249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3663 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3663  bile acid:sodium symporter  100 
 
 
355 aa  698    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1343  arsenical-resistance protein  84.23 
 
 
360 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.198617  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2517  arsenical-resistance protein  83.94 
 
 
360 aa  574  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00805727 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0700  bile acid:sodium symporter  83 
 
 
355 aa  571  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5672  arsenical-resistance protein  83.77 
 
 
378 aa  559  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5709  arsenical-resistance protein  84.93 
 
 
357 aa  553  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6163  arsenical-resistance protein  84.64 
 
 
357 aa  554  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.425011 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6563  putative arsenate-sodium symporter  83.77 
 
 
357 aa  545  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.938789 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0958  arsenical resistance protein, putative  80.23 
 
 
356 aa  546  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0490  arsenical-resistance protein  78.31 
 
 
361 aa  541  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5599  bile acid:sodium symporter  81.41 
 
 
368 aa  541  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19467  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6328  arsenical-resistance protein  80.85 
 
 
356 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.128519  normal  0.0160449 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3825  arsenical-resistance protein  82.3 
 
 
356 aa  537  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.941857  normal  0.301769 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0649  arsenical-resistance protein  80 
 
 
348 aa  537  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.045154 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3938  arsenical-resistance protein  82.3 
 
 
356 aa  537  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.135184 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4214  arsenical-resistance protein  82.61 
 
 
365 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438657  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2316  arsenical-resistance protein  79.71 
 
 
358 aa  535  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.460752  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3118  arsenical-resistance protein  82.89 
 
 
342 aa  535  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2344  ACR3 permease  78.03 
 
 
363 aa  536  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1426  ACR3 family arsenite transporter  78.06 
 
 
366 aa  531  1e-150  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.653925  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0557  putative arsenical resistance protein  81.5 
 
 
356 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171816  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4964  bile acid:sodium symporter  83.24 
 
 
356 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.252603  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3196  arsenical-resistance protein  83.24 
 
 
375 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30680  arsenical-resistance protein  77.62 
 
 
357 aa  525  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1282  arsenical-resistance protein  76.84 
 
 
358 aa  525  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.5903  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2186  arsenical-resistance protein  78.25 
 
 
349 aa  521  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.368686  normal  0.934587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0303  arsenite/antimonite exporter, ArsB like  77.46 
 
 
361 aa  522  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00764186  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0457  sodium bile acid symporter family protein  82.08 
 
 
356 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0579522  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1963  arsenical-resistance protein  79.46 
 
 
362 aa  514  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0914  putative arsenical resistance protein  82.08 
 
 
356 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694909  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2038  arsenical-resistance protein  82.08 
 
 
356 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1943  arsenical-resistance protein  82.08 
 
 
356 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.926392  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1883  putative arsenical resistance protein  82.08 
 
 
356 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3126  arsenite efflux pump ACR3  77.58 
 
 
351 aa  511  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1582  ACR3 permease  79.94 
 
 
357 aa  513  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3117  arsenical-resistance protein  73.28 
 
 
350 aa  510  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7179  arsenical-resistance protein  77.01 
 
 
361 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5378  arsenical-resistance protein  73.98 
 
 
361 aa  500  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.355197 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0208  arsenical-resistance protein  76.38 
 
 
353 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.768524 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1049  arsenical-resistance protein  76.76 
 
 
355 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1449  bile acid:sodium symporter  71.39 
 
 
358 aa  488  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.939169  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4052  arsenical-resistance protein  76.11 
 
 
355 aa  488  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.815051 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3866  arsenical-resistance protein  76.76 
 
 
358 aa  488  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4175  arsenical-resistance protein  76.76 
 
 
358 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0219012  normal  0.638432 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3959  arsenical-resistance protein  76.76 
 
 
353 aa  486  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0616  bile acid:sodium symporter  74.04 
 
 
354 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0330  bile acid:sodium symporter  72.93 
 
 
354 aa  482  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6065  arsenical pump membrane protein  75.88 
 
 
364 aa  478  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0520  arsenical-resistance protein  75.88 
 
 
351 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1786  arsenical-resistance protein  72.86 
 
 
357 aa  472  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0258081 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1526  bile acid:sodium symporter  71.31 
 
 
354 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.268235  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0323  bile acid:sodium symporter  74.04 
 
