More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4112 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02356  transketolase 2, thiamin-binding  55.95 
 
 		 667 aa  769    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02765  transketolase 1, thiamin-binding  57.48 
 
 		 663 aa  798    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0759  transketolase  57.48 
 
 		 663 aa  798    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1205  transketolase  55.95 
 
 		 667 aa  769    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0644  transketolase  51.18 
 
 		 666 aa  664    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0678  transketolase  51.18 
 
 		 666 aa  664    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4965  transketolase  58.94 
 
 		 665 aa  803    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0339  transketolase  55.36 
 
 		 667 aa  758    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3040  transketolase  58.89 
 
 		 670 aa  810    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0242601  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3046  transketolase  58.81 
 
 		 670 aa  810    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.590988  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1913  transketolase  56.07 
 
 		 695 aa  732    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.597375  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2750  transketolase  64.44 
 
 		 675 aa  855    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0259  transketolase  76.85 
 
 		 680 aa  1053    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.336202 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0847  transketolase  58.71 
 
 		 664 aa  811    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3872  transketolase  56.45 
 
 		 662 aa  769    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0872  transketolase  57.77 
 
 		 664 aa  792    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1727  transketolase  51.16 
 
 		 663 aa  639    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.827271  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0930  transketolase  57.33 
 
 		 664 aa  779    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0385  transketolase  59.09 
 
 		 665 aa  804    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0715  transketolase  56.39 
 
 		 664 aa  742    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.582031 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2479  transketolase  48.76 
 
 		 664 aa  646    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0192  transketolase  74.19 
 
 		 693 aa  1038    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.123051 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0651  transketolase  59.77 
 
 		 723 aa  817    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0616  transketolase  49.56 
 
 		 666 aa  635    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3540  transketolase  58.06 
 
 		 664 aa  785    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0018246  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2469  transketolase  63.46 
 
 		 690 aa  845    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0154  transketolase  53.96 
 
 		 668 aa  726    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0139  transketolase  53.23 
 
 		 668 aa  716    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1042  transketolase  57.21 
 
 		 668 aa  765    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4792  transketolase  58.06 
 
 		 665 aa  794    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646987 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1617  transketolase  54.29 
 
 		 665 aa  754    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.804069 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3591  transketolase  58.58 
 
 		 668 aa  772    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0287801 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3626  transketolase  58.06 
 
 		 690 aa  798    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.560894  normal  0.611761 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1538  transketolase  56.18 
 
 		 666 aa  764    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0168278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2841  transketolase  64.2 
 
 		 677 aa  873    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2960  transketolase  55.72 
 
 		 662 aa  759    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.986583 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0159  transketolase  60.82 
 
 		 661 aa  844    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3341  transketolase  57.33 
 
 		 663 aa  793    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0470091 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3431  transketolase  63.76 
 
 		 696 aa  849    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3467  transketolase  63.61 
 
 		 690 aa  848    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2808  transketolase  57.77 
 
 		 665 aa  791    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000368556  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5267  transketolase  58.59 
 
 		 681 aa  786    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3353  transketolase  57.92 
 
 		 664 aa  790    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.741116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3722  transketolase  64.35 
 
 		 690 aa  856    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4319  transketolase  56.89 
 
 		 666 aa  762    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.658339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0565  transketolase  57.42 
 
 		 680 aa  789    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2631  transketolase  55.43 
 
 		 664 aa  741    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0244  transketolase  53.36 
 
 		 662 aa  729    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179813  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4585  transketolase  78.85 
 
 		 695 aa  1090    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1190  transketolase  51.63 
 
 		 663 aa  637    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1249  transketolase  63.46 
 
 		 690 aa  845    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.47821  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0224  transketolase  51.76 
 
 		 673 aa  701    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0388  transketolase  59.53 
 
 		 671 aa  804    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0827  transketolase  57.92 
 
 		 664 aa  783    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000324946  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2405  transketolase  57.86 
 
 		 682 aa  753    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1195  transketolase  63.52 
 
 		 690 aa  827    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0458  transketolase  60.35 
 
 		 666 aa  799    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1968  transketolase  52.54 
 
 		 655 aa  660    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00341468  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0752  transketolase  57.54 
 
 		 664 aa  787    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2759  transketolase  56.98 
 
 		 663 aa  783    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4112  transketolase  100 
 
 		 693 aa  1419    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0472  transketolase  57.23 
 
 		 667 aa  771    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0841196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03567  transketolase  58.62 
 
 		 675 aa  766    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0227  transketolase  64.54 
 
 		 657 aa  905    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2249  transketolase  58.83 
 
 		 663 aa  805    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0965691  hitchhiker  0.0000320127 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4349  transketolase  72.7 
 
 		 693 aa  1029    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.331421 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4827  transketolase  83.68 
 
 		 674 aa  1162    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.827436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0565  transketolase  61.83 
 
 		 662 aa  812    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2448  transketolase  60.36 
 
 		 680 aa  814    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574393 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1083  transketolase  56.74 
 
 		 664 aa  771    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06257  transketolase  58.15 
 
 		 668 aa  769    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0389  transketolase  63.46 
 
 		 690 aa  845    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0353  transketolase  55.51 
 
 		 663 aa  719    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0384  transketolase  57.56 
 
 		 663 aa  764    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3468  transketolase  63.61 
 
 		 690 aa  848    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1849  transketolase  54.29 
 
 		 665 aa  751    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.322822 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1513  transketolase  62.89 
 
 		 684 aa  885    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00869632  decreased coverage  0.000119249 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2980  transketolase  65.33 
 
 		 659 aa  882    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0075  transketolase  53.15 
 
 		 665 aa  741    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3317  transketolase  63.46 
 
 		 675 aa  847    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3040  transketolase  57.71 
 
 		 666 aa  782    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0155  transketolase  64.35 
 
 		 690 aa  858    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0026  transketolase  57.33 
 
 		 694 aa  789    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0910343  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2902  transketolase  53.73 
 
 		 666 aa  657    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3330  transketolase  56.83 
 
 		 666 aa  776    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0024244  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1669  transketolase  51.16 
 
 		 738 aa  639    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0551  transketolase  57.9 
 
 		 662 aa  798    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1984  transketolase  60.06 
 
 		 693 aa  769    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0773  transketolase  58.06 
 
 		 664 aa  791    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0232346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3250  transketolase  57.92 
 
 		 664 aa  788    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.456833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2261  transketolase  56.32 
 
 		 666 aa  769    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2841  transketolase  57 
 
 		 665 aa  778    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0647  transketolase  57.04 
 
 		 680 aa  781    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000464673  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4056  transketolase  82.94 
 
 		 681 aa  1171    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0538  transketolase  63.91 
 
 		 690 aa  855    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.242033  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07130  transketolase  59.82 
 
 		 665 aa  822    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3959  transketolase  81.15 
 
 		 678 aa  1093    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2790  transketolase  59.83 
 
 		 692 aa  793    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0638  transketolase  64.35 
 
 		 690 aa  858    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0364868  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4838  transketolase  58.94 
 
 		 665 aa  801    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>