63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3906 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3906  CRISPR-associated Cas4 family protein  100 
 
 
212 aa  436  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.164887  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1155  CRISPR-associated Cas4 family protein  68.08 
 
 
212 aa  267  8e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0822  CRISPR-associated protein Cas4  58.97 
 
 
206 aa  236  3e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0652  CRISPR-associated Cas4 family protein  51.64 
 
 
210 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.915701  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0494  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  48.11 
 
 
214 aa  189  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1975  CRISPR-associated protein Cas4  47 
 
 
255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1478  CRISPR-associated protein Cas4  48.97 
 
 
218 aa  175  4e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.470243 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2723  CRISPR-associated Cas4 family protein  47.89 
 
 
208 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1070  hypothetical protein  45.88 
 
 
204 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0265039 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3372  hypothetical protein  46.46 
 
 
218 aa  168  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02697  crispr-associated protein Cas4  43.63 
 
 
210 aa  161  6e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.463213  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31590  CRISPR-associated protein Cas4  47.34 
 
 
199 aa  160  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2652  CRISPR-associated protein Cas4  42.05 
 
 
212 aa  158  6e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0303971  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0235  CRISPR-associated Cas4 family protein  43.46 
 
 
211 aa  154  8e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0832  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  43.37 
 
 
228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1937  hypothetical protein  42.92 
 
 
216 aa  152  5e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.370637  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1006  hypothetical protein  39.8 
 
 
215 aa  149  3e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0356084  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1632  CRISPR-associated protein Cas4  43.98 
 
 
218 aa  146  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.98908 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3523  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  41.71 
 
 
218 aa  146  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0605  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  42.35 
 
 
216 aa  146  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.452129 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1432  CRISPR-associated Cas4 family protein  40.87 
 
 
214 aa  144  8.000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.343364  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1661  CRISPR-associated protein Cas4  39.9 
 
 
214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.975016  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1299  hypothetical protein  41.36 
 
 
214 aa  139  3e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.938866  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2974  CRISPR-associated Cas4 family protein  43.3 
 
 
212 aa  138  7e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.948346  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4560  CRISPR-associated protein Cas4  37.04 
 
 
194 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0793  CRISPR-associated protein Cas4  46.28 
 
 
209 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.813459  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1006  CRISPR-associated Cas4 family protein  36.59 
 
 
219 aa  128  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4175  hypothetical protein  35.6 
 
 
196 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000176829 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4331  CRISPR-associated Cas4 family protein  37.93 
 
 
222 aa  124  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000854832  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3345  CRISPR-associated Cas4 family protein  36.84 
 
 
221 aa  124  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0218123  normal  0.382188 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1625  CRISPR-associated Cas1 family protein  36.46 
 
 
544 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.575155  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0479  RecB family exonuclease  34.78 
 
 
234 aa  118  7.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.957708  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2187  CRISPR-associated protein Cas4  34.95 
 
 
223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3647  CRISPR-associated protein Cas4  34.95 
 
 
225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0851  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  33.01 
 
 
224 aa  111  6e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1975  CRISPR-associated protein Cas4  34.22 
 
 
220 aa  107  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.360978  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1481  CRISPR-associated protein Cas4  31.4 
 
 
222 aa  104  9e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1717  CRISPR-associated protein Cas4  33.16 
 
 
200 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3507  PE-PGRS family protein  36.08 
 
 
190 aa  101  9e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.366327 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2461  CRISPR-associated protein Cas4  31.91 
 
 
196 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.587961 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2913  CRISPR-associated protein Cas1  33 
 
 
553 aa  96.3  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0184071  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2974  CRISPR-associated protein Cas1  33.16 
 
 
545 aa  95.5  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2233  CRISPR-associated Cas4 family protein  32.46 
 
 
205 aa  95.5  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.874224  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0505  CRISPR-associated protein Cas4  28.19 
 
 
196 aa  92.4  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0522  CRISPR-associated protein Cas4  28.19 
 
 
196 aa  91.7  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00230563  hitchhiker  0.00000101589 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3119  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  30 
 
 
550 aa  87.8  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00000141365  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2433  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  31.28 
 
 
570 aa  86.3  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0199418  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0057  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  33.68 
 
 
559 aa  85.9  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1441  CRISPR-associated protein Cas1  30.09 
 
 
598 aa  81.6  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0376991  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3577  CRISPR-associated protein Cas4  34.04 
 
 
190 aa  80.5  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4852  CRISPR-associated protein Cas1  31.36 
 
 
594 aa  78.2  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.464981  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1558  CRISPR-associated Cas4 family protein  28.5 
 
 
190 aa  75.5  0.0000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.681932  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2343  hypothetical protein  32.99 
 
 
333 aa  70.9  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0179  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  32.99 
 
 
580 aa  70.1  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1859  CRISPR-associated Cas4 family protein  27.84 
 
 
193 aa  68.9  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.343722  normal  0.533704 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1287  CRISPR-associated Cas4 family protein  27.84 
 
 
190 aa  63.5  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.826986  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1872  CRISPR-associated Cas4 family protein  25 
 
 
198 aa  50.1  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2841  CRISPR-associated protein Cas1  35.16 
 
 
525 aa  49.7  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00141566  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0637  CRISPR-associated Cas4 family protein  24.48 
 
 
191 aa  48.1  0.00009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.042721  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0565  CRISPR-associated protein Cas4  22.97 
 
 
202 aa  47  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.234335  normal  0.250424 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5519  CRISPR-associated protein Cas1  26.32 
 
 
558 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.28105 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3305  CRISPR-associated Cas4 family protein  23.74 
 
 
198 aa  43.9  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.143494  normal  0.352212 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0536  protein of unknown function DUF83  27.66 
 
 
170 aa  43.9  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0513907  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>