More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3288 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3288  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  100 
 
 
519 aa  1055    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.14856  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0920  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  66.47 
 
 
516 aa  675    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4667  hydrogenase 4 subunit G  64.18 
 
 
514 aa  655    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.986005  normal  0.679723 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0325  putative formate hydrogenlyase subunit  54.49 
 
 
515 aa  585  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  56.83 
 
 
524 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289137 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0175  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit  52.75 
 
 
522 aa  548  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1265  hydrogenase-3, subunit E  53.27 
 
 
559 aa  544  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0101141  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0107  hydrogenase subunit  53.51 
 
 
567 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1528  putative hydrogenase subunit  53.51 
 
 
574 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1613  putative hydrogenase subunit  53.51 
 
 
574 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1811  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  51.57 
 
 
515 aa  487  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2153  hydrogenase-4, G subunit  51.57 
 
 
515 aa  487  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2478  NADH dehydrogenase (quinone)  47.25 
 
 
492 aa  412  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.487557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1264  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  46.53 
 
 
503 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0324503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0933  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  45.94 
 
 
502 aa  389  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1138  hydrogenase subunit  48.97 
 
 
527 aa  384  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0311036  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0170  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  46.08 
 
 
501 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.679833  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3851  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  46.12 
 
 
503 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.425582  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1400  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  42.16 
 
 
482 aa  336  5.999999999999999e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2464  NADH dehydrogenase (quinone)  39.05 
 
 
531 aa  334  3e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.511351  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1123  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  39.59 
 
 
526 aa  301  3e-80  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.165135  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4707  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  40.92 
 
 
486 aa  296  6e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1818  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  39.68 
 
 
519 aa  289  7e-77  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.207478  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1687  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.64 
 
 
530 aa  283  7.000000000000001e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3717  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.56 
 
 
521 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  unclonable  0.000990438  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3659  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  39.49 
 
 
521 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3800  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.36 
 
 
521 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0743  NAD-dependent dehydrogenase subunit  38.71 
 
 
505 aa  278  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3188  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  38.6 
 
 
503 aa  278  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.377236  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1317  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  38.02 
 
 
526 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0795  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.95 
 
 
525 aa  274  3e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1073  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.2 
 
 
503 aa  273  7e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.1537600000000002e-34 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2989  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  40.27 
 
 
506 aa  266  5e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.016212  hitchhiker  0.00562837 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10088  formate hydrogenase hycE  40.42 
 
 
492 aa  265  1e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.301164  normal  0.197013 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2622  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.84 
 
 
493 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1571  hydrogenase, group 4, HycE subunit, putative  37.47 
 
 
526 aa  262  1e-68  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0265592  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0888  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.36 
 
 
507 aa  261  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3785  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.69 
 
 
515 aa  259  6e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.315955 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0699  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.92 
 
 
524 aa  258  2e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.758996  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4465  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  42.12 
 
 
391 aa  258  2e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.314486  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1449  hydrogenase, HycE subunit  37.88 
 
 
526 aa  257  3e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0376579  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4284  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.97 
 
 
551 aa  257  4e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2466  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.56 
 
 
499 aa  254  2.0000000000000002e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278234  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1303  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  33.48 
 
 
478 aa  254  3e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0371  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  34.62 
 
 
502 aa  250  5e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2597  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  33.4 
 
 
506 aa  243  9e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2554  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  34.9 
 
 
506 aa  240  4e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0340  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  34.4 
 
 
504 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0164129  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3217  hypothetical protein  36.85 
 
 
513 aa  231  4e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.728125  normal  0.0835857 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3430  hypothetical protein  36.85 
 
 
513 aa  230  5e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0774  NAD-dependent dehydrogenase subunit  37.75 
 
 
565 aa  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.133337  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3280  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  34.98 
 
 
498 aa  226  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  32.12 
 
 
567 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0939  hydrogenase, component E-formate hydrogenlyase subunit 5-like protein  31.05 
 
 
518 aa  209  1e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.297277  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  30.62 
 
 
574 aa  207  3e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  30.86 
 
 
567 aa  200  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  30.3 
 
 
569 aa  199  7e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  30.3 
 
 
569 aa  199  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  30.3 
 
 
569 aa  199  9e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  29.65 
 
 
569 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  29.65 
 
 
569 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  30.3 
 
 
569 aa  199  9e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  29.65 
 
 
569 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  29.65 
 
 
569 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  30.3 
 
 
569 aa  199  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  30.3 
 
 
576 aa  199  9e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  30.3 
 
 
569 aa  199  9e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  29.65 
 
 
569 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  30.3 
 
 
569 aa  199  9e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  30.3 
 
 
576 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  30.16 
 
 
569 aa  194  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  28.96 
 
 
576 aa  191  4e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  31.28 
 
 
571 aa  189  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  31.05 
 
 
571 aa  187  6e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  30.07 
 
 
571 aa  187  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  31.05 
 
 
571 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  31.05 
 
 
555 aa  182  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.05 
 
 
555 aa  182  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  31.05 
 
 
555 aa  182  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.07 
 
 
575 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.05 
 
 
555 aa  182  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  30.59 
 
 
571 aa  179  8e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  28.42 
 
 
575 aa  179  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  30.82 
 
 
555 aa  179  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  31.27 
 
 
361 aa  177  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0728  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  31.78 
 
 
499 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0174132  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1790  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.31 
 
 
518 aa  175  1.9999999999999998e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.57722  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3059  Ni Fe-hydrogenase III large subunit-like protein  33.18 
 
 
510 aa  172  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00000957006  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  29.71 
 
 
561 aa  169  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.92 
 
 
361 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  28.25 
 
 
579 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0606  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  32.6 
 
 
476 aa  160  5e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.757635  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  31.49 
 
 
557 aa  159  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  31.49 
 
 
557 aa  159  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  28.28 
 
 
582 aa  156  7e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  30.92 
 
 
359 aa  156  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  29.19 
 
 
359 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  29.06 
 
 
377 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.13 
 
 
409 aa  154  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.37 
 
 
366 aa  153  8e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>