More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3223 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3223  ABC transporter related  100 
 
 
384 aa  776    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3887  ABC transporter related  75.27 
 
 
368 aa  528  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1768  ABC transporter related  58.17 
 
 
361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2969  ABC transporter related  54.21 
 
 
418 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.979711 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3636  ABC transporter related  56.52 
 
 
369 aa  400  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.529666 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1945  ABC transporter related  57.18 
 
 
371 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0346  ABC transporter related  55.92 
 
 
364 aa  355  1e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4307  ABC transporter related  46.05 
 
 
360 aa  310  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0457918  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  54.26 
 
 
377 aa  300  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.78 
 
 
382 aa  300  3e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  49.4 
 
 
384 aa  298  8e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.07 
 
 
447 aa  298  1e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50 
 
 
382 aa  295  7e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.96 
 
 
383 aa  295  1e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5898  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.17 
 
 
371 aa  293  3e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  52.26 
 
 
381 aa  293  5e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.72 
 
 
380 aa  292  8e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3956  ABC transporter related  45.92 
 
 
355 aa  291  9e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.396032  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7452  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.69 
 
 
374 aa  290  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.252559 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4770  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.43 
 
 
395 aa  289  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3927  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.08 
 
 
381 aa  289  6e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17640  polyamine transport protein PotA  50.46 
 
 
363 aa  288  7e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.28 
 
 
423 aa  288  2e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0028  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.2 
 
 
378 aa  288  2e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0855838  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0916  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.17 
 
 
387 aa  286  5.999999999999999e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.49 
 
 
363 aa  285  7e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.65 
 
 
358 aa  285  1.0000000000000001e-75  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1611  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  48.67 
 
 
381 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.43 
 
 
382 aa  282  5.000000000000001e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.40128  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1534  polyamine transport protein PotA  49.53 
 
 
359 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.04 
 
 
360 aa  281  1e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.16 
 
 
380 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000938132  hitchhiker  0.00113993 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.8 
 
 
366 aa  281  1e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.49 
 
 
380 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661243  hitchhiker  0.000000930284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.23 
 
 
374 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  49.5 
 
 
388 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.5 
 
 
388 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.23 
 
 
373 aa  280  4e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.51 
 
 
380 aa  279  5e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7092  ABC transporter related  49.13 
 
 
387 aa  279  5e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106736  normal  0.0652962 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.5 
 
 
388 aa  279  7e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2416  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.61 
 
 
338 aa  278  1e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3424  ABC transporter related  59.4 
 
 
328 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2167  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.3 
 
 
359 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2789  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.62 
 
 
337 aa  278  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.669148  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3850  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.95 
 
 
356 aa  278  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4279  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.13 
 
 
372 aa  277  2e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.714289  normal  0.753211 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.93 
 
 
355 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0385  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.68 
 
 
367 aa  277  2e-73  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3724  ABC transporter related  58.33 
 
 
328 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2864  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  45.51 
 
 
368 aa  277  3e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  43.66 
 
 
374 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.66 
 
 
374 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0164  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48 
 
 
379 aa  276  5e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.25 
 
 
374 aa  276  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.99 
 
 
365 aa  276  6e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3954  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  50.34 
 
 
381 aa  275  7e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.25 
 
 
357 aa  275  7e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.62 
 
 
365 aa  275  7e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0820  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (putrescine)  42.62 
 
 
382 aa  275  8e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768559  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  41.8 
 
 
374 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.08 
 
 
376 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.685744  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.9 
 
 
395 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.19 
 
 
393 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.02 
 
 
374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1804  ABC-type spermidine/putrescine transport systems ATPase components-like protein  49.82 
 
 
527 aa  274  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0082  ABC transporter related protein  47.02 
 
 
367 aa  273  3e-72  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.193863  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  49.83 
 
 
349 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0323  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.18 
 
 
357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000345783  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.99 
 
 
357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1935  spermidine/putrescine transport ATP-binding protein pota  40.35 
 
 
352 aa  273  4.0000000000000004e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.672597  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.38 
 
 
374 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3228  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.8 
 
 
377 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.999114  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4194  ABC transporter related  44.26 
 
 
361 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.812216  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.19 
 
 
372 aa  272  7e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2580  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.78 
 
 
372 aa  272  8.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.58 
 
 
381 aa  272  8.000000000000001e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2223  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.92 
 
 
349 aa  272  8.000000000000001e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1090  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.99 
 
 
369 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.460702  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1960  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  42.4 
 
 
399 aa  271  1e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  42.73 
 
 
373 aa  271  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4133  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  56.9 
 
 
346 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3307  ABC transporter related  56.52 
 
 
350 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0756989 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  42.61 
 
 
393 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1114  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  51.26 
 
 
376 aa  271  1e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.188638  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1047  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  56.9 
 
 
345 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330018  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0982  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
363 aa  271  2e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  43.27 
 
 
365 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0149  ABC transporter-like protein  56.73 
 
 
343 aa  270  2e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.661807  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0370  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.08 
 
 
371 aa  270  2e-71  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4710  ABC transporter related  45.35 
 
 
359 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0388309 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1531  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.34 
 
 
353 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.19 
 
 
372 aa  270  2.9999999999999997e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1117  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.12 
 
 
367 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.417968  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  42.54 
 
 
369 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  42.81 
 
 
355 aa  270  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0686  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.65 
 
 
364 aa  270  4e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1222  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.55 
 
 
363 aa  270  4e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.65 
 
 
343 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1159  ABC transporter related  41.85 
 
 
364 aa  269  5e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000201469  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>