protein E  33.54 
 
 
589 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.844285  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  33.56 
 
 
451 aa  155  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4444  type II secretion system protein E  34.84 
 
 
465 aa  155  7e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00432597 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2825  type II secretion system protein E  34.7 
 
 
450 aa  155  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  33.78 
 
 
454 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  33.78 
 
 
454 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  33.78 
 
 
454 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3966  type II secretion system protein E  34.38 
 
 
449 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.406102 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2925  type II secretion system protein E  34.92 
 
 
471 aa  155  9e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120672  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  33.78 
 
 
455 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2921  type II/IV secretion system protein E  31.53 
 
 
638 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0644  FHA domain-containing protein  33.12 
 
 
569 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.61095 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  32.8 
 
 
624 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0032  type II secretion system protein E  35.5 
 
 
404 aa  154  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  30.82 
 
 
478 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  30.89 
 
 
487 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4447  type II secretion system protein E  33.02 
 
 
438 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  33.98 
 
 
463 aa  153  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2309  FHA domain containing protein  35.22 
 
 
568 aa  152  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>