130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3576 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3576  anaerobic c4-dicarboxylate membrane transporter family protein  100 
 
 
446 aa  885    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2701  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  72.3 
 
 
453 aa  605  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1406  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  71.75 
 
 
446 aa  605  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1813  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  71.75 
 
 
446 aa  606  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.235403  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3863  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  72.62 
 
 
446 aa  602  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39327  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03994  C4-dicarboxylate antiporter  73.38 
 
 
446 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3869  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  73.38 
 
 
446 aa  592  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5637  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  73.38 
 
 
446 aa  592  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.363668  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4364  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  73.38 
 
 
446 aa  592  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282822  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03955  hypothetical protein  73.38 
 
 
446 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.905652  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3904  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  73.38 
 
 
446 aa  592  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4589  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  73.38 
 
 
446 aa  592  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4647  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  73.15 
 
 
446 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.873915  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4647  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  73.15 
 
 
446 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4556  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  73.15 
 
 
446 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4565  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  73.15 
 
 
446 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4696  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  72.92 
 
 
446 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0697  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  67.03 
 
 
474 aa  578  1e-164  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0561  C4-dicarboxylate transporter, anaerobic  66.21 
 
 
442 aa  578  1e-164  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0772  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  66.59 
 
 
474 aa  575  1.0000000000000001e-163  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2479  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  56.63 
 
 
447 aa  501  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3726  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  56.21 
 
 
447 aa  494  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00035323 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4417  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  56.31 
 
 
447 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  56.66 
 
 
447 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000600202 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  56.66 
 
 
447 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3222  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  57.3 
 
 
447 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0307  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  55.41 
 
 
447 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3359  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  57.3 
 
 
447 aa  488  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0302  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  55.63 
 
 
447 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0298  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  55.63 
 
 
447 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0303  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  55.63 
 
 
447 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000075  C4-dicarboxylate like transporter  46.8 
 
 
443 aa  425  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.834607  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1023  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.42 
 
 
442 aa  422  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2500  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.34 
 
 
447 aa  416  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1566  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.03 
 
 
441 aa  416  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05690  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  45.89 
 
 
443 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4182  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.06 
 
 
441 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.877677 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3993  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.26 
 
 
440 aa  392  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000171498  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1800  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.29 
 
 
447 aa  395  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.920741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1726  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.29 
 
 
447 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2120  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.02 
 
 
441 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.20125  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3841  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  45.25 
 
 
438 aa  382  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0685  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.67 
 
 
438 aa  385  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2921  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.49 
 
 
443 aa  384  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1304  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.03 
 
 
443 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000133068 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3540  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.68 
 
 
442 aa  375  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000247021  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2751  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.54 
 
 
442 aa  370  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2657  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  43.05 
 
 
433 aa  359  4e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000544517  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1605  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  42.79 
 
 
441 aa  346  5e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3845  anaerobic c4-dicarboxylate membrane transporter family protein  42.18 
 
 
441 aa  345  7e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3278  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  42.33 
 
 
443 aa  343  4e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.737723 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1173  anaerobic C4-dicarboxylate membrane transporter  65.04 
 
 
555 aa  338  9.999999999999999e-92  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1227  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  45.21 
 
 
437 aa  338  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0182987  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0351  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.3 
 
 
437 aa  333  3e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0441  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.3 
 
 
437 aa  333  4e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4883  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.3 
 
 
437 aa  333  5e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0359  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  45.5 
 
 
437 aa  333  5e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0488  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.3 
 
 
437 aa  332  8e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0354  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  45.05 
 
 
437 aa  332  9e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0489  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.52 
 
 
437 aa  332  9e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0364  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.3 
 
 
437 aa  332  1e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0378  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.3 
 
 
437 aa  332  1e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0421  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.07 
 
 
437 aa  332  1e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0146  anaerobic C4-dicarboxylate membrane transporter  67.18 
 
 
557 aa  331  2e-89  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0366  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.85 
 
 
437 aa  329  8e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2084  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.28 
 
 
453 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1756  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.44 
 
 
453 aa  322  6e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2178  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.86 
 
 
453 aa  322  7e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0158  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.15 
 
 
436 aa  322  8e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3974  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.99 
 
 
439 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1000  pyridoxal phosphate-dependent enzyme  60.69 
 
 
559 aa  319  5e-86  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.921099  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1721  FUR family transcriptional regulator  59.39 
 
 
558 aa  314  2.9999999999999996e-84  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3913  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.08 
 
 
439 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.689386  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3793  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.76 
 
 
439 aa  310  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261131  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3805  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.76 
 
 
439 aa  310  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3871  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.53 
 
 
439 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0593006  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0240  hypothetical protein  36.9 
 
 
439 aa  301  2e-80  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0588  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  39.18 
 
 
435 aa  299  5e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3893  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family protein  37.73 
 
 
433 aa  296  4e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2007  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  36.7 
 
 
433 aa  290  4e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0683  anaerobic c4-dicarboxylate transporter DcuB  38.02 
 
 
444 aa  282  9e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0325  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.79 
 
 
433 aa  281  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000434648 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3408  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.36 
 
 
433 aa  277  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3854  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  37.19 
 
 
433 aa  276  4e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0505  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.87 
 
 
433 aa  276  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4693  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.19 
 
 
433 aa  275  9e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04008  C4-dicarboxylate antiporter  36.97 
 
 
433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5654  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  36.97 
 
 
433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00371648  normal  0.384394 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03970  hypothetical protein  36.97 
 
 
433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4379  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  36.97 
 
 
433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0860444  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3874  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  36.97 
 
 
433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4607  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  36.97 
 
 
433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.104112  normal  0.747742 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1910  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  37.56 
 
 
433 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0126461  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4667  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  36.97 
 
 
433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654313  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3748  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  36.7 
 
 
433 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0617  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  36.7 
 
 
433 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0639  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  36.7 
 
 
433 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2701  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.56 
 
 
433 aa  273  6e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4603  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.78 
 
 
433 aa  272  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.880498  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4721  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.78 
 
 
433 aa  272  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0855825  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>