 
354 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0877  arsenical-resistance protein  75.88 
 
 
351 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0103  arsenical-resistance protein  73.08 
 
 
350 aa  455  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4071  arsenical-resistance protein  73.08 
 
 
350 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1972  bile acid:sodium symporter  73.08 
 
 
350 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1518  arsenical-resistance protein  65.07 
 
 
357 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.894233 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1346  sodium/bile acid symporter family protein  70.5 
 
 
361 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.17677  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3417  bile acid:sodium symporter  73.37 
 
 
347 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2538  bile acid:sodium symporter  67.86 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.344052  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5576  putative arsenite efflux pump ACR3 and related permeases  68.14 
 
 
342 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.918672  normal  0.0850565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3640  arsenical-resistance protein  54.13 
 
 
356 aa  358  9e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03336  arsenical pump membrane protein, putative  53.45 
 
 
351 aa  347  1e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1822  putative arsenic resistance protein  56.34 
 
 
341 aa  347  2e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.932603  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4003  bile acid:sodium symporter  56.18 
 
 
339 aa  345  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3442  putative arsenical-resistance protein  51.37 
 
 
366 aa  343  2e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1853  arsenical-resistance protein  55.36 
 
 
354 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00716983  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3670  arsenical-resistance protein  56.48 
 
 
360 aa  342  5e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.822199  normal  0.2686 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0652  bile acid:sodium symporter  54.21 
 
 
357 aa  341  1e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.927211  normal  0.625423 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2834  arsenical-resistance protein  54.6 
 
 
345 aa  338  8e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.823873  normal  0.919185 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1938  multidrug-efflux transporter  53.41 
 
 
353 aa  337  1.9999999999999998e-91  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3779  arsenical pump membrane protein, putative  55.92 
 
 
338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.567439  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3737  arsenical-resistance protein  55.39 
 
 
345 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2589  arsenical-resistance protein  54.17 
 
 
350 aa  335  9e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.537377  normal  0.441195 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2153  arsenical-resistance protein  48.08 
 
 
349 aa  330  3e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3833  arsenical-resistance protein  54.9 
 
 
337 aa  328  7e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0575  arsenical-resistance protein  55 
 
 
349 aa  325  7e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6303  arsenical-resistance protein  53.12 
 
 
344 aa  323  2e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.930769  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4386  arsenical-resistance protein  53.53 
 
 
354 aa  323  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0523  bile acid:sodium symporter  54.01 
 
 
344 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27289  normal  0.171222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3395  bile acid:sodium symporter  51 
 
 
351 aa  320  3e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.893949  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0416  arsenical-resistance protein  49.42 
 
 
349 aa  319  3.9999999999999996e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0818  hypothetical protein  48.42 
 
 
352 aa  318  7e-86  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2709  bile acid:sodium symporter  52.65 
 
 
371 aa  314  9.999999999999999e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1843  arsenical-resistance protein  52.48 
 
 
340 aa  314  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.172285 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11311  arsenite efflux pump ACR3  52.25 
 
 
336 aa  313  1.9999999999999998e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0544357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0534  arsenical pump membrane protein, putative  54.57 
 
 
339 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1095  arsenite efflux pump  48.7 
 
 
347 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000341702  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0959  arsenical-resistance protein  51.73 
 
 
344 aa  312  5.999999999999999e-84  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0418  arsenical-resistance protein  55.29 
 
 
344 aa  310  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3126  ACR3 family arsenite efflux pump  52.35 
 
 
350 aa  309  5e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1152  arsenical-resistance protein  51.03 
 
 
349 aa  309  5e-83  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.515057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3959  arsenical-resistance protein  54.6 
 
 
337 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3856  arsenical-resistance protein  52.35 
 
 
350 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0334  arsenical-resistance protein  44.29 
 
 
385 aa  304  1.0000000000000001e-81  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1303  arsenical-resistance protein  49.41 
 
 
353 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1910  arsenical-resistance protein  49.57 
 
 
351 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000179597  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0533  bile acid:sodium symporter  54.14 
 
 
339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1100  ACR3 family arsenite transporter  51.35 
 
 
336 aa  298  7e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1683  arsenical-resistance protein  50.45 
 
 
350 aa  295  6e-79  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.896768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>